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癌症相关microRNA与靶基因的生物信息学分析被引量：24: 2015年; Micro RNAs(mi RNAs)是一类长度约为22nt的内源性非编码RNA,通过与靶基因转录本互补结合调控基因的表达。近年来,研究发现mi RNA与癌症发生密切相关,mi RNA可以直接充当癌基因或者抑癌基因而影响肿瘤的发生和生长。为更进一步揭示癌症相关mi RNA的特征及靶基因的功能,文章通过数据库搜索及文献检索,在人类基因组中发现了475个癌症相关mi RNA,系统地比较了癌症相关mi RNA与非癌症mi RNA以及基因内和基因间区癌症相关mi RNA在保守性、SNP位点分布、癌谱及转录调控等特性。研究发现,癌症相关mi RNA比非癌症mi RNA保守性要强,发生SNP概率比较低,同时发现mi RNA所涉及癌症数目与保守性成正相关。基因组定位分析发现,癌症相关mi RNA比非癌症mi RNA更倾向于成簇存在。进一步对宿主基因、癌症相关mi RNA及作用的靶基因与癌症发生进行关联分析,发现一些非癌症mi RNA的宿主基因倾向于被癌症mi RNA作用。本研究结果为深入理解mi RNA与癌症之间的关系,以及进一步为mi RNA作为癌症诊断指示物提供理论依据。; 周学杜宜兰金萍马飞; 关键词：癌症靶基因生物信息学

人类可变剪接基因上游非编码区结构特征分析: 2009年; 选择性剪接作为一种真核生物基因重要的表达调控机制备受关注,无论是剪接复合物的构成、剪接位点的选择以及本身的调控机制等都是当今研究的热点。然而对选择性剪接基因本身的转录水平调控却关注较少,这类基因是否存在特异的转录调控仍属未知。通过对3 797个实验验证的人类选择性剪接基因的上游非编码区(主要是启动子区)识别提取,进而对其结构特征进行了分析。所得结果为进一步诠释选择性剪接基因非编码区功能提供基础,对揭示此类基因本身的转录调控机制具有重要的意义。; 马小娟金萍; 关键词：选择性剪接非编码区启动子转录调控

日本七鳃鳗(Lampetra japonica)Lyb基因的克隆与分析被引量：4: 2008年; 采用RT-PCR和RACE技术,从日本七鳃鳗(Lampetra japonica)口腔腺、肝脏中分离获得了3条Y-box基因序列,分别命名为Lyb1、Lyb2和Lyb3,生物信息学分析其编码的蛋白质序列长度分别为331、181和171个氨基酸残基。采用DNAMAN软件,将七鳃鳗的3个Y-box蛋白氨基酸序列蛋蛋蛋、蛋马蛋、蛋蛋、蛋蛋蛋和小鼠Y-box蛋白进行同源性分析,结果显示他们共有一个保守的冷休克结构域,其中包含两个RNA结合基序RNP-1和RNP-2,表明获得的Lyb基因属于Y-box基因家族成员。此外,从Swiss-Prot下载了经实验验证过的Y-box蛋白序列数据,结合实验克隆得到的Lyb基因所编码的氨基酸序列构建系统发育树,发现Y-box基因在有颌类出现以前只有一种类型,有颌类出现以后,Y-box基因分化成YB1、YB2和CSDA三种类型。; 金萍张玮玮黄惠芳马飞; 关键词：系统发育分析

水稻抗逆相关基因的分子进化分析被引量：1: 2014年; 植物在进化过程中为了适应外界环境,已经具有一套完整的抵抗外界特殊环境的调控系统。但是,关于水稻抗逆相关基因的分子进化方面的研究还未见报道。文章通过Plant Tolerance Gene Database数据库,获得22个水稻抗逆相关基因。利用比较基因组学和生物信息学方法对水稻抗逆相关基因的进化动态进行研究,结果表明水稻抗逆相关基因在低等植物中比较保守;随着植物的不断进化和生存环境的改变,其基因数量也随之增加。具有相似抗性功能的基因往往具有相似的基因结构和基序(motif)结构。文章还发现4个保守motif的存在:HRDXK、DXXSXG、LLPR和GXGXXG(X代表任意氨基酸)。在GSK1、RAN2抗逆基因中发现了3个特有的motif结构:GSK1特有的P-rich motif,RAN2特有的G-rich motif和E-rich motif。推测这些保守的motif结构与基因的抗逆功能密切相关。进化速率分析结果表明,尽管植物抗逆性相关基因在进化过程中受到较强的纯化选择作用,但是仍然有50%的抗逆性相关基因存在正选择位点。这些正选择位点的存在有可能为基因适应外界环境变化提供了重要的物质基础。; 宋晓军谢凯斌张艳萍金萍; 关键词：水稻抗逆相关基因进化

海鞘(Ciona intestinalis)新microRNA基因的识别及其靶标预测: 2010年; microRNAs(miRNAs)是一类长度约22 nt的非编码小RNA,通过碱基互补配对的方式调控靶基因的表达。本文采用同源搜索的方法,以线虫、果蝇、文昌鱼和人类的miRNA为探针,与海鞘的基因组序列进行比对,同时结合miRNA二级结构特征及SVM假阳性分析共发现10个新的miRNA基因。通过靶基因预测,共找出225个潜在靶基因,这些靶基因主要参与细胞代谢、转录调节、结合活性等功能。新miRNA基因的识别为海鞘miRNA功能研究奠定了基础,并为更进一步揭示脊椎动物miRNA的起源与进化提供了理论依据。; 张伟金萍侯林马飞; 关键词：MIRNA 玻璃海鞘生物信息学预测靶基因

日本七鳃鳗(Lampetra japonica)Lyb基因的克隆及脊椎动物Y-box基因的系统发育分析: 七鳃鳗作为现存最古老的脊椎动物是联系无脊椎动物与脊椎动物之间的重要物种，从遗传信息基础来看，它必定印记了无脊椎动物的进化历史，在脊椎动物的系统发育分析中有着十分重要的地位。Y-box基因是从细菌到人类都广泛存在的转录调控...; 金萍; 关键词：遗传信息; 文献传递

日本七鳃鳗(lampetra japonica)lyb基因的克隆及脊椎动物y-boz基因的系统发育分析: 七鳃鳗作为现存最古老的脊椎动物是联系无脊椎动物与脊椎动物之间的重要物种，从遗传信息基础来看，它必定印记了无脊椎动物的进化历史，在脊椎动物的系统发育分析中有着十分重要的地位。y-box基因是从细菌到人类都广泛存在的转录调控...; 金萍; 文献传递网络资源链接

文昌鱼GNBP和LITAF基因进化、功能及免疫相关microRNA比较转录组分析: 形态学以及分子生物学的证据表明文昌鱼是脊索动物中的基底生物,是研究脊椎动物形态、发育以及免疫系统的起源与进化的重要模式生物。随着比较免疫学的迅速发展,以及佛罗里达文昌鱼基因组测序的完成,关于文昌鱼免疫的研究越来越引起人们...; 金萍; 关键词：文昌鱼免疫 MICRORNA; 文献传递

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金萍