曾文锋
- 作品数：31 被引量：11H指数：2
- 供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术理学文化科学更多>>
- 代谢标记数据在蛋白质鉴定结果可靠性评估中的应用
- 基于质谱技术的蛋白质鉴定是蛋白质组学研究的基础内容,而对定性结果进行质控是必不可少的关键环节。现在常用的质控方法是目标诱饵法(Target Decoy Approach,TDA)[1]。该方法通过统计来自诱饵库的鉴定结果...
- 刘超迟浩曾文锋杨皓周文婧孙瑞祥贺思敏
- 关键词：蛋白质组学质谱质控
- 文献传递
- N-糖肽的规模化质谱解析方法进展被引量：6
- 2016年
- 蛋白质糖基化修饰的鉴定是蛋白质翻译后修饰分析中最具挑战性的任务之一,近几年尤其受到关注.快速发展的质谱技术为规模化的蛋白质糖基化修饰研究提供了有效的手段.与其他基于质谱技术的翻译后修饰鉴定相比,糖基化鉴定的难点在于糖链是大分子而且存在微观不均一性,另外糖链本身可以在串联质谱中碎裂且与肽段的碎裂规律不同,导致蛋白质组学的质谱解析方法和软件难以完整地鉴定肽段序列和糖链结构.完整N-糖肽的鉴定是糖基化分析的热点内容之一,针对N-糖肽的鉴定,近年来,人们开发了多种多样的质谱解析方法,其中包括用N-糖酰胺酶切除糖链后鉴定N-糖基化位点的方法、基于电子转运裂解的糖肽肽段鉴定、基于高能碰撞裂解与电子转运裂解联用或碰撞诱导裂解与三级谱联用的完整N-糖肽鉴定等等.本文对这些质谱解析方法进行了整理和综述,简要指出了目前完整糖肽鉴定软件存在的一些不足,展望了未来的发展方向.
- 曾文锋张扬刘铭琪吴建强张晓今杨皓刘超迟浩张昆孙瑞祥杨芃原贺思敏
- 关键词：糖肽糖基化质谱
- Open-pFind:新一代开放式搜索引擎显著提高肽段质谱鉴定率
- 目前,蛋白质组学已经成为本世纪生命科学的研究重点[1]。其中,人们主要使用质谱技术对生物样品进行分析,基于质谱数据的蛋白质鉴定已经成为蛋白质组学的核心技术[2]。尽管质谱仪和相关计算技术近年来发展迅速,但由于质谱数据的规...
- 迟浩刘超杨皓曾文锋孙瑞祥贺思敏
- 关键词：蛋白质鉴定
- 文献传递
- 串联质谱数据母离子检测模型训练方法及母离子检测方法
- 本发明提供一种串联质谱母离子检测模型训练方法，包括下列步骤：1)获取母离子已知的谱图数据集，对于其中每张二级谱图，确定该二级谱图的候选母离子；2)提取每个二级谱图-候选母离子组合的特征向量，并根据二级谱图和候选母离子配对...
- 邬龙曾文锋袁作飞刘超孟佳明贺思敏
- 文献传递
- 肽段-谱图匹配可信度检验方法、系统、存储介质及装置
- 本发明提出一种肽段‑谱图匹配可信度检验方法、系统、存储介质及装置，包括：将待检测结果中图谱数据输入至开放式搜索引擎，得到待检测结果的鉴定结果；获取限定式搜索引擎对待检测结果的打分，得到第一分值，同时提取第一分值排前n名候...
- 周文婧杨皓曾文锋张昆迟浩贺思敏
- 文献传递
- 氨基酸可信度和修饰位点定位的评估方法
- 本发明提供了一种氨基酸可信度评估模型训练方法。该方法包括：根据包含待训练氨基酸的训练肽段产生所述待训练氨基酸的背景肽段集合；从所述训练肽段和所述待训练氨基酸提取多个特征；以所提取的多个特征作为输入向量，以所述待训练氨基酸...
- 杨皓迟浩曾文锋周文婧王钊伟王瑞敏牛秀南陈振霖刘超贺思敏
- 一种串联质谱谱图鉴定方法
- 本发明提供一种串联质谱谱图鉴定方法，其特征在于，包括下列步骤：1)对于待鉴定谱图数据集中的每张谱图，分别在全局序列库中进行限制性搜索，获得各谱图的匹配肽段；2)根据步骤1)所得各谱图的匹配肽段，构建局部序列库，对于待鉴定...
- 何昆曾文锋付岩迟浩贺思敏
- 文献传递
- 一种基于正则表达式的N糖结构库构建方法与系统
- 本发明涉及一种基于正则表达式的N糖结构库构建方法与系统，包括：将五糖核心中每个单糖作为一个节点，为各节点进行编号以明确节点所代表的单糖类别，根据各节点间的连接关系和编号，计算五糖核心中每个节点的正则表达式，并将所有正则表...
- 张晓今曾文锋吴建强孙瑞祥贺思敏
- 文献传递
- 串联质谱数据母离子检测模型训练方法及母离子检测方法
- 本发明提供一种串联质谱母离子检测模型训练方法，包括下列步骤：1)获取母离子已知的谱图数据集，对于其中每张二级谱图，确定该二级谱图的候选母离子；2)提取每个二级谱图‑候选母离子组合的特征向量，并根据二级谱图和候选母离子配对...
- 邬龙曾文锋袁作飞刘超孟佳明贺思敏
- 文献传递
- 一种串联质谱谱图鉴定方法
- 本发明提供一种串联质谱谱图鉴定方法，其特征在于，包括下列步骤：1)对于待鉴定谱图数据集中的每张谱图，分别在全局序列库中进行限制性搜索，获得各谱图的匹配肽段；2)根据步骤1)所得各谱图的匹配肽段，构建局部序列库，对于待鉴定...
- 何昆曾文锋付岩迟浩贺思敏
- 文献传递
