黄琼林
- 作品数：35 被引量：143H指数：8
- 供职机构：广东医学院更多>>
- 发文基金：国家教育部博士点基金国家自然科学基金广东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学文化科学更多>>
- 适合中药材DNA条形码分析的DNA提取方法的研究被引量：31
- 2009年
- 目的建立适合中药材DNA条形码分析的DNA提取方法。方法以6种富含次生代谢物质的药用顽拗植物为材料,对7种DNA提取方法进行比较。结果CTAB法3对中药材具有通用性,操作简便、快速,提取的DNA浓度和合格率比其他对照方法高,能满足DNA条形码PCR扩增的要求。该方法主要特点:(1)用3%的CTAB浓度代替常用的2%CTAB;(2)采用1%的PVP与0.2%β-巯基乙醇共同去除杂质和防止DNA降解;(3)采用10000r/min离心15min去除蛋白质等杂质。结论CTAB法3是适合中药材DNA条形码研究的DNA提取方法。
- 段中岗黄琼林杨锦芬刁玲武詹若挺何瑞徐晖严萍陈蔚文
- 关键词：中药材DNA提取方法DNA条形码
- 青天葵PAL基因序列特征和表达分析被引量：3
- 2016年
- 在前期完成的青天葵（Nervilia fordii）转录组测序数据的基础上,采用生物信息学方法对3个青天葵PAL基因家族成员（NfPAL1、NfPAL2和NfPAL3）的c DNA序列及其编码蛋白质的氨基酸序列进行特征分析,并计算这些基因在青天葵叶片和球茎中的表达量。结果表明,从转录组数据中获得的3个青天葵PAL基因家族成员c DNA序列长度为1 743-2 091 bp,编码581-697个氨基酸。这些PAL基因编码包含苯丙氨酸解氨酶多功能域,并且不含跨膜结构域、信号肽和转运肽的亲水性稳定蛋白。3个青天葵PAL基因在青天葵中的表达呈组织特异性,其中,NfPAL1和NfPAL3在球茎中的表达量较高,而NfPAL2在叶片中具有较高的表达水平。
- 黄琼林何瑞詹若挺
- 关键词：苯丙氨酸解氨酶青天葵生物信息学
- 青天葵HMGR基因片段的鉴定和生物信息学分析被引量：1
- 2015年
- 采用生物信息学对青天葵转录组测序获取的3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶编码基因片段Nf HMGR及其编码蛋白进行功能鉴定和表达分析。结果表明,Nf HMGR基因片段序列长度为1 563 bp,与其他植物HMGR基因的同源性最高可达88%;编码含有521个氨基酸、分子量约为55.34 ku的亲水性不稳定蛋白。Nf HMGR蛋白具有3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶Ⅰ类酶功能域,归属于3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶超级家族,包含3处跨膜结构域,不含任何信号肽、转运肽,二级结构表现为混合型结构蛋白质。在青天葵不同组织中,Nf HMGR基因在球茎中的表达量高于在叶片中的表达量。
- 黄琼林何瑞詹若挺
- 关键词：青天葵生物信息学
- LC-MS/MS分析组织5-羧基胞嘧啶的含量
- 本文在DNA甲基化分析的基础上建立了LC-MS/MS基因组5caC的分析新方法,并分析了小鼠脑组织中5caC的含量.结果表明，样品处理干扰较小，选择Hilic色谱柱和优化后的流动相对Cyt和5caC的保留和分离都较好，该...
- 文娟陈光照黄琼林蔡春
- 关键词：脱氧核糖核酸液相色谱法质谱法甲基化分析
- 文献传递
- 青天葵及其混伪品的rbcL基因序列鉴定研究(英文)被引量：6
- 2012年
- 本研究旨在利用植物DNA条形候选片段rbcL基因的序列信息鉴别青天葵及其混伪品。采用试剂盒法提取青天葵及其混伪品的叶片总DNA,一对通用引物应用于PCR扩增和双向测序。采用DNAMAN、CLUSTALX和MEGA4.0等软件进行序列拼接比对、遗传距离分析和聚类分析。获得的青天葵及其混伪品rbcL基因序列长度为502 bp,3个类型的青天葵序列完全一致,它们与毛叶芋兰之间存在5处差异;青天葵种内K2P遗传距离小于其与混伪品的种间K2P遗传距离;NJ聚类树显示,各物种均表现出单系性,并与其它物种相互区别。表明rbcL基因可用于鉴别青天葵及其混伪品。
- 黄琼林梁凌玲何瑞詹若挺陈蔚文
- 关键词：青天葵RBCL基因混伪品分子鉴别
- 青天葵EBP1基因原核表达载体的构建被引量：2
- 2012年
