宫利东
- 作品数：70 被引量：107H指数：6
- 供职机构：辽宁师范大学化学化工学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金辽宁省高等学校优秀人才支持计划辽宁省自然科学基金更多>>
- 相关领域：理学自动化与计算机技术化学工程医药卫生更多>>
- 有机分子的特征边界轮廓
- 宫利东赵东霞杨忠志
- 关键词：有机分子分子特征
- 基于MPI+CUDA环境的静电相互作用能并行求解被引量：1
- 2012年
- ABEEMσπ(Atom-Bond Electronegativity EqualizationσπModel)模型中,原串行程序求静电相互作用能的方法非常耗时,致使研究问题的效率降低。针对原程序中多个循环相互嵌套的求解部分,采用带状卷帘存储迭代分配的MPI(Message Passing Inter-face)并行化处理;对体系中所有原子、σ键、孤对电子、π键位点之间的静电相互作用能采用多线程CUDA(Computer Unified DeviceArchitecture)并行化处理。传统MPI+CUDA环境中,GPU和CPU之间的数据传输开销大,导致整体性能下降以及各种粒子间计算串行调用CUDA,致使时间浪费。针对上述情况,使用GPU核心的缓存机制解决传输开销大的问题,并利用多CUDA流技术实现多个循环异步进行计算,从而缩短了运行时间。然后选取多个不同类型的大分子体系进行测试,结果表明,利用改进的MPI+CUDA并行模型进行动力学模拟,并行加速比显著提高,大幅度缩减了求解静电相互作用能的时间,并得到与串行一致的结果。
- 刘青昆马名威杨荣杰宫利东
- 关键词：并行计算消息传递接口统一计算设备架构
- 离子水溶液体系的原子-键电负性均衡浮动电荷模型研究
- 离子水合及生物分子体系内离子选择性的微观作用机制是人们长期探索的重要课题,其难点在于如何合理精确地描述离子-水、离子-生物分子等各种相互作用。近年来我们应用原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对在含离...
- 宫利东杨忠志
- 尿素致蛋白变性的浮动电荷力场的模拟研究
- 尿素使蛋白质变性很早就被发现,但其变性机理尚未定论[1-3],目前主要有两种不同观点,即间接作用模型[1]和直接作用模型[2-3]。为能够准确模拟描述尿素分子在环境变化时的静电极化现象,采用MP2/6-311++G(d,...
- 卜聪明刘翠宫利东
- 关键词：尿素径向分布函数动力学模拟
- 文献传递
- 从头算和ABEEMσπ/MM对（CH3OH）n（n=3～12）和[M（CH3OH）n]+（M=Na,K）团簇的研究
- 应用从头计算（ab initio）和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场方法（ABEEMσπ/MM）对环状甲醇团簇（CH3OH）n（n=3～12）体系、[Na（CH3OH）n]+（n=3～6）体系和[K（CH3OH）n]+...
- 于泳博刘翠宫利东杨忠志
- 关键词：ABEEMΣΠ/MM
- 文献传递
- 应用分子形貌理论研究类SN2反应被引量：3
- 2008年
- 应用分子形貌理论,研究了类SN2反应过程中的沿着IRC路径上固定点的分子形貌的特征,计算给出了形状和电子密度特征参数以及各键的Dpb值.应用Matlab程序绘制了分子特征边界轮廓上的电子密度分布的三维图像,即分子形貌像,给出了这类反应的动态变化过程.
- 杨忠志闵芳赵东霞宫利东丁艳丽
- 关键词：分子形貌
- 水合碱金属离子团簇Rb^+(H_2O)_n和Cs^+(H_2O)_n的量子化学研究被引量：2
- 2011年
- 应用高水平的从头计算方法QCISD/aug-cc-pVDZ,对气相中的Rb+(H2O)n和Cs+(H2O)n(n=1～6)体系进行研究,优化几何构型,对能量最低的结构,计算结合能和振动频率.结果表明,随着水分子数目的增加,对于Rb+和Cs+,RMO和总结合能有相同的变化趋势;电荷分布显示位于离子上的正电荷逐渐减小,位于氧原子上的负电荷逐渐增大,位于氢原子上的正电荷变化不明显.
- 宫利东龚海丹
- 关键词：结合能电荷分布
- CCl4液体及离子溶剂化的ABEEM/MM分子动力学模拟研究
- ＜正＞依据ABEEM/MM浮动电荷分子力场模型,定义了一个非刚体的、9点浮动电荷CCl4势能函数,该函数可以很好地描述（CCl4）2和Na+（CCl4）n（n=1-4）团簇的结合能。进而,我们对CCl4液体和Na+
- 宫利东李欣杨忠志
- 关键词：ABEEM/MM离子溶剂化分子动力学模拟
- 文献传递
- 离子水合和离子-生物分子相互作用的ABEEM浮动电荷力场研究
- <正>离子在众多化学和生命过程中发挥着不可替代的作用,揭示离子水合及其与生物分子的微观作用机制,是人们长期探索的重要课题[1],其难点在于如何准确、合理地描述离子、水、生物分子之间的相互作用。运用高水平量子化学方法和原子...
- 宫利东杨忠志
- 关键词：离子选择性分子间相互作用
- 文献传递
- 卤素离子水溶液体系的从头计算和ABEEM浮动电荷分子力场研究
- 采用量子化学方法计算X-（H2O）n（X-=F-/Cl-/Br-/I-,n=1～6）团簇体系的结构、结合能和电荷分布。结果表明,团簇体系最稳定构型是H2O中H直接与卤素离子配位;当外层配位水分子数为3～5时,F-被水分子...
- 王宁刘翠宫利东
- 关键词：卤素离子分子动力学模拟
- 文献传递
