刘博
- 作品数：19 被引量：99H指数：6
- 供职机构：中国农业科学院蔬菜花卉研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技支撑计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 白菜型油菜和菜薹的InDel标记开发及其RILs群体遗传连锁图谱的构建被引量：9
- 2012年
- 通过白菜型油菜‘R-O-18’和菜薹‘L58’的基因组重测序数据与白菜基因组的参考序列(‘Chiifu-401-42’的基因组序列)的比对,在全基因组范围内检测到了18479个短插入缺失变异位点(≤5bp)。从中挑选了500个插入/缺失片段为4～5bp的InDel变异位点,将其设计成InDel分子标记并进行试验验证,结果有452个标记通过PCR扩增出单一条带,但仅有106个在‘R-O-18’和‘L58’间表现出多态性,346个没有多态性,48个在PCR中没有扩增。亲本间具有多态性的106个InDel标记可用来检测以‘R-O-18’和‘L58’为亲本构建的RILs基因型,并构建了一张包含99个标记的遗传连锁图谱。
- 孟霖刘博林良斌程峰王晓武武剑
- 关键词：菜薹油菜白菜遗传连锁图
- 水仙黄条病毒的RT-PCR检测
- 以漳州水仙病株为材料,根据基因库中已发表的水仙黄条病毒(NYSV)的外壳蛋白基因序列设计合成了一对特异引物,并通过RT-PCR技术扩增出与预期大小相一致的806 bp片段。应用该方法对田间水仙的带毒情况进行检测,检出率达...
- 刘博明军刘春张永春王晓武穆鼎
- 关键词：RT-PCR
- 白菜类作物开花时间的全基因组关联分析被引量：14
- 2017年
- 【目的】解析白菜类作物开花时间的调控位点,定位白菜类作物开花时间相关的候选基因,为白菜类作物抽薹开花时间的遗传改良提供依据。【方法】以116份白菜类作物组成的自然群体作为研究材料,分别种植在温室与露地2个独立的环境中,进行开花时间调查。同时,提取试验材料的DNA样品进行深度为1.2x的重测序,对测序数据用Pooled Mapping法进行过滤、与参考基因组比对,获得全基因组高密度SNP集合。经过条件过滤后,对高质量的SNP集合进行生物信息分析,包括试验材料的群体结构分析和全基因组连锁不平衡分析。从高质量的SNP集合中,随机挑选出2 000个变异位点,用Phy ML软件以最大似然法对116份试验材料进行系统发育树分析。用全部的高质量SNP集合位点通过软件Haploview进行全基因组连锁不平衡分析。最后,将高质量的SNP集合与开花时间数据结合,通过TASSEL和GAPIT软件包以及R程序语言进行全基因组关联分析。根据强关联峰值信号点位置和连锁不平衡区间定位开花时间候选位点,再通过白菜与同源物种拟南芥的基因共线性关系以及基因功能注释分析来预测白菜类作物开花时间相关的候选基因。【结果】不同种植条件下、不同类型的白菜类作物在开花时间上存在广泛差异。试验材料在露地环境下的开花时间高峰期明显早于温室环境下的材料;试验材料在露地环境下的开花时间总体表现出偏正态分布,而在温室环境下,开花时间各个阶段呈现出较为均衡的分布。温室与露地环境下的开花时间呈显著正相关。通过生物信息学分析最终得到的高质量SNP位点共103万个。试验材料的群体结构分析表明在系统发育树上各亚群内部分布较为集中,不同亚群之间的分布与材料的地理起源密切相关。全基因组衰减平均LD为2.3 kb,表明在116份白菜类作物构建的群体内存在较为频�
- 高宝祯刘博李石开梁建丽程锋王晓武武剑
- 关键词：白菜类作物开花时间全基因组关联分析候选基因
- CAPS与熔解曲线技术相结合的菜薹SNP基因分型体系的建立与验证
