张哲
- 作品数：18 被引量：42H指数：4
- 供职机构：上海交通大学农业与生物学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金上海市闵行区自然科学基金上海市科技兴农重点攻关项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学自动化与计算机技术更多>>
- 浦东白猪遗传多样性及繁殖性能的变化分析被引量：3
- 2017年
- 试验旨在研究浦东白猪现存群体的遗传多样性及其繁殖性能变化的原因。利用全基因组范围内的遗传标记(SNPs),对比6个太湖流域地方品种及3个西方引进品种,对浦东白猪的遗传多样性进行了分析。同时利用落入繁殖候选基因内的SNPs,分析了群体的多样性及结构。结果显示,相较于本研究中所选择的太湖流域地方品种及西方引进品种,浦东白猪的遗传多样性较太湖流域地方品种低;除枫泾猪外,浦东白猪繁殖相关SNPs的多态性标记的比例、期望杂合度最低,等位基因丰度仅高于杜洛克猪;主成分分析(PCA)结果揭示浦东白猪繁殖相关SNPs位点仍具有其群体独特性。研究结果揭示了浦东白猪现存群体遗传多样性较低,繁殖性能的退化可能是由于一些有利等位基因的灭绝、繁殖相关基因多态性及个体杂合性的降低所致。但是浦东白猪仍然携带一定数量的有利等位基因且依旧具有其群体独特性,暗示浦东白猪仍具有较高的保种价值。本研究为浦东白猪后期的选育、保种和开发利用提供了一定的参考。
- 肖倩张哲孙浩张向喆沈大德储野根王起山潘玉春
- 关键词：繁殖性能
- 基于基因组遗传标记的上海白猪(上系)杂交优势预测分析被引量：4
- 2018年
- 通过基于基因组遗传标记的杂交优势预测分析,筛选上海白猪(上系)最优杂交配套组合,以期促进上海白猪(上系)的保种工作,为优质猪肉的生产奠定基础。基于99头上海白猪(上系)与156头国内主要的引进品种(杜洛克、长白猪、大白猪、皮特兰、巴克夏猪)全基因组简化测序得到的100 120个SNP遗传标记,结合性状特异的杂种优势预测方法,利用二元杂交,三元杂交和四元杂交方式,进行了上海白猪(上系)的杂种优势预测。结果显示:二元杂交杜上(DS)、长上(LS)的杂种优势较高,三元杂交的三元杂种肉猪上长大(SLY)最好,双杂交的四元杂种肉猪杜长大上(DLYS)最优、杜上长大(DSLY)次之。针对繁殖、育肥、胴体与肉质性能等多个指标,综合考虑经营管理、成本及当前市场对优质猪肉的需求,确定上海白猪(上系)与长大二元杂种母猪的杂交组合(S×LY)为最宜的杂交配套系组合。
- 盛中华陈国宏陈国宏潘玉春王起山
- 关键词：猪基因组SNP杂交优势
- 金华猪与杜洛克、长白猪、大白猪杂交的杂种优势预测被引量：4
- 2019年
- 本研究旨在探讨杜洛克(D)、大白(Y)和长白(L)3个知名西方品种与金华猪(J)的杂交利用情况。应用"基于基因组简化与测序的基因型判型(GGRS)"技术平台,检测单核苷酸多态性(SNPs)并判定基因型。利用全基因组性状特异的SNP分子标记估算不同群体间的遗传距离,从胴体与肉品质、繁殖、健康和生长4个性状对金华猪不同杂交模式下的杂种优势进行预测。结果表明:共找到繁殖、生长、胴体与肉品质和健康性状潜在相关基因的SNP分别为1 835、2 174、196 057、17 200个;在二元杂交组合中,♂杜×♀金(D×J)为较优组合;在三元杂交组合中,♂金×♀长大(J×LY)为较优组合;在四元杂交组合中,♂杜金×♀长大(DJ×LY)为较优组合。本研究应用生物信息学技术对金华猪不同杂交模式的杂交优势进行预测,可大大减少后续的配合力实验,结果可为金华猪的保种和杂交利用提供一定参考。
- 徐忠张哲孙浩张向喆徐宁迎陈究成华坚青钟土木王起山潘玉春
- 关键词：金华猪杂种优势预测
- 中国地方猪品种登记网络平台的构建被引量：2
- 2014年
- 中国地方猪种具有耐粗饲、繁殖力高、肉质鲜美、适应性强等优良特性,但由于外国猪种的引进,地方猪种的养殖、生存空间被严重压缩,加之保护意识不强,目前状态不容乐观,个别品种甚至已经灭绝。为有效保存和开发地方猪种资源,本研究应用先进网络技术,先行开发了中国地方猪品种登记网络平台。该平台具有地方猪种动态监测、数据登记、数据审核、遗传分析、统计分析、选种选配等多种核心管理和育种功能,可为国家级、省级主管部门提供监管手段,为保种场、保护区提供技术支持,为科研工作者提供精准的数据资料。
- 贺鹏飞王起山薛明张哲陈强王振杨红杰潘玉春
- 关键词：地方猪种网络平台品种登记保种
- 上海白猪(上系)基因组遗传变异检测与功能注释分析被引量：1
