韦刚
- 作品数：4 被引量：13H指数：3
- 供职机构：复旦大学计算机科学技术学院更多>>
- 发文基金：上海市高校选拔培养优秀青年教师科研专项基金上海市教育委员会重点学科基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术更多>>
- 面向OpenCL架构的大规模生物序列比对被引量：2
- 2012年
- 为提高生物序列比对算法的性能和效率,提出一种异构处理平台下可移植的大规模生物序列比对算法及其优化方法.通过改变原有Smith-Waterman算法的计算流程和数据依赖关系,增加序列比对的并行性;通过改变存储器布局后使用向量数据类型,提高全局存储器的带宽利用率;通过增加偏移量改变存储器模块的映射方式,避免模块访问冲突,提高局部存储器的使用效率.实验结果表明,优化后的生物序列比对性能提升了近100倍.
- 陈钢韦刚李国波裴颂文吴百锋
- 关键词：OPENCLGPU生物序列比对SMITH-WATERMAN算法
- 基于GPGPU的生物序列快速比对被引量：5
- 2012年
- 在CPU-GPU异构平台下,提出一种高效的生物序列比对方案。该方案利用GPU的并行处理能力,通过对读延迟、写延迟、重组函数及数据传输进行优化,在OpenCL框架下重构Smith-Waterman算法,加快生物序列比对速度。实验结果证明,与CPU上传统的串行算法相比,该算法最高可获得约100倍的性能提升。
- 马海晨韦刚吴百峰
- 关键词：生物信息学通用图形处理器SMITH-WATERMAN算法
- GPU上稀疏矩阵与矢量乘积运算的一种改进被引量：3
- 2010年
- 稀疏矩阵和矢量的乘积运算在工程实践及科学计算中经常用到,随着矩阵规模的增长,大量的计算限制了整个系统的性能,因此可以利用GPU的高运算能力加速SpMV。分析了现有GPU上实现的SpMV存在的问题,并设计了行分割优化和float4数据类型优化两种方案。实验表明,该方案可以使性能提升2～8倍。
- 马超韦刚裴颂文吴百锋
- 关键词：GPUCSRCUDA
- 基于多核流处理器的BLAST并行化算法研究被引量：4
- 2011年
- 序列比对是生物信息学中最基本、最重要的操作,通过序列比对可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息。BLAST算法是序列比对中应用广泛的算法之一。基于多核流处理器GPU和CPU的异构平台,提出了BLAST算法构造单词表和单词匹配扩展的并行化实现方法。实验证明构造单词表的计算性能获得3倍以上的加速比;单词匹配扩展采用的混合并行方式可以获得7倍左右的加速比,内部并行方式可取得3～4倍的加速比。
- 裴颂文王心怡韦刚吴百锋
- 关键词：生物信息学
