郭昱嵩
- 作品数：106 被引量：325H指数：10
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- 相关领域：农业科学生物学环境科学与工程医药卫生更多>>
- 全基因组重测序筛选弓背青鳉三亚群体性别遗传标记被引量：1
- 2023年
- 【目的】开发弓背青鳉(Oryzias curvinotus)三亚群体(下称“三亚青鳉”)遗传性别鉴定分子标记,为进一步挖掘其性别决定基因奠定基础。【方法】用染色体商(Chromosome quotient,CQ)法比较雌雄两性个体的全基因组重测序覆盖度,筛选潜在的性别特异性序列区域(CQ<0.1)并设计引物,通过PCR扩增验证引物区分三亚青鳉群体及其子代性别的适用性。【结果】经CQ分析筛选,CQ<0.1的特异性区域279个,设计引物279对。随机挑选的60对引物中,29对标记引物在三亚青鳉群体雄鱼中扩增得一个DNA条带,雌鱼无条带,均可鉴定三亚青鳉遗传性别。从29对引物中随机挑选2对引物(命名为Marker1和Marker2)进一步验证,引物Marker1、Marker2在雄鱼中扩增产物分别为791、556 bp,两对引物对三亚青鳉子代群体的扩增结果与亲本一致。用两对性别特异性标记对三亚群体的F2代全同胞家系94个个体进行扩增,结果发现F2群体自然性别比约1∶1。【结论】性别特异性引物Marker1和Marker2均可对三亚青鳉群体进行遗传性别鉴定,在三亚青鳉野生亲本及其子代中均有稳定性和通用性,可用于弓背青鳉三亚群体遗传性别鉴定。
- 王中铎何传猛姚泽彬李金蓬陈子阳邓爱萍赖卓欣李银芳董忠典郭昱嵩
- 南海大眼金枪鱼和黄鳍金枪鱼的群体遗传结构被引量：10
- 2012年
- 测定了南海西沙和南沙群岛附近海区(11～12°N,15°N;110～112°E)黄鳍金枪鱼61尾(17尾成鱼、44尾幼鱼)和大眼金枪鱼26尾(22尾成鱼、4尾幼鱼)的线粒体基因组控制区部分序列(D-loop),结合GenBank数据库中印度洋、太平洋和大西洋群体的同源数据,分析结果:(1)黄鳍金枪鱼与大眼金枪鱼均具极高的单倍型多样性(Hd>99%),聚类树及群体间分化指数(FST和Snn)表明大眼金枪鱼群体分化程度明显高于黄鳍金枪鱼群体;(2)大眼金枪鱼和黄鳍金枪鱼的南海群体与印度洋群体之间基因流最强(Nm=51.638和261.280 10),其次为太平洋群体(Nm=10.868 8和-50.801 81);(3)黄鳍金枪鱼和大眼金枪鱼都基本服从群口扩张模型,而mismatch分布分别呈单、双峰,其中大眼金枪鱼的南海群体扩张较晚(Tau=7.902)且最为明显(θ1/θ0=99 999/14.752)。
- 王中铎郭昱嵩颜云榕侯刚范艳波冯波卢伙胜刘楚吾
- 关键词：大眼金枪鱼黄鳍金枪鱼
- 南海海域红斑后海螯虾(Metanephrops thomsoni)的分子识别与群体遗传分化被引量：1
- 2013年
