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GB1蛋白去折叠相变的分子动力学模拟: ＜正＞蛋白质折叠或去折叠问题是当代分子生物学和生物物理学面临的挑战之一。蛋白质热力学特性和蛋白质的折叠机制密切相关。Pivalove等人用微卡路里方法对蛋白质折叠和去折叠过程的热力学性质进行了大量研究,结果表明蛋白质折...; 王吉华张志勇刘海燕施蕴渝; 文献传递

压强温度耦合作用下小蛋白去折叠过程的分子动力学模拟被引量：7: 2004年; 在不同温度(280～540K)和压强(1×102～8×105kPa)的耦合作用下,对GB1(the B1 domain ofprotein G)进行了56次独立分子动力学模拟,模拟时间达88.8 ns.在此基础上,研究了压强和温度对GB1去折叠过程的耦合效应.结果表明,压强对温度去折叠过程有明显影响,改变了蛋白质二级结构去折叠速度和蛋白质去折叠过程发生事件的先后次序.相同温度下,GB1的α-螺旋和β-折叠的稳定性随压强增大而提高;可及性表面积和其它结构特性参数随压强增大而减小.适度的压强(如2×105kPa)会抑制温度导致的GB1二级结构去折叠速度,而更大的压强(如8×105 kPa)又加速了GB1的去折叠速度.在模拟的温度范围,当压强为100和2×105kPa时,GB1疏水核协同暴露于水,而5×105和8×105 kPa时没出现此现象,这与最近的高压变性实验结果一致.; 王吉华张志勇刘海燕施蕴渝; 关键词：分子动力学模拟

Structural investigation of interaction between tandem SH3 domains of CAP and Vinculin: CAP is an important cytoskeletal adaptor protein involved in the regulation of adhesion turnover.Interaction b...; 赵德彪张家海王崇元吴季辉施蕴渝张志勇龚庆国

Unraveling low-resolution structural data of large biomolecules by constructing atomic models with experiment-targeted parallel cascade selection simulations: Various low-resolution experimental techniques have gained more and more popularity in obtaining structural in...; 彭俊辉张志勇

核磁共振、X射线小角散射以及计算机模拟相结合构建生物大分子复合物的结构模型（英文）被引量：1: 2015年; 近年来,结构生物学研究越来越注重生物大分子复合物的解析,因为许多重要生物学过程都离不开复合物的参与.溶液核磁共振是目前重要的结构解析方法之一.X射线小角散射(SAXS)作为一种新的结构生物学实验手段,近年来发展迅速.SAXS能提供生物大分子复合物的较低分辨率结构信息,而核磁共振能解析复合物中各个亚基的原子分辨率结构.此外,通过核磁共振还能得到亚基之间的界面、取向以及距离信息.因此近年来通过计算机模拟,整合核磁共振和SAXS不同分辨率的结构信息,可以用来搭建生物大分子复合物的结构模型.该综述重点介绍这方面的研究进展.; 彭俊辉赵德彪文彬张志勇; 关键词：计算机模拟

Computational simulations of flexibility between the tandem WW domains in formin binding protein 21 combining small angle X-ray scattering data: Flexibility between domains within a multi-domain protein is often critical for its biological function.This p...; 文彬彭俊辉龚庆国施蕴渝张志勇

利用顺磁弛豫增强对大肠杆菌Hfq羧基端尾巴的结构与功能的研究: 在大肠杆菌中,RNA分子伴侣蛋白Hfq是一个重要的转录后调节因子。Hfq是由一个进化上保守的Sm结构域和一个柔性的羧基端尾巴所组成,其中Sm结构域形成一个同源六聚体的核心,而羧基端的尾巴却没有固定的结构并且在不同种类的细...; 文彬王维维张泳辉张家海张志勇吴季辉施蕴渝; 文献传递

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张志勇