罗成
- 作品数：3 被引量：7H指数：2
- 供职机构：中国科学院上海药物研究所更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 阐明TET家族蛋白质底物偏好性机制
- 2016年
- 基因组中胞嘧啶的甲基化修饰是重要的表观遗传标记,其动态变化参与了多种重要生物学过程。TET(ten-eleven translocation)家族蛋白质介导了5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5m C)的连续氧化,相继生成5-羟甲基胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hm C)、5-醛基胞嘧啶(5-formylcytosine,5f C)和5-羧基胞嘧啶(5-carboxylcytosine,5ca C)三种产物。生化实验结果表明,虽然TET2可以连续催化5m C、5hm C和5f C的氧化,但其对不同底物的催化效率具有明显差异,针对5m C的催化效率最高,而针对5f C的最低。这一特性可能对维持基因组甲基化状态稳定具有重要意义。然而,生化与结构生物学实验均显示,TET2对不同底物结合与识别能力无明显差异。分子模拟与QM/MM计算结果表明,整个反应循环中的第三步(氢抽提)为限速步骤,且能垒趋势与实验观测反应效率一致,并预测氢抽提反应的能垒差异主要来源于不同底物在反应中间体时取向不同。进一步的同位素动力学效应实验确证了氢抽提步骤为整个反应的限速步骤,并且停留光谱实验证实,TET2对不同底物催化效率的差异来源于氢抽提步骤反应速率的不同。我们的研究首次阐明了TET2底物偏好性源于底物碱基5-位取代基自身的性质,并且证实5hm C修饰由于不易于被TET2继续氧化而可在基因组中保持稳定。这对深入理解基因组去甲基化修饰的分子机制及对TET2及其家族蛋白小分子调控剂的研发具有重要意义。
- 卢俊彦胡璐璐程净东王晨徐彦辉罗成
- 关键词：表观遗传DNA甲基化
- 科研信息化助力合理药物设计新发展被引量：4
- 2016年
- 大数据时代,超级计算机促进了合理药物设计研发,这种药物研究模式的转变推动了创新新药发现又一个春天的到来。科研信息化基础设施的升级,包括高性能计算机处理器技术的不断更新,新的资源模式的出现,使得超算技术与计算生物学、计算化学密切结合,进一步为传统的药物发现和计算机辅助药物设计增添了新功能,加速了分子动力学模拟和虚拟筛选等的研究进程。文章从药物设计学方法研究、药代动力学模型设计和药物设计方法的具体应用三个方面对当今合理药物设计领域的新发展进行了评述,详尽阐释了科研信息化在提高效率、降低成本、加快进程、管控风险及提升研发价值和创新能力方面的优势。
- 胡骏驰徐盼陈彦韬刘婷婷陆冬徐圆阳怀宇罗小民朱维良郑明月于坤千罗成蒋华良
- 关键词：科研信息化合理药物设计计算机辅助药物设计
- 鞘氨醇磷酸酯调控机制的研究进展被引量：3
- 2010年
- 鞘氨醇磷酸酯(Sphingosine-1-phosphate,S1P)是一种存在于细胞中具有生物活性的脂质信使,关于这类脂质信使在核内如何调控基因表达及在细胞质中如何调控NF-κB信号通路机制尚未明确。国家自然科学基金项目承担者、上海药物研究所罗成副研究员与美国弗吉尼亚联邦大学Sarah Spiegel教授开展合作研究,在该领域研究连续取得重大突破。2009年9月,该研究团队在《科学》(Science)杂志首次提出S1P是一种组蛋白去乙酰化酶(Histone deacetylase,HDAC)内源性生理调节因子,HDAC是S1P在核内的直接作用靶标,S1P通过调控HDAC,进而达到调控基因表达的功能。2010年6月24日,该团队在《自然》(Nature)杂志上阐明了S1P在NF-κB信号通路上的调控机制,即TRAF2是S1P在胞内的一个新靶点,S1P是人们一直在探索的激活TRAF2的E3泛素连接酶活性的辅助因子,该研究提供了一个RIP1上K63位多聚泛素化调节的新模式,并且阐明了SphK1及其产物S1P在TNF-α信号通路和经典的NF-κB信号通路中的关键作用。S1P在调控基因表达和TNF-α信号通路和经典的NF-κB信号通路中的关键作用的新机制将为发展新型HDAC抑制剂,开发抗肿瘤、炎症及免疫疾病的新型药物提供新的关键线索。
- 叶飞孔祥谦罗成
- 关键词：HDACTRAF2
