公共文化服务平台

Web Services和XML技术在生物信息数据发布及整合中的应用: 该论文以Web Services跨平台的特点,在分布式的环境中发布和整合以XML格式的生物数据.利用抑制削减杂交和基因芯片技术获得一批黄孢原毛平革菌(Phanerochaete chrysosporium)特异表达的ES...; 李校; 关键词：黄孢原毛平革菌; 文献传递

用cDNA微阵列技术快速筛选粗毛栓菌的表达基因(英文)被引量：2: 2004年; 利用cDNA微阵列技术快速筛选具有较强降解木质纤维素能力的白腐真菌粗毛栓菌 (Trametesgallica)的表达基因 .利用木质素生物降解模式菌株黄孢原毛平革菌 (Phanerochaetechrysosporium)的cDNA制备研究所用微阵列 .在含有2 5 96个cDNA片段的芯片上共检测到 172个阳性克隆 ,其中有 16 5个克隆的荧光信号比值 (Cy 5 /Cy 3)在 0 5和 2 0之间 ,占所检测阳性克隆数的 95 9% .对应于在限氮条件下生长 5天和 12天的粗毛栓菌培养物 ,分别有 3个和 4个时序特异性差异表达基因 .随机挑取 12 2个克隆进行测序和序列比对 ,发现所测序列中有 118个能够很好地定位于黄孢原毛平革菌的基因组上 .结果显示 ,粗毛栓菌与黄孢原毛平革菌在表达序列上存在较大差异 ,表明这两种真菌之间存在着较远的亲缘关系 .通过同源性比对分析 ,发现 2个令人感兴趣的克隆 ,一个对应于黄孢原毛平革菌过氧化物酶基因lpoB的部分片段 ,另一个为编码一种热激蛋白的基因 .; 孙迅江明锋李校张义正; 关键词：CDNA微阵列粗毛栓菌黄孢原毛平革菌同源性分析克隆

组合多重证据促进真核生物基因结构预测: 人类基因组计划的实施预示着现代生物学的发展进入到了组学的时代。当前，有近2,000个物种的基因组序列测定已经完成或者正在进行。基因组序列是一个物种进行一切生命活动的遗传与物质基础，解释和理解基因组序列的第一步是完整地注释...; 李校; 关键词：真核生物基因预测 MICRORNA 比较基因组学生物信息学

黄孢原毛平革菌转录组分析: 黄孢原毛平革菌(Phanerochaete chrysosporium)能降解植物细胞壁组分,如纤维素,半维素以及比较稳定的木质素,它成为了研究与木质素降解相关的生理和遗传的模式物种,也是目前被研究的最多的白腐真菌。黄孢...; 赵传武王中山张义正李校; 关键词：黄孢原毛平革菌转录组高通量测序基因注释; 文献传递

Linux平台下EST序列分析系统的构建应用实例被引量：3: 2005年; 利用抑制削减杂交和基因芯片技术获得一批黄孢原毛平革菌特异表达的EST序列,使用Phrap、EMBOSS、Blast、GENSCAN、MZEF软件,基于Linux操作系统,构建EST序列分析系统,完成了从EST和基因组Blast数据库的构建,载体序列的去除,EST序列的分类和组装,EST序列在基因组上的定位,外显子和内含子的识别以及基因预测.并通过使用perl语言结合bioperl模块写的脚本程序使分析过程自动化,从而可以快速地对大批EST序列进行分析,为克隆相关基因及研究黄孢原毛平革菌功能基因组学提供有用的信息.; 李校江明锋张义正; 关键词：黄孢原毛平革菌 EST序列分析基因预测 LINUX操作系统

短小芽孢杆菌BA06的比较基因组分析被引量：2: 2018年; 将短小芽孢杆菌BA06与其他18个短小芽孢杆菌菌株进行全基因组比较,鉴定出BA06基因组中有包括抗性岛、毒力岛、共生岛在内的12个基因组岛或噬菌体序列.基因家族分析鉴定出BA06有3个特异性基因家族,9个基因家族发生扩张,3个基因家族有所收缩.表明BA06在短小芽孢杆菌这一菌种中具有突出的抗药性与运动能力,并具有除皮革脱毛外更多的生物学特性.; 刘云山田应明李校; 关键词：短小芽孢杆菌比较基因组学基因家族

拟南芥蛋白质相互作用网络的性质研究及其预测: 蛋白质相互作用贯穿于所有的生物学过程,研究蛋白质相互作用网络不仅可以从分子水平揭示蛋白质的功能,而且对于揭示生长、发育、分化和凋亡等生命活动规律至关重要。随着大规模蛋白质相互作用检测技术的发展,已经有很多模式物种的蛋白质...; 蔡浩洋闵明玮胡函张义正李校; 关键词：拟南芥蛋白质组学; 文献传递

大熊猫bHLH基因家族的识别与分析: 2011年; 碱性/螺旋-环-螺旋(basic/Helix-Loop-Helix,bHLH)蛋白质家族是数量最多、最复杂的转录因子家族之一,几乎存在于所有真核生物体内,其功能包括参与神经发育、肌肉形成、造血等重要生物学过程的基因表达调控。目前对一些动物的bHLH蛋白的研究已较为广泛和深入,但作为保护动物的旗舰物种大熊猫的bHLH蛋白的研究却很有限,大熊猫全基因组最近已经公布,这方便了大熊猫bHLH的深入研究。本研究发现大熊猫基因组中共有118个bHLH基因,根据结构域差异和系统发育分析结果,大熊猫的bHLH基因归属于42个亚家族,其中属于A、B、C、D、E、F6个组的数目分别为:56、26、17、5、6、0,此外还有8个大熊猫的bHLH成员暂时无法将其分为任何一组,列为"orphans"组。有些种类,如COE和MITF亚家族在大熊猫进化过程中可能出现了丢失。; 徐俊丽李玉芝张修月岳碧松李校; 关键词：大熊猫 BHLH 基因家族进化分析

水稻蛋白质相互作用网络的预测与分析被引量：2: 2010年; 通过同源映射的方法,利用6个模式物种的蛋白质相互作用数据预测水稻的蛋白质相互作用网络.预测到水稻中有4483个蛋白质参与了24942个蛋白质相互作用.通过GO注释,结构域相互作用,基因共表达等3个证据评估预测网络的质量,并对网络进行了拓扑属性分析.结果表明水稻的蛋白质相互作用网络符合scale-free属性.通过对网络中功能模块的分析,可以预测蛋白质的功能和亚细胞定位信息.; 蔡浩洋李校徐加豹张义正; 关键词：水稻蛋白质相互作用蛋白质功能预测

基于人类线粒体基因功能网络的线粒体蛋白功能预测被引量：1: 2013年; 本研究旨在利用生物信息学的方法建立高可信度线粒体基因清单,通过整合14个全基因组和线粒体水平的异质组学证据,利用朴素贝叶斯模型建立了线粒体基因功能网络,然后基于此网络预测线粒体相关KEGG pathway新的组件,确定部分线粒体基因功能.本研究预测得到78个线粒体相关KEGG pathway新的组件.; 赵培虎李校桂俊鸿刘震张义正; 关键词：线粒体朴素贝叶斯模型蛋白质功能预测

渝B2-20050021-1　渝公网安备 50019002500403号　违法和不良信息举报中心　互联网出版许可证　新出网证(渝)字10号

李校