胡陶
- 作品数：24 被引量：153H指数：7
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- 毛竹全长LTR逆转座子的鉴定和进化分析被引量：1
- 2014年
- 转座子和逆转座子的大量插入,是高等植物基因组进化的重要动力。作为植物基因组研究热点的禾本科植物之一,毛竹基因组大小约为2 Gb,60%为重复序列,长末端重复序列型逆转座子（LTR逆转座子）则占全部重复序列的一半以上,然而目前对毛竹基因组中LTR逆转座子及进化情况知之甚少。本研究利用已发表的毛竹基因组序列,首次通过大数据筛查预测获得9 436个平均长度10.3 kb的全长LTR逆转座子。通过分析,我们估算出毛竹LTR逆转座子插入基因组的时间主要分布于200~500万年前,晚于毛竹基因组四倍化的时间。研究还发现了29个位于全长LTR逆转座子内部、有转录组序列支持的蛋白编码基因,这些毛竹基因均不符合所在基因组区段的毛竹-水稻基因共线性关系,且位于LTR逆转座子内部的基因与存在于染色体其他位置的同源基因在表达模式上有着较大差异。本研究首次尝试从LTR逆转座子的角度探索毛竹基因的进化历程,也为今后的植物基因组研究提供了重要的基础数据。
- 胡陶马艳军李雪平刘秀丽高健
- 关键词：毛竹转座因子
- 独花兰菌根真菌的分离及rDNA ITS序列在其分类鉴定中的应用被引量：4
- 2009年
- 独花兰（Changnienia amoena Chien）为我国特有的独属独种兰科植物，仅生长于长江中下游及陕西南部的山地林下及沟谷中，是中国特有兰科物种之一，被列为国家二级保护植物。以浙江天目山自然保护区的野生独花兰中分离获得的菌根真菌为对象，应用传统的形态结构鉴别与rDNA ITS分子生物学手段相结合的研究方法，进行了菌株的分类鉴定研究，确定该菌株为兰科菌根真菌之一的胶膜菌属（Tulasnella）真菌。研究结果对于全面了解兰科植物菌根真菌的特征和有效保护独花兰植物资源均具较大意义和参考价值。
- 张兰武静宇杨淑贞刘亮胡陶李潞滨
- 关键词：独花兰菌根真菌RDNAITS
- 竹子基因报告(～2015年)
- 2016年
- 竹子是重要的森林植物类型。随着分子生物技术的发展,可以从基因水平对竹类作物进行研究,从2009年Gene ID为8223103的NCBI第1个竹子基因登录,截止2015年底,已有6 462个竹子基因成功登录,分布于竹亚科3个族的33个属的50个种。相比2014年,新增2 519个基因,分布于14个属的20个种,文章调查分析了这些基因的描述、类型以及基因参考序列的情况,年度更新了2014年版"竹子基因调查分析报告"。
- 陈晓东朱志勇张韫张莹冉洪胡陶冯云郭起荣
- 关键词：竹种NCBI基因序列
- 适用于rDNA ITS分析的兰属菌根真菌培养及DNA提取方法被引量：35
- 2007年
- 为探讨兰属植物与其共生真菌之间专一性关系,采用覆盖纤维素滤膜于PDA培养基的方法培养兰属菌根真菌,提取其DNA后用于rDNA ITS分析。在培养过程中克服PDA液体培养及固体培养获得菌丝体少的缺点,操作方便,获得大量菌丝体;采用改进的提取植物基因组DNA的SDS方法提取真菌的DNA,通过提高缓冲液的pH值、增加EDTA的浓度以提高DNA的提取效果。结果表明,此培养方法及改进的DNA提取方法均简便易行,提取的DNA产量高、质量较好;可满足菌根真菌rDNA ITS分析的要求。
- 庄彩云李潞滨胡陶唐征刘振静杨凯
- 毛竹萌发种子全长cDNA文库的构建(英文)
- 2013年
- [目的]构建毛竹萌发种子的全长cDNA文库。[方法]以毛竹萌发种子为材料，利用Oligo-capping法构建其全长cDNA文库。[结果]试验得到文库的库容达650万克隆，空载较少；插入片段大小在0.3～5．0kb之间,片段大小的分级严格且一致性良好，其中显著的是长片段全长cDNA（1．0～5．0kb）的比例高达30％，达到了高质量全长cDNA文库的标准。[结论]毛竹萌发种子全长eDNA文库的成功构建将为竹类植物功能基因组研究奠定重要的前期科研基础。
- 胡陶姚娜杨学文彭镇华李潞滨
- 关键词：毛竹全长CDNA文库萌发种子
- 16种玉兰亚属植物的AFLP分析被引量：5
- 2013年
