樊盛博
- 作品数：8 被引量：15H指数：2
- 供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学理学更多>>
- 一种交联二肽快速鉴定方法
- 本发明提供一种交联二肽快速鉴定方法，包括：1)提取待鉴定串联谱图中的有效谱峰，根据各个有效谱峰对应的质量，查找碎片索引得到相应的肽段序列作为候选α肽序列，其中所述碎片索引记录了各个碎片质量及其对应的肽段序列；2)对于每个...
- 孟佳明樊盛博迟浩卢珊孙瑞祥董梦秋贺思敏
- 一种对多肽交联肽段进行质谱鉴定的假发现率控制方法
- 本发明提供一种对多肽交联肽段进行质谱鉴定的假发现率控制方法，包括：1)对于每张谱图，基于肽段匹配模型，在存储了单条肽段结构的数据库中进行搜索，得出匹配的n肽交联的鉴定结果；数据库既包括真实肽段结构也包括诱饵肽段结构；2)...
- 樊盛博迟浩孟佳明卢珊尹吉澧孙瑞祥董梦秋贺思敏
- 文献传递
- 交联蛋白鉴定软件pLink
- 交联质谱技术将质谱技术与交联技术相结合,为研究蛋白质的三维结构与蛋白质间的相互作用提供了新的技术手段。本课题组在前人工作的基础上研发了应用于化学交联技术的二肽交联鉴定软件系统pLink[1],并于2012年发表于Natu...
- 尹吉澧孟佳明樊盛博迟浩刘超杨皓胡蓝青贺思敏孙瑞祥董梦秋
- 关键词：蛋白质组学蛋白质鉴定质谱
- 文献传递
- 一种交联二肽快速鉴定方法
- 本发明提供一种交联二肽快速鉴定方法，包括：1)提取待鉴定串联谱图中的有效谱峰，根据各个有效谱峰对应的质量，查找碎片索引得到相应的肽段序列作为候选α肽序列，其中所述碎片索引记录了各个碎片质量及其对应的肽段序列；2)对于每个...
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- 文献传递
- 蛋白质基因组学:运用蛋白质组技术注释基因组被引量：4
- 2013年
- 随着高通量DNA测序技术的飞速发展,越来越多的物种完成了基因组测序.定位编码基因、确定编码基因结构是基因组注释的基本任务,然而以往的基因组注释方法主要依赖于DNA及RNA序列信息.为了更加精确地解读完成测序的基因组,我们需要整合多种类型的组学数据进行基因组注释.近年来,基于串联质谱技术的蛋白质组学已经发展成熟,实现了对蛋白质组的高覆盖,使得利用串联质谱数据进行基因组注释成为可能.串联质谱数据一方面可以对已注释的基因进行表达验证,另一方面还可以校正原注释基因,进而发现新基因,实现对基因组序列的重新注释.这正是当前进展较快的蛋白质基因组学的研究内容.利用该方法系统地注释已完成测序的基因组已成为解读基因组的一个重要补充.本文综述了蛋白质基因组学的主要研究内容和研究方法,并展望了该研究方向未来的发展.
- 张昆王乐珩迟浩卜德超袁作飞刘超樊盛博陈海丰曾文锋罗海涛孙瑞祥贺思敏谢鹭赵屹
- 关键词：基因组注释蛋白质组学质谱技术
- 一种对多肽交联肽段进行质谱鉴定的假发现率控制方法
- 本发明提供一种对多肽交联肽段进行质谱鉴定的假发现率控制方法，包括：1)对于每张谱图，基于肽段匹配模型，在存储了单条肽段结构的数据库中进行搜索，得出匹配的n肽交联的鉴定结果；数据库既包括真实肽段结构也包括诱饵肽段结构；2)...
- 樊盛博迟浩孟佳明卢珊尹吉澧孙瑞祥董梦秋贺思敏
- 规模化蛋白质鉴定中母离子的准确检测技术研究被引量：1
- 2013年
- 蛋白质组学的基础研究之一是蛋白质鉴定.规模化的蛋白质鉴定通常采用"鸟枪法",即选择一些酶切肽段(母离子)碎裂生成二级谱图,通过二级谱图及其母离子质量鉴定肽段,再推断对应的蛋白质.在鉴定过程中,母离子质量是一个关键参数.母离子是否是肽段的单同位素峰决定了正确肽段是否能进入候选,母离子的质量精度决定了候选肽段的数目.本文从判断单同位素峰和系统误差校准这两个角度研究了母离子的准确检测技术.判断单同位素峰的技术在蛋白质上已有研究,包括电荷判断、单同位素峰判断和重叠同位素峰判断.可以借鉴蛋白质水平的技术研究母离子的单同位素峰判断方法.同时母离子的系统误差校准也有较为成熟的方法.这两个角度的研究有助于提高规模化蛋白质的鉴定率.
- 袁作飞邬龙刘超迟浩樊盛博张昆曾文锋孙瑞祥贺思敏
- 关键词：蛋白质组学蛋白质鉴定
- 蛋白质结构与相互作用研究新方法--交联质谱技术被引量：10
- 2014年
- 蛋白质的空间结构信息以及蛋白质间的相互作用信息对于研究蛋白质的功能有重要意义.研究蛋白质结构与相互作用的传统技术,如核磁共振技术、X射线晶体衍射技术等,对于蛋白质的纯度、结晶性和绝对量均有比较高的要求,限制了其广泛应用.交联质谱技术是近十多年来发展起来的新技术,它将质谱技术与交联技术相结合,在研究蛋白质结构与相互作用方面具有速度快、成本小、蛋白质各方面性状要求低等优势.本文就交联质谱技术各个环节的技术方法加以综述,包括交联质谱实验分离富集技术、常见交联剂特性、交联质谱数据库搜索算法、结果验证研究和交联质谱技术的应用等方面,并展望了该研究方向未来的发展.
- 樊盛博吴妍洁杨兵迟浩孟佳明卢珊张昆邬龙孙瑞祥董梦秋贺思敏
- 关键词：蛋白质结构蛋白质相互作用蛋白质组学质谱技术