- [目的]构建青天葵器官大小调控基因——Erb3结合蛋白(Erb3-binding protein,EBP1)编码基因的原核表达载体,以期为通过原核表达体系鉴定该基因的功能奠定基础。[方法]将引入酶切位点的NfEBP1基因的PCR产物及表达载体pET-28、pET-16b分别进行双酶切,之后连接相应的酶切产物,热击转化到E.coli Top10细胞,通过菌落PCR、测序和酶切筛选阳性重组子。将确认的阳性重组子质粒转化至E.coli BL21表达宿主菌,并对其进行双酶切验证。[结果]构建了重组表达质粒pET-28-NfEBP1-1188和pET-16-NfEBP1-1188,其转化E.coli BL21表达宿主细胞后,分别获得含有2个载体的工程菌。[结论]该研究成功构建了青天葵EBP1基因的原核表达载体,为后续通过原核表达体系鉴定该基因的功能奠定了基础。
- 黄琼林何瑞詹若挺陈蔚文
- 关键词：青天葵原核表达载体
- 青天葵实时荧光定量PCR内参基因的选择被引量：7
- 2013年
- 目的筛选合适的内参基因用于青天葵实时荧光定量PCR分析的校正。方法以毛唇芋兰3个组织(叶片、叶柄和球茎)为材料,利用实时荧光定量PCR技术探讨18S rRNA、actin、ubiquitin、EF-1α和β-tubulin 5个常用内参基因在毛唇芋兰不同组织中表达差异。利用GeNorm和NormFinder软件比较各内参基因的Ct值,以分析他们在青天葵3个组织的表达稳定性。结果 5个内参基因的表达稳定性各异,GeNorm软件分析结果表明,稳定性β-tubulin=EF-1α>ubiquitin>actin>18S rRNA;NormFinder软件结果显示β-tubulin稳定性最好,EF-1α次之,18S rRNA则最差。两个不同软件分析结果一致。结论β-tubulin可作为毛唇芋兰不同组织中基因表达差异分析的校正内参基因。
- 黄琼林梁凌玲何瑞詹若挺陈蔚文
- 关键词：青天葵荧光定量PCR内参基因CT值基因表达
- 青天葵甲羟戊酸激酶基因的编码蛋白预测和表达分析被引量：3
- 2015年
- 甲羟戊酸途径(mevalonic acid,MVA)是植物三萜类化合物生物合成的主要途径,而甲羟戊酸激酶(mevalonate kinase,MVK)是MVA途径中的关键限速酶之一。根据前期获得的青天葵[Nervilia fordii(Hance)Schltr.]转录组数据,采用生物信息学方法对青天葵MVK基因编码蛋白的理化特性、功能结构域、二级结构、信号肽、跨膜结构域等进行预测,并采用RPKM法分析该基因在青天葵球茎和叶片的表达量。结果表明,Nf MVK基因编码含有383个氨基酸的稳定型亲水性、酸性蛋白质,与其他植物MVK蛋白同源性可达70%。Nf MVK蛋白分子量为41.29 ku,含有甲羟戊酸激酶功能域,归属于GHMP_Kinase超级家族。该蛋白没有任何信号肽、转运肽和跨膜结构域,二级结构为混合型结构的蛋白质。Nf MVK基因在青天葵中的表达趋势为:球茎>叶片。该结果可为后续利用MVK基因调控青天葵三萜类活性成分的合成提供理论依据。
- 黄琼林何瑞詹若挺
- 关键词：青天葵生物信息学表达量
- 基于26S rDNA D1-D3区和mat K基因序列分析的阳春砂分子鉴别被引量：7
- 2010年
- 【目的】建立阳春砂不同栽培品种的DNA分子鉴别方法,为阳春砂的优良品种选育提供依据。【方法】以阳春砂栽培种长果、圆果、"春选"及海南砂为材料,用相应引物对26S rDNA D1-D3区和matK基因进行聚合酶链反应(PCR)扩增和测序,对测序结果进行分析,寻找差异位点,并根据序列构建系统发生树。【结果】测序得到的26S rDNA D1-D3序列为739 bp,阳春砂与海南砂在该区域存在4个碱基位点的差异。长果阳春砂与圆果阳春砂序列相同,但它们与"春选"阳春砂存在1个碱基位点的差异,根据26S rDNAD1-D3序列建立的系统发生树揭示了"春选"阳春砂与另外2个栽培品种间的区别。测序得到的matK序列为824 bp,阳春砂3个栽培品种的matK序列相同,与海南砂存在1个碱基位点差异。【结论】从分子水平上可鉴别阳春砂的3个栽培品种,"春选"品种比长果(或圆果)品种与海南砂有着更近的亲缘关系。
- 黄琼林杨锦芬段中岗何瑞詹若挺徐鸿华徐晖陈蔚文
- 关键词：阳春砂基因序列分析
- 鸡血藤及其混伪品matK基因分析和分子鉴定被引量：9
- 2015年
- 以鸡血藤及其4种常见混伪品为试材,采用植物基因组DNA提取试剂盒提取鸡血藤样品总DNA,并采用matK基因通用引物扩增和测序,从GenBank获取鸡血藤4种混伪品的matK基因序列,采用DNAMAN、MEGA等生物软件比对分析序列差异,计算遗传距离并构建聚类树,研究matK基因对鸡血藤及其混伪品的鉴别效果。结果表明:获得的鸡血藤及其混伪品matK序列长度为690bp,平均GC含量为31.1%,共发现236个差异位点,占总碱基数的34.2%。8个鸡血藤样品matK序列在41bp处存在A-G碱基差异。鸡血藤与混伪品之间的种间变异大于鸡血藤样品内的变异。基于matK基因序列建立的聚类树能够明显地鉴别鸡血藤及其混伪品。matK基因可作为鉴别鸡血藤及其混伪品的标准DNA序列。
- 黄琼林马新业詹若挺陈蔚文
- 关键词：鸡血藤MATK基因分子鉴别混伪品
