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化学因素对基于DNA折纸界面上的核酸适配体与凝血酶相互作用影响的研究: 2013年; 核酸适配体(aptamer)与DNA折纸都是由DNA分子折叠而成,两者具有得天独厚的相似性与相容性。本文将aptamer修饰在DNA折纸界面预先设定的位置上,通过原子力显微镜成像手段,在单分子水平上研究了化学因素对DNA折纸界面上的aptamer与凝血酶(thrombin)反应的影响。实验结果表明:修饰固定在DNA折纸界面上的aptamer与thrombin间的结合能力与缓冲液、某些金属离子及其浓度相关,发现HEPES缓冲液是一种比较适合基于DNA折纸的aptamer与thrombin反应的化学反应环境,在此缓冲体系中加入一定浓度的Mg2+和K+是保持反应体系稳定性及其DNA空间构型的有效途径。该研究结果有助于加深对aptamer的三维结构以及与靶分子间的对应识别关系的理解,对DNA折纸与aptamer在生物分子识别的研究和应用方面将起到一定的借鉴作用。; 樊友杰吴娜李宾; 关键词：原子力显微镜核酸适配体凝血酶化学因素

基于Origami的生物分子识别效应研究: DNA折纸是由一条长的单链(M13mp18)和许多互补的短链在退火后自组装而成的。每条短链在折纸上的位置都是特定的，而且DNA折纸具有纳米级别的定位特点，这些使得DNA折纸具有纳米级别的寻址性。原子力显微镜(AFM)具有...; 樊友杰; 关键词：原子力显微镜凝血酶地高辛抗体; 文献传递

基于DNA折纸的DNA复制的单分子检测和表征: 2014年; 目的探索DNA复制的单分子检测和表征途径。方法单链DNA模板链的两端通过碱基互补配对固定在DNA折纸纳米结构上,利用原子力显微镜(AFM)在单个DNA分子水平上对复制过程中的DNA分子的不同阶段进行检测和表征,其中包括:复制前后的形貌,复制过程中大肠杆菌DNA聚合酶ⅠKlenow Fragment片段(KF)的分布,以及复制后Biotin-Streptavidin(BA)分子识别反应在单个DNA链上所引起的进一步形貌变化。同时,采用常规的琼脂糖凝胶电泳方法分析DNA复制前后的变化情况。结果(1)DNA模板链成功连结在三角折纸的特定位点,连接效率达到50%以上;(2)DNA复制过程中,KF结合在DNA模板链上,复制后KF从DNA链脱离;(3)复制前后DNA链高度变化明显,DNA链高度增加了约0.7 nm;(4)复制后,当加入Streptavidin时,其结合于含有Biotin标记的新合成DNA链位置处,形成BA复合物,平均高度达到约4.9 nm;(5)琼脂糖凝胶电泳结果也显示单链DNA变为双链,以及双链DNA分子上结合的BA复合物。结论通过将AFM与DNA折纸技术相结合,可实现单分子水平上的DNA复制的检测和表征,此方法将有助于研究DNA聚合酶的作用机制以及不同因素对DNA复制的影响。; 王奇樊友杰李宾; 关键词：原子力显微镜 DNA复制单分子

一种基于DNA折纸的生物分子亲和常数测定方法: 本发明公开了一种基于DNA折纸的生物分子的亲和常数测定方法。所述生物分子包括能够彼此结合与解离的反应物Ⅰ和反应物Ⅱ，该方法包括（1）将反应物Ⅰ连接于DNA折纸订书钉链末端，然后和脚手架链进行自组装形成DNA折纸；（2）加...; 樊友杰李宾吴娜胡钧; 文献传递

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樊友杰