龚新奇
- 作品数：12 被引量：39H指数：3
- 供职机构：清华大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家教育部博士点基金国际科技合作与交流专项项目更多>>
- 相关领域：生物学理学自动化与计算机技术经济管理更多>>
- 蛋白质不同区域的氨基酸保守性网络分析
- ＜正＞蛋白质功能位点的预测是目前国际上计算生物学研究的前沿和热点,氨基酸的结构、物理化学等界面性质都曾作为主要对象被大量研究,并通过这些参量的组合来确定功能位点区域。由于认为功能位点残基的保守性高于其他表面残基,大多数方...
- 常珊李春华龚新奇陈慰祖王存新
- 文献传递
- 蛋白质-蛋白质分子对接中打分函数研究进展被引量：10
- 2012年
- 分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法.其中,用于近天然构象挑选的打分函数的合理设计对于对接中复合物结构的成功预测至关重要.本文回顾了蛋白质-蛋白质分子对接组合打分函数中一些主要打分项,包括几何互补项、界面接触面积、范德华相互作用能、静电相互作用能以及统计成对偏好势等打分项的计算方法.结合本研究小组的工作,介绍了目前普遍使用的打分方案以及利用与结合位点有关的信息进行结构筛选的几种策略,比较并总结了常用打分函数的特点.最后,分析并指出了当前蛋白质-蛋白质对接打分函数所存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望.
- 王存新常珊龚新奇杨峰李春华陈慰祖
- 关键词：打分函数
- 蛋白质表面模块划分及其在结合位点预测中的应用被引量：2
- 2012年
- 蛋白质-蛋白质复合物的结合位点预测是计算分子生物学的一个难题.本文对蛋白质-蛋白质复合物数据集Benchmark3.0中的双链蛋白质复合物进行了研究,计算了单体的残基溶剂可接近表面积和残基间的接触面积,并据此提出了蛋白质表面模块划分方法.发现模块的溶剂可接近表面积与其内部接触面积的乘积(PSAIA)值能够提供结合位点的信息.在78个双链蛋白质复合物中,有74个体系其受体或配体上具有最大或次大PSAIA值的模块是界面模块.将该方法获得的结合位点信息应用在CAPRI竞赛Target39的复合物结构预测中取得了较好的结果.本文提出的基于模块的蛋白质结合位点预测方法不同于以残基为基础且仅考虑表面残基的传统预测方法,为蛋白质-蛋白质复合物结合位点预测提供了新思路.
- 王攀文龚新奇李春华陈慰祖王存新
- 蛋白质-蛋白质相互作用与复合物结构预测
- 随着人类基因组测序计划的完成，蛋白质组学已成为后基因组时代的研究前沿和热点领域。其中，蛋白质与配体相互作用以及蛋白质结构-功能关系的研究是蛋白质组学研究的重要内容。该研究对于揭示蛋白质分子的生物学功能以及有效预测蛋白质复...
- 王存新龚新奇李春华陈慰祖
- 蛋白质相互作用的网络分析
- 2009年
- 建立了蛋白质复合物的残基网络,其中蛋白质的残基被视为节点,残基之间的接触视为连接.复合物残基网络可以分成两种类型,即疏水和亲水残基网络.分析网络参量发现,正确结合的复合物比错误结合的结构具有更高的界面度加和值和更低的网络特征路径长度.这些性质反映出正确结合的复合物结构具有更好的几何或残基类型互补,同时正确的结合模式对于保证天然蛋白质复合物的特征路径长度具有重要作用.此外,两个基于网络的打分项被建立,它们能够很好地考虑复合物整体形状和残基类型互补特性.将基于网络的打分项与其他打分项进行组合,提出了一个新的多项打分函数HPNCscore,它能够改进RosettaDock组合打分函数的区分能力超过12%.这些研究将加深我们对蛋白质-蛋白质结合机制的了解.
- 常珊龚新奇焦雄李春华陈慰祖王存新
- 关键词：打分函数
- 蛋白质复合物结构预测的集成分子对接方法被引量：3
- 2009年
- 蛋白质分子间相互作用与识别是当前生命科学研究的热点,分子对接方法是研究这一问题的有效手段.为了推进分子对接方法的发展,欧洲生物信息学中心组织了国际蛋白质复合物结构预测(CAPRI)竞赛.通过参加CAPRI竞赛,逐步摸索出了一套用于蛋白质复合物结构预测的集成蛋白质-蛋白质分子对接方法HoDock,它包括结合位点预测、初始复合物结构采集、精细复合物结构采集、结构成簇和打分排序以及最终复合物结构挑选等主要步骤.本文以最近的CAPRI Target 39为例,具体说明该方法的主要步骤和应用.该方法在CAPRI Target 39竞赛中取得了比较好的结果,预测结构Model 10是所有参赛小组提交的366个结构中仅有的3个正确结构之一,其配体均方根偏差(L_Rmsd)为0.25nm.在对接过程中,首先用理论预测和实验信息相结合的方法来寻找蛋白质结合位点残基,确认CAPRITarget39A链的A31TRP和A191HIS,B链的B512ARG和B531ARG为可能结合位点残基.同时,用ZDock程序做不依赖结合位点的初步全局刚性对接.然后,根据结合位点信息进行初步局部刚性对接,从全局和局部对接中挑出了11个初始对接复合物结构.进而,用改进的RosettaDock程序做精细位置约束对接,并对每组对接中打分排序前200的结构进行成簇聚类.最后,综合分析打分、成簇和结合位点三方面的信息,得到10个蛋白质复合物结构.竞赛结果表明,A191HIS,B512ARG和B531ARG三个结合位点残基预测正确,提交的10个蛋白质复合物结构中有5个复合物受体-配体界面残基预测成功率较高.与其他参赛小组的对接结果比较,表明HoDock方法具有一定优势.这些结果说明我们提出的集成分子对接方法有助于提高蛋白质复合物结构预测的准确率.
- 龚新奇刘斌常珊李春华陈慰祖王存新
- 关键词：蛋白质复合物结合位点分子对接CAPRI
- 蛋白质-蛋白质分子对接方法的研究
- ＜正＞蛋白质分子间相互作用与识别是二十一世纪生命科学研究的前沿和热点。细胞内各种重要的生理过程,如基因的复制、转录、翻译以及细胞周期调控和免疫反应等都是以蛋白质分子间相互作用为纽带进行的。分子对接方法是研究分子间相互作用...
- 李春华沈龙珠龚新奇常珊陈慰祖王存新
- 文献传递
- 从循环经济的国内外实践看我国循环经济发展支撑体系的构建被引量：27
- 2003年
- 相对于传统经济,循环经济是一种新型的、先进的经济形态。文章从三个层面对循环经济的国内外实践进行了总结并提出了中国循环经济进一步发展所必须构建的五大支撑体系。
- 彭琴龚新奇
- 关键词：循环经济支撑体系经济政策环保技术经济评估公众参与
- The holistic molecular docking method (HoDock)
- Based on studies of protein-protein interactions and complex structure prediction, an integrated docking metho...
- 陈慰祖龚新奇李春华王存新
- 文献传递
- 计算机辅助蛋白质分子的相关研究
- 计算机模拟方法在生命科学中已经得到了迅速发展和广泛应用.蛋白质结构功能关系以及它与包括自身在内的生物分子的相互作用是生命自组织复杂体系得以正常调控运转的分子基础.分子动力学方法被用来研究了有重要生理功能蛋白的结构功能关系...
- 龚新奇陈慰祖王存新
- 关键词：药物设计蛋白质分子计算机模拟分子动力学分子对接
- 文献传递
