郑竹清
- 作品数：14 被引量：62H指数：4
- 供职机构：内蒙古农业大学动物科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金内蒙古自治区自然科学基金国家现代农业产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 内蒙古白绒山羊肉质特色基因的发掘和研究
- 张文广张燕军杜琛苏蕊吴江鸿孟丽云韩志玲孟宪然杨波王瑞军郑竹清付绍印赵德超李金泉
- 该项目把最先进的高通量测序技术用于检测羊肉的基因表达特征与蛋白质谱分析相结合,揭示肉质特性与化学组成的数量关系;通过对绵羊肉和山羊肉肉质特性的比较分析,筛选肉质特性关联基因并进行部分功能验证;利用生物信息学方法建立肉质特...
- 关键词：
- 关键词：白绒山羊基因表达分子育种
- 绒山羊肌内脂肪细胞成熟前后比较转录组分析被引量：14
- 2014年
- 为了研究绒山羊肌内脂肪细胞在成熟前后差异表达的基因和主要信号转导通路,从而进一步筛选出与脂肪沉积相关的基因。本研究通过利用Illumina MiSeq对绒山羊肌内脂肪细胞在成熟前后转录组进行高通量测序,并用测序评估,基因功能注释,鉴定基因的可变剪接等生物信息学方法进行分析。组装后共获得93 930个contigs,N50为1 586nt,通过CLCGenomicsworkbench6软件找到差异基因78个(Fold Change>4,FDR<0.01)。这些差异基因基于GO功能注释可分为骨骼肌发育、胞外区、胰岛素样生长因子结合等46个分支,利用KEGG数据库作为参考,这些基因主要参与吞噬体、I型糖尿病、风湿性关节炎等通路中。本研究中分析绒山羊肌内脂肪细胞中4种主要可变剪接类型,为A3SS(Alternative 3′splice site)、A5SS(Alternative 5′splice site)、SE(Exon skipping)和RI((Intron retention),其中A3SS最为普遍。高通量RNA-seq提供了全部转录本信息,获得了在肌内脂肪细胞增殖分化过程中有重要功能的基因,其中上调基因在与胰岛素样生长因子结合和糖尿病的代谢通路中有着重要的作用,为人们进一步研究绒山羊脂肪沉积的功能基因组学及优化山羊肉品质奠定基础。
- 杜琛付绍印高鸿雁郑竹清孟宪然阿娜萨仁张文广李金泉
- 关键词：绒山羊可变剪接
- PRLR基因在内蒙古绒山羊下丘脑、垂体及卵巢中的表达被引量：3
- 2012年
- 许多研究已表明PRLR基因是影响山羊繁殖力的一个候选基因。课题以内蒙古阿尔巴斯绒山羊为研究对象,利用RT-PCR技术检测PRLR基因在内蒙古绒山羊生殖轴的表达。结果表明,PRLR基因在内蒙古绒山羊下丘脑、垂体、卵巢中均有表达,说明下丘脑、垂体、卵巢是催乳素作用的靶器官,同时也阐明催乳素对内蒙古绒山羊的繁殖力的影响是通过与靶器官受体基因结合来发挥其功能的,为进一步探讨催乳素对内蒙古绒山羊繁殖影响的作用途径及调控机理奠定基础。
- 赵艳红王志英石玲郑竹清王琳李金泉
- 关键词：PRLR内蒙古绒山羊
- 生物钟基因在绒山羊皮肤中表达模式的比较被引量：2
- 2015年
- 文章旨在研究绒山羊皮肤生物钟基因clock、tim、per1和cry1的表达模式,进而分析其在绒山羊皮肤组织中的作用及相互关系。生物钟基因形成一个转录-翻译反馈环,通过钟基因在绒山羊皮肤生长周期进行高表达,激活per1和cry1基因的转录-转化过程,从而在mRNA和蛋白水平的调控下进行有节律的表达。结果表明,这些生物钟基因在绒山羊皮肤中的表达量依次为:clock>tim>per1>cry1;皮肤次级毛囊兴盛期,高振幅clock、per1、tim、cry1的节律表达分别出现在一天中的04∶00、08∶00、08∶00、16∶00;皮肤次级毛囊休止期,这些基因的高振幅节律表达分别出现在一天中的08∶00、04∶00、04∶00、16∶00。另外,cry1、per1基因的表达在生物钟基因正反馈循环中被激活,tim基因的表达在生物钟基因的负反馈循环中被激活。因此,clock、tim、per1和cry1调控下运行的钟基因反馈环是绒毛生长呈周期性现象的基础。
- 贾丽丽金凤付绍印郑竹清杜琛季小阳王志新李金泉刘少卿张文广
- 关键词：山羊CLOCKTIMCRY1PER1
- 蒙古绵羊繁殖性状选择机理的初步研究
- 小尾寒羊、湖羊、苏尼特羊和乌珠穆沁羊均为蒙古绵羊的后裔。不同之处在于前两者表现为四季发情和高繁殖力，后两者表现为季节性发情和低繁殖力。这是近千年自然和人工选择的结果。研究通过对这四大亚群分别5个个体的混合池基因组重测序，...
