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蛋白质-核酸复合物氢键与范德华力作用位点分析被引量：4: 2011年; 为了深入了解蛋白质-核酸相互作用模式,对复合物结构中氢键/范德华力作用力位点上的氨基酸和核苷酸的偏好性(即相对使用频率)进行了统计分析.结果表明:氢键/范德华力作用位点上对氨基酸的偏好性差异均极其显著,与蛋白质-核酸特异作用密切相关的残基侧链与核苷酸碱基间相互作用力位点对氨基酸类型的选择特异性更高;单链RNA分子与蛋白质发生相互作用时对氨基酸残基的偏好性和双链RNA分子差异不显著;氨基酸的极性大小及方向在决定其是否与核酸分子形成范德华力作用具有重要贡献,氨基酸侧链形成的空间位阻会阻碍其与核酸分子形成氢键作用;蛋白质-DNA复合物结构氢键/范德华力作用位点上残基间空间协同作用时对氨基酸类型的选择与蛋白质-RNA复合物结构间存在显著差异.; 吴建盛胡栋晏善成马昕谢建明孙啸

核小体及染色质修饰的基因组分布模式和染色质状态被引量：3: 2013年; 染色质是真核DNA的存在方式,可以通过影响DNA的可及性调节基因转录,其基本单元为核小体,系由约147 bp的DNA缠绕在组蛋白八联体上形成的结构,核小体之间以连接DNA相连.核小体组蛋白上能发生甲基化和乙酰化等化学修饰.核小体位置、DNA的甲基化和组蛋白的修饰等对染色质状态(常染色质或异染色质)及基因组之间的长程相互作用有重要影响.近年,基于高通量测序技术,核小体位置和染色质修饰在多种细胞中的基因组分布已被测定.结果显示,这些标记的分布模式具有位点特异、动态变化、相互偶联和高度复杂的特征.本文详细回顾并评述了核小体位置和染色质修饰的分布模式、对应生物学功能、修饰之间的关联、实验测定技术、染色质状态的计算分析等内容.该工作对于深入认识和理解染色质的表观遗传调节机制有重要意义.; 刘宏德罗坤马昕翟金城谢建明孙啸万亚坤; 关键词：染色质核小体组蛋白修饰

蛋白质与核酸相互作用机制的生物信息学分析: 蛋白质与核酸的相互作用在生物体细胞活动中起到至关重要的作用，如蛋白质-DNA\RNA相互作用在基因表达调控与修复、蛋白质翻译合成等过程中都发挥极其关键性的作用。对蛋白质和核酸相互作用的研究，国际上比较注重两个方面:(1)...; 马昕; 关键词：支持向量机蛋白质核酸; 文献传递

G蛋白偶联受体及其类型的预测被引量：5: 2010年; G蛋白偶联受体是非常重要的信号分子受体,其功能失调会导致许多疾病的产生。在前期工作的基础上,作者将序列特征分析与支持向量机技术结合起来,通过分析序列的特征差异,对G蛋白偶联受体分子及其类型进行识别。首次提取了G蛋白偶联受体对应的mRNA序列的绝对密码子使用频率作为特征,这主要因为它既包含了基因密码子使用偏性的信息,也包含了基因所编码蛋白的氨基酸组成信息。结果显示:在G蛋白偶联受体序列及其类型预测的问题中,设计支持向量机分类器时,最好选择使用包含基因序列绝对密码子使用频率和蛋白序列双联氨基酸使用频率两部分信息的组合特征作为特征,同时采用径向基核作为核函数。; 吴建盛马昕周童汤丽华胡栋; 关键词：G蛋白偶联受体支持向量机

Frenkel-Kontorova模型梯度系统的强单调性: 2008年; 本文介绍了Frenkel-Kontorova模型梯度系统,提出该系统的强单调性的定义,并证明当外加驱动为任意连续函数的情况下,Frenkel-Kontorova模型梯度系统是具有强单调性的。; 马昕尤璞

蛋白质中RNA-结合残基预测的随机森林模型被引量：10: 2012年; 构建了用于预测蛋白质序列中RNA-结合残基的分类模型.在模型的特征提取方面,除了与功能相关的结构特征和序列正交编码信息以外,还提出了一个新颖的特征PSSM-PP.该特征不仅包含蛋白质序列的进化保守特征,还包含与蛋白质和RNA结合有关的氨基酸理化特征.在设计模型时,考虑到样本数据量大的问题,选用了快速的随机森林算法.该预测模型总体预测准确率达到87.02%,特异性达到95.62%,敏感性达51.16%,Matthew相关系数为0.533 6.此外,还构建了RNA结合残基的预测平台.; 马昕郭静孙啸

Sequence based prediction of DNA\RNA-binding residues in proteins: Background: Nucleus acid-protein interaction plays important role in various biological processes.Therefore, i...; 马昕郭静孙啸; 关键词：FOREST PHYSICOCHEMICAL EVOLUTIONARY

miRNA基因和编码基因启动子区核小体定位分析被引量：6: 2010年; 研究了把基因启动子区的核小体定位对于分析基因的转录调控具有重要意义.利用核小体定位的预测技术——弯曲度谱,分析了编码基因和miRNA基因启动子周围核小体定位的特征.基因的转录起始位点处,有一个核小体缺失区域,且在下游约200bp处,有较强的核小体定位信号.独立转录的内含子miRNA基因与基因间区miRNA基因,在启动子区具有相似的核小体定位特征,在上游0～-400bp间,有一个较宽的核小体缺失区域,在该区域分布有较多的转录因子结合位点;而依赖编码基因转录的内含子miRNA基因,其启动子与蛋白编码基因启动子具有相似的核小体定位特征,在转录起始位点上游-200～-400bp和-400～-600bp处,各有一个较强的核小体定位.这些结果表明,独立转录的miRNA基因(包括基因间区miRNA和独立转录内含子miRNA)和蛋白编码基因,在启动子区可能具有不同的核小体定位特征.核小体定位不仅参与编码基因的转录调节,也影响miRNA基因的转录.; 刘宏德张德金谢建明袁志栋马昕卢志远龚乐君孙啸; 关键词：核小体定位启动子

Sequence based prediction of nucleotide-binding residues in proteins: Nucleic acid-protein interaction plays important roles in various biological processes. Therefore,identifying ...; 马昕郭静孙啸; 文献传递

招聘问题的数学模型: 2007年; 对招聘过程中多个定性因素,采用了模糊语言评估,用等级测评法将各类指标模糊量化;运用了多属性决策中的目标规划,引入权重对同一优先级上的不同评价指标进行综合分析,从而解决了不同优先级上各级的择优选择问题;并针对不考虑应聘者志愿和考虑应聘者志愿两种不同情况,分别给出了两种录用分配方案。; 马昕吴静

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马昕