- 利用16SrRNA基因序列分子识别红斑后海螯虾,然后对海南附近海域(18°30′—19°00′N,111°30′—112°30′E)、北部湾口海域(15°41′N,110°40′E)和南沙群岛海域(5°20′—5°29′N,110°09′—111°26′E)三个地理群体进行ITS1的扩增测序。16SrRNA基因序列的结果表明所取样本准确;三个地理群体分别得到616—623bp、619bp和614bp的ITS1全长序列,A、G、T、C含量平均分别为22.3%、29.4%、17.8%和30.6%;其中562个保守位点,39个多态位点。ML和NJ聚类分析显示三个地理群体共聚为三个大支,其中海南群体有群体分化。表明红斑后海螯虾三个地理群体分化极其显著,且海南群体具有相对高的遗传多样性。
- 范艳波王中铎郭昱嵩颜云榕刘楚吾
- 关键词：RRNAITS1
- 雌、雄弓背青鳉(Oryzias curvinotus)肝脏转录组比较分析被引量：6
- 2020年
- 为发掘弓背青鳉(Oryzias curvinotus)肝脏功能基因、开发环境检测标记基因,本研究采用RNA-Seq技术分别测定了性成熟雌、雄弓背青鳉肝脏转录组,并获得80095044和87043984条clean reads,合并拼接出49912个unigenes(N50=2394bp)。基因表达差异分析显示在雌、雄弓背青鳉肝脏组织中存在571个差异基因(DEGs),其中364个在雄鱼中高表达,207个在雌鱼中高表达。GO和KEGG分析表明差异基因主要参与激素合成、免疫反应、氧化还原反应及卵黄发生等生物学过程。进一步,在转录组中筛选到了多个环境雌激素相关标记基因(vtgs,chgs,er,cyp450等),且这些基因在雌鱼肝脏中的表达水平显著高于雄鱼。研究结果丰富了弓背青鳉的基因资源,为研究基因功能提供了数据,也有助于进一步研究鱼类肝脏在不同性别之间的功能。
- 董忠典黎学友廖健张宁郭昱嵩王中铎
- 关键词：肝脏转录组测序差异基因
- 9种石斑鱼遗传多样性和系统发生关系的微卫星分析被引量：26
- 2007年
- 利用实验室克隆的13个青石斑鱼微卫星分子标记,对中国南海海域9种石斑鱼（青石斑鱼、蜂巢石斑鱼、鲑点石斑鱼、黑边石斑鱼、鞍带石斑鱼、赤点石斑鱼、七带石斑鱼、斜带石斑鱼和棕点石斑鱼）进行了遗传多样性和系统发生关系的分析。研究结果显示,13个微卫星标记共检测到了84个等位基因,9种石斑鱼中的平均等位基因数、平均多态信息含量（PIC）、平均观测杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）和平均Hardy-Weinberg遗传偏离指数（D）分别在2.69-5.38、0.1976-0.4267、0.4615-0.6239、0.3510-0.4754和0.1097-0.2836之间变动,说明9种石斑鱼的遗传多样性都处于中等水平。用NJ法进行聚类分析的结果将9种石斑鱼分为3个支系：斜带石斑鱼、棕点石斑鱼和鞍带石斑鱼为第1支;青石斑鱼、赤点石斑鱼和七带石斑鱼为第2支系;蜂巢石斑鱼、黑边石斑鱼和鲑点石斑鱼为第3支系,该支系与第2支系的关系较近。本研究支持将宽额鲈（鞍带石斑鱼）归入石斑鱼属。
- 董秋芬刘楚吾郭昱嵩刘丽吴勇
- 关键词：石斑鱼微卫星标记系统发生关系
- 雷州半岛大黄鱼群体线粒体DNA控制区的遗传多样性分析
- 大黄鱼是我国最为重要的海洋经济鱼类之一，分布于中国黄海的山东半岛以南至南海的雷州半岛以东的沿海海域。近几十年来，捕捞过度和生境破坏使我国野生大黄鱼资源萎缩严重，亟待保护和增殖。为深入揭示雷州半岛近海大黄鱼资源的遗传结构，...
