李炜疆
- 作品数：53 被引量：118H指数：6
- 供职机构：江南大学生物工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金教育部重点实验室基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学理学自动化与计算机技术化学工程更多>>
- 序列相似性网络聚类与蛋白质家族划分被引量：2
- 2014年
- 图聚类法是利用蛋白质序列信息推断其家族分类的有力手段。对于蛋白质数据集中家族内外存在着如同许多超家族一样的复杂关系,图聚类法达到较好表现必须两因素,1)输入的相似性图需要包含有足够的用于分类的信息;2)需要稳健的算法以识别被隐藏在相似性图中的模糊集团。作者测试模块度最优算法Contraction-Dilation(CD)算法,采用来自于Pfam中的具有高度序列差异的烯醇酶宗族作为测试数据集。结果表明使用CD算法在相关参数与相似性图比较恰当的情况下,得到聚类结果与Pfam中高度一致。该算法能在一般情况下,使用最佳参数附近较宽范围仍能表现出较好性能。
- 时逢宽李炜疆
- 关键词：蛋白质家族网络聚类
- 利用蛋白质序列模式识别改善谷氨酸棒杆菌基因组注释
- 2014年
- 即使细菌基因组的基因结构较为简单,但在注释过程中也可能出现基因遗漏的现象。当潜在基因在高质量数据库中没有显著同源序列时,基于知识库的基因预测方法就会遇到困难。本文希望通过系统扫描基因组所有可能ORF的蛋白质序列模式来搜索遗漏基因。为验证该方法的可行性,作者系统分析了重要的工业发酵微生物谷氨酸棒杆菌的基因组,发现了25个候选疑似基因。它们具有显著的蛋白质序列模式,但在Swiss-Prot中元显著同源序列,并且在GenBank中仍未注释。深入分析发现,25个候选疑似基因中19个为可能基因,3个为可能假基因,3个为疑似基因序列。这些结果说明本文的分析方法可以有效地用于无显著同源序列基因的搜索。
- 周大为李炜疆
- 关键词：谷氨酸棒杆菌基因组注释
- 脯氨酸顺式肽键的神经网络筛选
- 2003年
- 运用神经网络的方法,试图揭示脯氨酸局部序列、肽链氨基酸组分对于顺式脯氨酸形成与否的影响,构造基于局部序列和基于氨基酸组分的最优结构的神经网络,同时对顺式脯氨酸进行筛选。结果表明,脯氨酸采取顺式还是反式构象与其局部的序列以及整条肽链的氨基酸组分均有较强的关联。
- 汪明磊李炜疆
- 关键词：神经网络氨基酸组分
- 蛋白质二硫键的分布特征被引量：13
- 2002年
- 以SLCTBASE数据库中包含二硫键的 2 15条多肽链作为研究对象 ,统计分析了二硫键的分布特征 .结果表明 ,二硫键的分布很不均匀 ,主要在序列距离较近的 2个半胱氨酸之间形成 ,大部分二硫键是在序列距离小于 70个氨基酸的地方形成 ,并且对某些序列距离有着强烈的偏好 .这一结果对蛋白质工程中引入人工二硫键、进行分子生物学实验设计具有一定参考意义 .
- 宋江宁李炜疆
- 关键词：半胱氨酸二硫键统计分析
- 分子对接与全局极小化方法被引量：1
- 2001年
- 全局极小化方法及其在结构生物学中的应用近年来取得了显著的进展 .适当简化的分子对接问题是全局极小化方法的一个很好目标 ,并且是当前一个相当活跃的研究领域 .对接可分为两类 :主要用于从头配体设计的细致对接和用于已知化合物数据库筛选以发现药物的粗略对接 ,它们对全局极小化算法的要求是不同的 .简要评述了新出现的适合于对接问题的随机和确定性全局极小化算法 ,其中势能平滑算法看来很有希望 ,值得密切关注 .
- 李炜疆
- 关键词：分子对接
- EcoPDB:高精度大肠杆菌蛋白质结构与对应基因序列数据集被引量：6
- 2001年
- 高质量蛋白质结构及其对应基因序列数据是研究蛋白质折叠与蛋白质编码序列关系问题的基础 .通过查询SWISS PROT数据库中E .coli的蛋白质 ,得到不同数据库中的蛋白质结构与基因序列的交叉索引表 ,在此基础上 ,删除大量冗余及不可靠数据 ,最后得到一个高精度数据集E coPDB .该数据集共有 191个E .coli基因及其相应的精度好于 2 .5 的X射线衍射测定的PDB蛋白质结构数据 ,总残基数约 5.
- 李炜疆宋江宁
- 关键词：基因序列蛋白质结构数据集大肠杆菌
- 直链淀粉结构的分子动力学模拟被引量：4
- 2005年
- 为了研究直链淀粉的结构,构建并优化了200个单体组成的直链淀粉模型.在DreidingⅡ力场、热力学温度为300 K条件下对直链淀粉进行1 ns分子动力学模拟计算.分析了直链淀粉分子力学优化的结构1、ns时的结构以及势能最低时的结构,其结果将有助于对直链淀粉结构功能的进一步研究.
- 张革新王正武李炜疆须文波
- 关键词：直链淀粉分子动力学
- 全局最优化的平滑积分变换方法Ⅰ基本思想和理论框架被引量：1
- 1997年
- 提出了解决全局最优化中多极小问题的平滑积分变换方法．通过平滑积分变换将目标函数平滑变形，充分变形后的目标函数将仅有一个极小，沿该极小在变形过程中的轨迹回溯即可找出其对应的原始目标函数的一个较深且较宽的极小．研究了平滑积分变换的数学性质并提出了不依赖局部极小化算法的极小追踪技术．
- 李炜疆罗辽复
- 关键词：最佳化
- 外电场影响酶活性机制初探被引量：5
- 1995年
- 用电子－构象相互作用理论研究了外电场影响酶活性的分子机理，并讨论了相关的问题，结果表明强外场有利于激发酶的活性．
- 郭维生冯启元李炜疆
- 关键词：活性电场相互作用生物效应
- α-淀粉酶氨基酸含量与其最适温度的关系被引量：2
- 2006年
- α-淀粉酶在许多工业领域中均有广泛应用,但大多数α-淀粉酶必须改造才能满足苛刻的温度条件,因此α-淀粉酶温度改造的蛋白质工程已经开始。通过对酶的理性设计可以创造新的酶。这一技术实现,依赖于两大技术的发明,即基因工程中的定点诱变技术和生物信息学。在本文中,构建了α-淀粉酶序列库和α-淀粉酶温度序列库。通过对α-淀粉酶温度序列库进行多元回归分析,得到预测α-淀粉酶的最适温度的方程。预测了α-淀粉酶的最适温度,相关系数为0．959 71。分析方程中各种氨基酸系数,发现:半胱氨酸对α-淀粉酶最适温度影响最大。极性氨基酸影响强;大多数氨基酸会降低α-淀粉酶的最适温度。这些信息将有助于α-淀粉酶的温度改造工程。
- 张革新王正武朴银实朱建耀李炜疆须文波
- 关键词：Α-淀粉酶最适温度氨基酸含量生物信息学