- 对16种玉兰亚属植物进行了AFLP分析,共获得1 728个AFLP条带,其中具有多态性的条带为908条,多态率达52.5%。根据AFLP聚类结果对16种玉兰亚属植物的亲缘关系及新种的确定进行了探讨,研究结果支持将天目玉兰(Magnolia.amoena)和望春玉兰归为同一组;厚叶玉兰(M.crassifolius)和红花玉兰(M.wufengen-sis)亲缘关系最近,结合形态学特征,推测厚叶玉兰可能是红花玉兰的多瓣化变种之一;倾向于将景宁玉兰(M.si-nostellata)单独作为种的分类处理,并将景宁玉兰、天目玉兰与望春玉兰同归为望春玉兰组;研究中,伏牛山玉兰(M.funiushanensis)独特的聚类关系与已有的分类系统均不同,其确切的分类学地位还需更多的研究来验证;AFLP分子标记的研究结果还显示出以萼片状花被片、花被片颜色作为玉兰亚属分组依据存在欠缺和不足。
- 刘秀丽胡陶张启翔
- 关键词：亲缘关系AFLP
- 毛竹萌发种子全长cDNA文库的构建被引量：1
- 2012年
- [目的]构建毛竹萌发种子的全长cDNA文库。[方法]以毛竹萌发种子为材料,利用Oligo-capping法构建其全长cDNA文库。[结果]试验得到文库的库容达650万克隆,空载较少;插入片段大小在0.3～5.0 kb之间,片段大小的分级严格且一致性良好,其中显著的是长片段全长cDNA(1.0～5.0 kb)的比例高达30%,达到了高质量全长cDNA文库的标准。[结论]毛竹萌发种子全长cDNA文库的成功构建将为竹类植物功能基因组研究奠定重要的前期科研基础。
- 胡陶姚娜杨学文李雪平牟少华马艳军高志民彭镇华李潞滨
- 关键词：毛竹全长CDNA文库萌发种子
- 经济树种全基因组测序成果要报被引量：6
- 2015年
- 经济树种通常基因组较大,测序的组装、注释等存在较大困难,有必要对这方面的研究进展及存在的问题进行分析比较,以提高经济林木全基因组的研究效率。对已经完成全基因组测序的28种经济树种的全基因组测序成果进行了概述,比较了所采用的测序策略、技术与方法及所利用的测序材料,分析了各物种全基因组的大小、基因数量、基因密度、基因均长、平均内含子长度、GC含量等结构特点,汇集了各树种系统发育中的基因组复制等重要分子事件,探讨了其纤维素、木质素、糖与淀粉、油脂、抗性、生殖等重要生物经济性状的基因组学特征,展望了中国在基因组科学领域中的重要影响。
- 冉洪张莹胡陶冯云廉超郭起荣
- 关键词：经济树种全基因组测序基因家族基因系统发育
- 春兰和蕙兰菌根真菌rDNA ITS序列及共生专一性分析被引量：3
- 2009年
- 春兰（Cymbidium goeringii）和蕙兰（Cymbidium faberi）是我国较为广泛分布的地生类型兰属植物，具有悠久的栽培历史和很高的经济价值。菌根真菌与兰科植物专一性关系一直是兰科菌根研究中的热点。该文对35株分离自浙江天目山野生春兰和蕙兰的菌根真菌进行了rDNA ITS序列分析，并在此基础上初步探讨了菌根真菌与春兰、蕙兰之间的专一性关系。结果表明，分离获得的菌根真菌与其共生兰属植物在种的层面具显著专一性，即物种是影响或决定浙江天目山地区春兰、蕙兰与共生菌根真菌专一性的重要因素；研究同时发现，自蕙兰同一条根分离获得的菌根真菌菌株间亦表现丰富的多样性差异。
- 武静宇胡陶杨淑贞刘亮王倩王涛李潞滨
- 关键词：春兰蕙兰菌根真菌专一性
- 叶绿体5SrDNA ITS和matK基因序列应用于刚竹属植物系统分类的可行性分析被引量：4
- 2009年
- 本文应用CTAB法从37种竹类植物中提取基因组DNA,根据在GenBank中发表的5S rDNAITS和matK基因设计引物,通过PCR进行扩增。结果表明:37种竹子5S rDNA ITS序列PCR产物大小约为450bp,在刚竹属内部无长度上的差异,但是舒竹(Phyllostachys shuchengensis)与其他刚竹属植物相比,有一个位点的差异(由A变为C)。因此,5S rDNA ITS在属下水平上无法提供较大的信息量,变异性较低,不适于刚竹属属下水平的系统分类研究。同样,选取37种竹子中3个竹种的matK基因的PCR扩增产物直接进行测序,结果显示matK基因在竹亚科的属间长度上无差异,产物的长度约为1500bp,将测序结果进行同源性比对,在变异位点附近寻找多态性酶切位点,碱基序列上有一个位点的差异(BstNⅠ)。PCR-RFLP结果显示,共有3种竹子在此位点发生变异分别为:浙江淡竹(Phyllostachys meyeri)、安吉金竹(Phyllostachys parvifolia)和黄古竹(Phyllostachys angusta)。刚竹属植物的matK基因序列相当保守,片段中刚竹属间的绝对核苷酸差异不到1个,所提供的信息量不够充分。因此,叶绿体5S rDNA ITS和matK基因序列不适用于刚竹属植物系统分类研究,但其可能适合在属或属以上分类等级竹类植物的系统分类中应用。
- 李潞滨刘蕾袁金玲董银卯胡陶缪崑何聪芬
- 关键词：竹亚科刚竹属RDNAITS基因MATK基因