- 陈冲郭昱嵩王中铎刘楚吾
- 关键词：大黄鱼D-LOOP
- 4个地理群体方格星虫脂肪酸及食物组成分析被引量：6
- 2018年
- 【目的】探究方格星虫(Sipunculus nudus)脂肪酸组成特征,分析其食物组成。【方法】气相色谱-质谱联用法测定方格星虫4个地理群体(福建漳州海澄镇、广东湛江东海岛和遂溪草潭镇、广西北海沙虫寮村)体壁肌肉的脂肪酸含量,脂肪酸标记法分析其食物组成。【结果】4个地理群体方格星虫共检出30种脂肪酸。方格星虫饱和脂肪酸总含量(ΣSFA)和多不饱和脂肪酸总含量(ΣPUFA)较高,ΣSFA主要由C14:0、C16:0和C18:0所组成,ΣPUFA以EPA、DHA、C18:2n6和C20:4n6为主要成分;单不饱和脂肪酸总含量(ΣMUFA)较低,其中C18:1n9和C17:1n7贡献最大。方格星虫体壁脂肪酸呈现出多种饵料生物的脂肪酸标记物特征。【结论】方格星虫体壁脂肪酸种类丰富,不同地理群体间脂肪酸组成和相对含量存在明显差异。
- 张家炜杨创业王庆恒郭昱嵩
- 关键词：方格星虫GC-MS脂肪酸食物组成
- 一种快速鉴定弓背青鳉遗传性别的方法被引量：8
- 2018年
- 【目的】研究快速鉴定弓背青鳉遗传性别的方法。【方法】以中国南海沿岸弓背青鳉群体为对象提取基因组DNA,根据基因组数据设计性别特异引物Ocsex-F/Ocsex-R,通过PCR方法对弓背青鳉遗传性别进行鉴定。【结果】引物Ocsex-F/Ocsex-R在雄性DNA中扩增获得959 bp和656 bp的两个DNA条带,在雌鱼中仅可扩增出959 bp的单一条带,PCR产物经电泳可清晰分辨;对汕头、湛江、钦州、文昌等南海沿岸的地理群体扩增结果一致。【结论】Ocsex-F/Ocsex-R引物可对弓背青鳉进行遗传性别鉴定,在南海沿岸不同群体中具有稳定性和通用性,可广泛用于弓背青鳉遗传性别鉴定。
- 董忠典龙水生黄承勤黄顺楷张宁应子钰郭昱嵩王中铎
- 关键词：性别鉴定分子标记
- 四带笛鲷线粒体基因组序列结构及进化
- 采用Long-PCR扩增线粒体全基因组方法得到了四带笛鲷线粒体基因组全序列,序列的分析结果表明,四带鲷线粒体基因组序列全长16514bp,共有13个编码蛋白质基因、个tRNA基因、22个rRNA基因和1个D-loop22...
- 谭围王中铎郭昱嵩刘楚吾刘丽
- 关键词：线粒体基因组系统进化
- 文献传递
- 红鳍笛鲷视杆蛋白和长波敏感视蛋白的基因克隆及表达规律分析
- 2022年
- 【目的】克隆红鳍笛鲷(Lutjanus erythropterus)视杆蛋白(RH1)基因和长波敏感视蛋白(LWS)基因,并分析其在早期发育不同阶段和成鱼不同组织的表达规律,为探究笛鲷属鱼类适应从表层浮游逐步转为下层底栖光环境生活的过程提供理论基础。【方法】利用RACE克隆红鳍笛鲷RH1基因和LWS基因cDNA全长,利用生物信息学软件对2个基因序列及编码的氨基酸序列进行分析,并利用实时荧光定量PCR检测其在红鳍笛鲷6个胚胎发育时期(原肠下包1/2期、胚孔封闭期、视囊期、晶体出现期、心脏跳动期、孵化出膜期)和5个仔鱼发育时期(1、3、10、15和20 d),以及成鱼不同组织(脑脏、心脏、肝脏、肌肉、黑色皮肤、红色皮肤、胃和视网膜)的表达规律。【结果】红鳍笛鲷RH1基因和LWS基因cDNA全长分别为1723 bp和1302 bp,其中RH1基因具有465 bp的3’-UTR和196 bp的5’-UTR,开放阅读框(ORF)长度为1062 bp,编码353个氨基酸残基;LWS基因具有213 bp的3’-UTR和15 bp的5’-UTR,ORF长度为1074 bp,编码357个氨基酸残基。系统发育分析结果显示,2个视蛋白基因均先与鲈形目等鱼类聚为一支,再与鳉形目、鲽形目和鲤形目等聚为一支,最后再与陆生脊椎动物聚为一支。实时荧光定量PCR检测结果显示,RH1基因在孵化出膜后15和20 d的相对表达量显著高于其他时期(P<0.05,下同),LWS基因在孵化出膜后20 d的相对表达量显著高于其他时期;2个视蛋白基因在成鱼不同组织的表达模式相似,在视网膜上的相对表达量均显著高于其他组织。【结论】红鳍笛鲷RH1和LWS基因的表达具有组织特异性,且在早期发育阶段的表达水平与红鳍笛鲷的生活习性变化相关,表明红鳍笛鲷RH1和LWS基因表达与其生活光环境的变化密切呼应,在早期发育变态阶段的光线调节,以及适应黑暗环境等方面发挥重要作用。
- 陈子钊刘雪媚许振民梁秋璐王中铎郭昱嵩
- 关键词：红鳍笛鲷基因克隆
