刘静
- 作品数：43 被引量：33H指数：3
- 供职机构：江苏省农业科学院更多>>
- 发文基金：江苏省农业科技自主创新基金国家自然科学基金国家重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- GrTEdb: a database of the transposable elements in the cotton genome
- Background: Transposable elements (TE), the most abundant DNA components in all characterized genomes of highe...
- 徐珍珍刘静杜建厂
- 关键词：GOSSYPIUMTRANSPOSABLEELEMENTS
- 一种批量计算LTR-反转座子插入时间的方法
- 本发明公开了一种批量计算LTR?反转座子插入时间的方法，具体步骤包括：将待测LTR?反转座子的LTRs序列放到一个文本文件中，命名为INPUT，INPUT文件需为fasta格式，并且LTR?反转座子两侧LTRs序列的ID...
- 刘静徐珍珍杜建厂
- 文献传递
- 一种批量计算近缘物种间基因组编码区SNP位点的方法
- 本发明公开了一种批量计算近缘物种间基因组编码区SNP位点的方法。本发明所提供的计算近缘物种间基因组编码区SNP位点(coding SNP，cSNP)的方法综合运用了基于Blast成对比对结果后进行聚类搜索直系同源基因的I...
- 郭月刘静杜建厂胡茂龙浦惠明张洁夫龙卫华张维周晓婴
- 植物LTR-反转座子中Orf1基因的分子进化被引量：1
- 2013年
- LTR-反转座子是植物基因组的主要组成部分。它们在结构上非常保守,通常含有gag和pol两个基因,是完成其转座过程所必需的。在前期研究中,本项目组对大豆基因组SARE转座子家族进行了详细的分析。结果表明,该家族的拷贝中还存在第3个基因——Orf1。文章借助生物信息学的研究方法,对33个已测序的基因组进行了全基因组注释。结果发现,在7个植物基因组（桉树、杨树、棉花、大豆、百脉根、亚麻和苜蓿）中,部分LTR-反转座子元件在gag基因的上游存在约1~2kb未知的Orf1基因或基因片段。这类转座子多数在0~3百万年内插入到其所在的寄主基因组中,但它们在不同物种中的分子结构、发生的频率、扩增的强度和活跃的时期等方面差异较大。系统进化树分析表明,这类具有特殊结构的转座子较整齐的聚类到双子叶植物的一个进化分支上,表明它们可能是部分双子叶植物在进化过程中所产生的。不同物种间的相对保守性、大量拷贝的转录活性以及可能存在的多个功能结构域,提示Orf1基因可能具有一定的生物学功能。
- 刘静杜建厂
- 关键词：ORF1基因植物基因组进化
- 大豆HGm1 helitron转座元件的鉴定与生物信息学分析
- 2016年
- [目的]helitron转座元件是近年来发现的一种结构新颖和转座方式独特的DNA转座子。我们从全基因组水平上对大豆基因组中拷贝数最多的helitron HGm1家族进行深入分析,旨在为后续进一步明确helitron转座元件在大豆及其近缘种基因和基因组演化中所起的作用提供帮助。[方法]利用基因组学和生物信息学的研究手段,我们对大豆HGm1家族的数量、结构特征、染色体分布、插入基因情况,基因片段的捕获及表达模式等进行了详细的研究。[结果]从公开发表的大豆基因组序列中共鉴定出254个HGm1转座元件。这些元件的3'末端十分保守,主要由GC含量较高的碱基组成。HGm1元件主要分布在AT丰富的区域,并在重组受到显著抑制的异染色质区域富集。研究还发现,68个元件被83个外源的转座元件插入;64个元件插入到编码蛋白的基因附近(<2 kb);115个元件携带154个完整的外源基因;52个元件有潜在的转录活性,在根、茎、叶、花和种子中,以及干旱胁迫和组织培养条件都有所表达。[结论]与玉米中有关helitron的研究结果相似,HGm1家族在大豆基因组中经常以巢式的结构存在,具有频繁插入到基因附近和捕获基因的现象,并且部分成员具有潜在的转录活性。而与玉米helitron不同的是,大豆HGm1 helitron家族主要分布在基因贫乏的异染色质区域。因此,HGm1家族在改变大豆基因结构和调节基因表达以及影响大豆基因组的演化过程中具有较为重要的作用。
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- 关键词：大豆捕获转录
- 一种批量检测植物基因组LTR-反转座子的方法
- 本发明公开了一种批量检测植物基因组LTR-反转座子的方法。本发明所提供的检测植物基因组LTR-反转座子的方法综合运用了基于结构特征从头寻找的LTR_STRUC程序，基于同源搜索的CROSS_MATCH程序，基于序列相似性...
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- 文献传递
- 一种与不结球白菜VC含量相关的KASP标记及其应用
- 本发明公开了一种与不结球白菜VC含量相关的KASP分子标记及其应用。该分子标记位于不结球白菜基因组A03号染色体上的527509位，在527509位发生C向T的点突变；其中，用于扩增所述分子标记的KASP引物组包括正向引...
- 徐海刘静刘之洋陈龙正宁宇
- 一种非组培方式的不结球白菜再生方法
- 本发明公开了一种非组培方式的不结球白菜再生方法，该方法包括以下步骤：将经过催芽处理的不结球白菜种子置于穴盘内生长；在幼苗长至子叶展开期或两叶一心期时，将幼苗顶端分生组织用新刀片切去，确保子叶一并切去，仅留有下胚轴，将农杆...
- 刘之洋刘静宁宇徐海陈龙正晋晨夏彭飞袁希汉
- 一种批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法
- 本发明公开了一种批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法。本发明所提供的批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法综合运用了基于多序列比对分析的MUSCLE程序，并结合多个Perl脚本语言编程的方法。实验证明，...
- 郭月刘静胡茂龙浦惠明张洁夫龙卫华张维周晓婴孙程明
- 一种苦瓜白粉病菌单孢的分离方法
- 本发明公开了一种苦瓜白粉病菌单孢的分离方法，该方法包括以下步骤：将经过消毒处理的新鲜苦瓜叶片置于甘露醇培养基上，通过病叶上的白粉病菌病斑对新鲜苦瓜叶片进行侵染并培养；收集培养的白粉病菌分生孢子于无菌水中得到孢子悬浮液；将...
- 刘之洋刘静夏彭飞宁宇袁希汉徐海宋波陈龙正
- 文献传递
