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张法: 作品数：62 被引量：116H指数：5; 供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金中国科学院知识创新工程重要方向项目国家重点基础研究发展计划更多>>; 相关领域：自动化与计算机技术生物学医药卫生理学更多>>

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基于旋转和平移不变性的分子图像识别算法: 2012年; 目的探讨冷冻电镜分子图像的识别方法,为快速、准确的分子图像识别研究提供有效帮助。方法提出一种新的分子图像识别算法,可以生成旋转不变性和平移不变性的特征,并且采用基于分治思想的优化策略,显著地提高了算法的识别精度。结果在基准测试集上,同当前主流分子图像识别算法进行了对比,识别率优于其他算法。结论基于旋转和平移不变性特征的分子图像识别算法,有效解决了噪声的干扰和分子图像取向随机性的问题,提高了算法的识别精度。基于分治思想的优化策略,显著地提高了算法的识别速度。; 张阳德任菲张法金鑫

生物序列拼接算法--phrap的并行化研究: 生物序列的拼接是生物信息学中常见的问题,其中phrap算法是目前最流行的拼接算法之一.然而phrap算法在处理大规模数据时的运算速度以及对内存的庞大需求,已经成为需要迫切解决的问题.文章从提高算法的运行速度和降低内存的需...; 张法刘志勇乔香珍刘玮; 关键词：生物信息学并行化; 文献传递

一种基于磁共振血管造影图像的脑血管分割方法和系统: 本发明提出一种基于磁共振血管造影图像的脑血管分割方法和系统.发明目的是解决现有的基于统计模型的MRA图像脑血管分割方法中对细小血管的分割效果较差，血管的连续性不足的问题。针对已有模型中采用的单高斯模型来刻画脑血管灰度值分...; 万晓华吕智龙张法王醒策刘新宇

MPI+OpenMP在生物序列拼接算法phrap并行化中的应用: 生物序列拼接问题,是生物信息学中的关键问题之一.phrap算法是目前最常用的拼接算法,然而phrap算法的运行时间以及对内存空间的庞大需求,已成为生物数据处理的瓶颈.针对这一问题,本文分别对phrap算法的3个步骤提出了...; 张法陈子阳刘玮; 关键词：MPI 并行计算机体系结构; 文献传递

基于曲线投影模型的电子断层三维重构并行算法: 2015年; 大尺度高精度的电子断层三维重构可以获得在更大视角下的生物大分子三维结构的细节信息。但研究尺度的增大给获取高精度重构结果和缩短数据处理时间带来了巨大的挑战。TxBR提出的曲线模型显著提高了重构的精度,但其计算比直线模型更复杂耗时,且在曲线模型下,之前的并行策略不再可行。针对这一问题,提出了一种在GPU平台上实现的针对曲线模型的分块迭代并行算法。通过对曲线模型的研究发现,曲线模型具有一定的空间局域性,利用这种性质提出了一种纵向的分块方式。在算法的实现阶段,提出一个基于页的数据传输策略,从而能够去除冗余的数据传输,减少数据传输带来的时间消耗。实验结果显示,本算法可接近40倍的加速比。; 张静蓉万晓华张法; 关键词：分块 GPU并行

基于正弦高斯调制和样条插值的CTF校正模型被引量：1: 2013年; 在基于冷冻电镜的单颗粒三维重构过程中,衬度传递函数(contrast transfer function,CTF)校正是获取高分辨分子结构的关键操作.但传统CTF校正模型存在低频、高频阶段校正值过小、插值方法过于简单等问题,从而降低了重构精度.针对这两个问题,提出了一种新的CTF校正模型.首先,在CTF曲线的低频、高频阶段分别进行正弦和高斯调制,改善了CTF曲线的形态;然后,采用3次样条插值计算非整数傅里叶半径处的CTF值,提高了数据获取的精度,进而提高了重构结果的分辨率.对HBV分子图像进行重构实验,结果表明,使用本模型可以得到更清晰的结构特征,其重构结果分辨率为7.8,高于传统CTF校正重构结果的分辨率8.06.; 王功明张法樊莉亚孙飞刘志勇; 关键词：正弦曲线高斯函数样条插值

冷冻电镜中的计算方法:图像处理与三维重构: 本文介绍了冷冻电镜三维重构(CryoEM)技术及其面临的颗粒图像信噪比极低、三维重构计算时间极其漫长、急需新的重构算法等问题，并指出了未来的研究趋势。; 张法; 关键词：冷冻电镜图像处理信噪比

基于改进的Adaboost冷冻电镜分子图像识别算法被引量：1: 2010年; 在冷冻电镜单分子颗粒三维重构中,为了重构出原子分辨率水平的三维分子结构,需要从冷冻电镜图像中挑选出数十万张的分子图像。人工挑选如此规模的数据将是不现实的,这已经成为冷冻电镜分子三维重构的一个瓶颈。因此,迫切需要发展自动化的分子图像采集方法。然而,冷冻电镜图像极低的信噪比又给自动化的分子图像识别算法带来了极大的困难。本文提出一种基于改进的Adaboost分子图像识别算法。提出了新的弱分类器和综合分类器生成方式,以及采用基于分治思想的优化策略,有效地解决了噪声的干扰,显著地提高了算法的识别精度。在公共基准冷冻电镜图像上的测试结果表明,本文的算法能够显著提高分子图像的识别精度。; 邵书伟张法刘金刚

单颗粒重构软件EMAN算法分析与高效并行实现: 2010年; 单颗粒重构技术是确定大分子三维结构的重要手段之一.近年来,由于其本身独有的一些优点,单颗粒重构技术受到越来越广泛的关注.然而其处理过程极其耗时,并且缺少高效的并行实现,极大地限制了该技术的应用.对当今使用最广泛的单颗粒重构软件EMAN进行了性能优化及并行加速.通过分析各部分的具体算法,发现其中最核心的问题是如何在低通信开销的前提下实现负载平衡.针对这一问题,提出了自适应动态调度算法.该算法不仅适合于EMAN,同样适合于其他类似的独立任务调度问题.实际运行结果表明,经过优化的串行程序运行时间减少11.50%.由于采用了自适应动态调度算法,提供的并行实现比EMAN自带的实现具有更高的加速比,其中最耗时的分类操作加速比接近线性.在16个处理器核上的总体并行效率比EMAN自带的并行实现高29.8%.因此,提供的并行实现可有效利用计算资源,显著缩短单颗粒重构所需时间.; 樊莉亚张法王功明刘志勇; 关键词：生物信息并行计算调度算法

用于从遥感图像中识别不透水面的模型及训练模型的方法: 本发明提供一种用于从遥感图像中识别不透水面的模型，所述模型包括编码器、与编码器输出相连的解码器、与解码器输出相连的分类器，其中：所述编码器包括多层逐层加深的特征提取模块，用于逐层提取输入遥感图像中的包含空间信息的不透水面...; 万晓华杨子豪张法谭光明; 文献传递