- 2013年
- 根据不同长度或不同碱基序列的DNA片段的熔解温度(Tm)不同的原理,将酶切扩增多态性序列(cleaved amplified polymorphic sequence,CAPS)与熔解曲线(melting curve,MC)技术相结合,建立了CAPS-MC技术,从而实现SNP分子标记基因分型。通过菜薹‘L58’和紫菜薹‘ZCT095’的基因组重测序数据与白菜基因组的参考序列(‘Chiifu-401-42’的基因组序列)的比对,预测了719个HindⅢ内切酶识别碱基序列的SNP位点,并将其设计成CAPS-MC分子标记,从中随机选择10对标记进行体系建立与优化,结果显示本体系有灵敏度强、精准性高、快速、高通量、经济实用等优势。
- 李平霞黄英金刘博梁建丽程锋武剑王晓武
- 关键词：菜薹熔解曲线
- 结球甘蓝核基因组密码子使用偏爱性分析被引量：6
- 2013年
- 根据甘蓝测序结果,利用CodonW软件对结球甘蓝的48 000个蛋白质编码基因序列进行了分析,计算出同义密码子相对使用频率,确定了TCT、CCT、AGA、GTT、GCT、GAT等6个高频密码子。将甘蓝与大肠杆菌、拟南芥、棉花、水稻的密码子使用频率进行了比较,发现甘蓝密码子使用偏爱性与同为双子叶植物的拟南芥、棉花基本一致,而与大肠杆菌及单子叶植物水稻均具有较大差异。以甘蓝密码子用法分析结果为依据,对Bt cry1C抗虫基因进行了密码子的改造,得到了具有甘蓝密码子使用特点的cry1C基因序列,为甘蓝的转基因研究奠定了分子基础。
- 仪登霞杨丽梅方智远刘玉梅庄木张扬勇刘基生刘博武剑耿丽丽张杰张振贤
- 关键词：甘蓝密码子用法密码子偏爱性
- 百合遗传转化体系研究进展被引量：4
- 2008年
- 遗传转化可以广泛利用外源基因,定向改变百合的性状,创造新的品种。对百合遗传转化再生体系的建立、遗传转化载体的构建、遗传转化方法的选择和应用以及转基因植株的检测方法等方面的研究进展进行了综述,有助于加深对百合遗传转化的认识,进一步扩大遗传转化技术的应用范围。
- 王丽娜廖卉荣杨素丽刘博
- 关键词：百合遗传转化体系
- 一步三重RT－PCR快速检测百合三种病毒的方法
- 本发明涉及“一步三重RT－PCR快速检测百合三种病毒的方法”，属病毒检测领域。一步三重RT－PCR快速检测百合三种病毒的方法，所述三重RT－PCR扩增体系中含有下列三对引物CMV1/CMV2，LSV1/LSV2，LMoV...
- 明军徐榕雪刘春穆鼎汤庚国王晓武刘博
- 文献传递
- 甘蓝抗枯萎病基因的精细定位
- 甘蓝枯萎病由尖孢镰刀菌粘团转化型引起,严重影响着甘蓝的产量和品质.本研究利用甘蓝高抗亲本和高感亲本杂交获得F1,然后通过F1自交获得包含4000个单株的F2群体,利用F1的花蕾进行游离小孢子培养获得包含160个系的DH群...
- 吕红豪谢丙炎杨宇红王晓武康俊根方智远杨丽梅张扬勇刘玉梅庄木刘博
- 关键词：甘蓝枯萎病尖孢镰刀菌
- 快速脱除百合三种病毒的方法
- 本发明涉及“快速脱除百合三种病毒的方法”，属于生物技术领域。快速脱除百合三种病毒的方法，其特征在于：将茎尖分生组织接种于含有病毒唑的培养基上，所述茎尖大小为0.5mm～0.8mm，病毒唑浓度为4mg/L～6mg/L。本发...
- 明军徐榕雪刘春穆鼎汤庚国王晓武刘博
- 文献传递
- 水仙黄条病毒的RT-PCR高效检测
- 以漳州水仙病株为材料,根据基因库中已发表的水仙黄条病毒(NYSV)外壳蛋白基因序列设计合成了一对特异引物,并通过RT-PCR技术扩增出与预期大小相一致的806bp片段[No.EU430294]。应用该方法对田间水仙的带毒...
- 刘博明军罗凤霞刘春张永春袁素霞王晓武
- 关键词：RT-PCR
- 文献传递
