李文杰
- 作品数:3 被引量:0H指数:0
- 供职机构:清华大学生命科学学院更多>>
- 发文基金:国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域:生物学更多>>
- 基于第二代测序数据识别肿瘤基因突变的工具比较
- 2014年
- 使用第二代测序数据来发现癌细胞中的基因组突变,一直是很重要的科学应用问题。此研究使用一个癌症病人的大量数据,评估了甄别基因组突变的几个现有工具。经过比较各工具的方法和正确率,本文发现各自都有自己的优点和缺点。针对这些优缺点,本文提供一些建议,让工具使用者能更好地选择合适的工具。
- 李文杰孙之荣
- 关键词:癌症基因组测序
- 通过系统分析揭示组蛋白修饰模式与转录因子结合之间的关联(英文)
- 2013年
- 转录因子对顺势调控元件的选择性结合,在哺乳动物细胞类型特异的基因表达中扮演重要的角色.这个过程受到染色质表观遗传状态的潜在调控.近期,染色质免疫共沉淀结合测序的研究提供了大量泛基因组水平的数据,阐述转录因子结合以及组蛋白修饰的位点,这为系统地研究转录因子和表观遗传标记之间的空间及调控关系提供了基础.该研究对公共数据库中的染色质免疫共沉淀结合测序数据进行整合分析,涉及5个细胞系中的85种转录因子、9种组蛋白修饰,目的是研究转录因子结合位点与组蛋白修饰模式以及基因表达在泛基因组水平上的关联.作者发现,不同转录因子与组蛋白修饰的共定位模式高度一致,并且组蛋白修饰在距离转录因子结合位点约500碱基对的位置富集.作者还发现,转录因子结合位点的占有率与活性组蛋白修饰的水平和双峰模式正相关,并且启动子区域组蛋白修饰的双峰和共定位模式和基因的高转录水平相一致.组蛋白修饰模式、转录因子结合位点的占有率与基因转录之间的关联暗示了细胞可能利用的基因表达调控机制.
- 李雯李文婷曹书娟余文祥李文杰戴俊彪孙之荣
- 关键词:转录因子系统生物学
- Data Analysis and Tool Development for Next Generation Sequencing on Cancer Genome
- Cancer is the term for a collection of various malignant tumor, and has different clinical response based on i...
- 孙之荣李文杰
- 关键词:GENOMENEXTSEQUENCINGSEQUENCEMUTATIONCALL