- 郑竹清付绍印高鸿雁萨仁张家新张文广
- 关键词：蒙古绵羊繁殖性状
- 山羊肌内脂肪细胞lncRNA鉴别及特征分析被引量：15
- 2014年
- 为了探讨长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)在山羊肌内脂肪细胞分化中的作用。本研究以山羊肌内脂肪细胞成熟前后转录组数据,结合CPC(Coding potential calculator)与CPAT(Coding-potential assessment tool)来预测lncRNA,并对其序列、结构与功能进行了分析。结果表明,通过预测得到1 472个山羊肌内脂肪细胞中表达的lncRNA,其中29个lncRNA在成熟前后具有显著差异。分析发现,山羊lncRNA转录本与开放阅读框(ORF)长度都短于mRNA,保守性低,其近端mRNA在机体免疫系统、脂质及脂质蛋白代谢、脂肪酸与甘油三脂等方面发挥着重要作用。通过生物信息学方法得到山羊肌内脂肪细胞增殖分化过程中差异表达的lncRNA主要在细胞分泌、生长调节和细胞形态变化等方面发挥着重要作用。这对于深入研究山羊lncRNA的生物学功能及其脂肪细胞分化机制具有重要意义。
- 郑竹清杜琛付绍印阿娜张文广
- 关键词：山羊转录组
- 褪黑激素对绒山羊皮肤中毛囊周期相关miRNAs表达模式的影响被引量：10
- 2014年
- 褪黑激素（Melatonin, MT）和miRNAs在毛囊的生长发育过程中发挥重要的作用，但MT对绒山羊皮肤毛囊miRNAs表达模式的影响尚未见报道。为探索MT从miRNAs层次影响山羊绒生长的机制，文章在内蒙古绒山羊中实施了褪黑激素埋植试验：5只青年母羊作为实验组埋植褪黑激素，另外5只青年母羊作为对照。利用荧光定量 PCR 检测褪黑激素埋植前后毛囊周期相关 miRNAs 的表达变化。结果表明，埋植 MT 明显改变了6个绒毛相关 miRNAs的表达规律：在一个绒毛周期内，除 let-7a外，miR-203、miR-205、miR-96、miR-183和miR-199a的表达量均发生3次跃迁；埋植MT改变了miRNAs之间的共表达模式。对照组各miRNA之间相关系数范围为0.87-0.99（P〈0.01）。与对照组相比，埋植组中 let-7a 与 miR-96、miR-199a、miR-205，miR-203与miR-96、miR-199a，miR-96与miR-183，miR-183与miR-199a之间的相关系数被明显消弱；MT通过下调6月份埋植组各miRNA的表达量提早诱发二次生绒。
- 付绍印赵宏丽郑竹清李金泉张文广
- 关键词：褪黑激素MIRNAS绒山羊
- 基于NGS基因组选择信号的筛查
- 鉴于新一代测序技术(NGS)较全基因组关联分析(GWAS)所需样本数少及对稀有等位基因检出率高,本文设计并测试了一套可以应用在动植物全基因组混合池重测序的选择信号分析流程.主要包括数据产出统计、一致序列的组装、SNP的检...
- 郑竹清付绍印阿娜张文广
- 关键词：动植物检疫基因测序信号通路
- 文献传递
- 基于RNA-Seq识别山羊肉品质候选基因被引量：14
- 2015年
- 通过研究不同年龄和不同性别绒山羊背最长肌之间的差异表达基因,筛选影响绒山羊肉品质的候选基因。本研究基于RNA-Seq技术对4个绒山羊背最长肌的转录组进行高通量测序,在测序评估的基础上,对差异表达基因进行筛选、功能注释和富集分析。本研究通过CLC Genomics Workbench 6.0软件共找到263个候选基因,其中包含123个高表达有利基因和140个高表达有害基因。GO功能注释结果显示,高表达有利基因主要与骨骼肌的生长发育、细胞器的形成和蛋白结合功能有关;高表达有害基因主要与脂质代谢、细胞骨架以及结合功能有关。利用KEGG数据库作为参考,这些基因主要参与糖酵解/糖异生、丝裂原活化蛋白激酶、凝血-补体级联反应和色氨酸代谢等通路中。结合其他家畜基因组学研究,ADIPOQ、PDK4和CD36可能作为参与肉品质重要的候选基因。该结果为绒山羊肉品质的改善以及候选基因的研究提供了理论依据。
- 孟宪然杜琛王静付绍印郑竹清张文广李金泉
- 关键词：绒山羊背最长肌肉品质RNA-SEQ候选基因
- 蒙古绵羊繁殖性状选择机理的初步研究
- 2014年
- 小尾寒羊、湖羊、苏尼特羊和乌珠穆沁羊均为蒙古绵羊的后裔。不同之处在于前两者表现为四季发情和高繁殖力,后两者表现为季节性发情和低繁殖力。这是近千年自然和人工选择的结果。研究通过对这四大亚群分别5个个体的混合池基因组重测序,借助杂合度Hp进行繁殖相关区域的筛选。研究发现:蒙古绵羊基因组109个区域具有较低的杂合度,位置注释显示这些区域涉及到409个候选基因。功能富集分析发现他们主要与细胞粘附,生长繁殖及免疫应答有关。研究结果为进行蒙古绵羊繁殖性状候选基因筛选及基因突变深入挖掘提供了有用的信息。
- 郑竹清付绍印高鸿雁萨仁张家新张文广
- 关键词：蒙古绵羊繁殖性状