- 2018年
- 拟通过全基因组范围内遗传变异的检测和注释分析,深入了解上海白猪(上系)群体的遗传现状,以便更好地进行提纯复壮与开发利用。本研究应用基因组简化测序平台—GGRS,对上海白猪(上系)群体(99头)进行基因组测序,并综合实验室前期太湖地方猪种和西方引进品种共计447头测序数据进行SNP和InDel等遗传变异检测和功能注释分析。结果显示,上海白猪基因组测序平均覆盖度为2.87%,平均测序深度为3.9倍,共检测到328 586个SNPs、693 220个InDels。进一步分析表明,SNP和Indel在染色体上的分布相对均一,但在不同染色体上数量和密度的分布存在一定差异。结构注释显示,SNP和InDel对应基因的数量分别为11 496个和13 216个,按照基因的结构区域分类,SNP和InDel在各类功能基因区间的分布特点一致,绝大多数的SNP和InDel变异都分布在基因间区,分别为74.61%和83.38%。内含子中次之,分别为22.76%和14.98%。基因富集分析结果表明,SNP主要与蛋白代谢过程和高分子代谢过程等相关,InDel多在组织、器官发育和疾病相关的通路中发生富集。此外还发现,含有高密度SNP和InDel等遗传变异的QTL主要集中在肉质与胴体性状和健康性状。本研究利用先进的简化基因组测序技术对上海白猪(上系)全基因组范围内的遗传变异进行了普查,并通过对太湖流域地方猪种和西方引进品种的合并比较分析,阐释了这些遗传变异的染色体分布特征,基因区间分布规律和功能注释信息,为后续的开发利用奠定了坚实的基础。
- 盛中华陈国宏陈国宏潘玉春王起山
- 关键词：猪基因组SNPINDEL
- 冻精与批次分娩对猪繁殖性能的影响
- 张锁宇张哲李秋梦张向喆王起山马裴裴潘玉春
- 绿壳蛋鸡与白来航蛋鸡microRNA变异及其靶基因预测分析
- 2016年
- 本研究旨在分析绿壳蛋鸡与白来航蛋鸡microRNA变异及其靶基因,将已鉴定的microRNA与预测microRNA组成全基因组的microRNA,并通过与GGRS得到的两种鸡群体SNP位点进行映射,挖掘含SNP的microRNA。利用生物信息学的方法,对含SNP的microRNA进行靶基因预测,并对直接含有SNP的maturemicroRNA进行聚焦。将这些靶基因进行富集,一共得到22个GO分类和10条KEGG信号通路与3个主要IPA调控网络,发现其在与生长相关的mTOR信号通路、Wnt信号通路、生长激素受体网络、胰岛素样生长因子Ⅰ受体网络得到了富集,与产蛋性状相关的卵母细胞减数分裂信号通路、黄体酮卵母细胞成熟信号通路得到了富集。此研究方法和结果可以给后期研究提供参考。
- 管毓渝廖荣荣王振赵静陈振亮张哲肖倩孙浩王起山张向喆杨长锁潘玉春
- 关键词：绿壳蛋鸡MICRORNASNP
- 金华猪杂交组合繁殖、育肥、胴体与肉质性能的研究被引量：7
- 2018年
- 为了加强金华猪的开发和利用,结合杂种优势预测,我们选择♂杜×♀金（D×J）、♂杜×♀长金（D×LJ）、♂金×♀长大（J×LY）和♂杜金×♀长大（DJ×LY）作为试验杂交组合,分别测定了各组合的繁殖性能、育肥性能和胴体肉质性能。结果显示：在繁殖性能方面,DJ×LY的窝均总仔、窝均活仔和初生窝重均高于其他3个组合;在胴体性能方面,四个杂交组合中,D×LJ和DJ×LY的屠宰率、瘦肉率均较高,J×LY的胴体最长,DJ×LY的次之;在肉质性能方面,DJ×LY的校正肉色评分和大理石纹评分均为最高,D×LJ、D×J和DJ×LY的校正p H1之间无显著差异（P〉0.05）,且均高于J×LY（P〈0.01）。综合来看,DJ×LY、D×LJ、J×LY均可作为配套杂交组合,但DJ×LY可能更加值得推崇。研究结果为金华猪的杂交利用提供了一定的参考。
- 徐忠肖倩张哲孙浩张向喆潘玉春徐宁迎徐宁迎陈究成钟土木王起山
- 关键词：金华猪杂交育肥性能
- 浦东白猪杂交试验报告——繁殖性能与育肥性能被引量：1
- 2016年
- 为了加强浦东白猪的开发和利用,结合杂种优势预测,我们选择♂杜×♀长浦(♂D×♀LP,DLP)、♂大×♀长浦(♂Y×♀LP,YLP)、♂浦×♀长大(♂P×♀LY,PLY)三元杂交模式以及浦东白猪纯繁(♂P×♀P,PP)和二元杂交模式的♂长×♀大(♂L×♀Y,LY)作为试验杂交组合,分别测定了各组合的繁殖性能和育肥性能。结果显示:♂D×♀LP、♂Y×♀LP、♂P×♀LY之间母本的总产仔数无显著差异(P>0.05),但均显著高于♂P×♀P(P<0.05);♂Y×♀LP的母本产活仔数最高,♂P×♀LY的次之,且均显著高于♂P×♀P(P<0.05);PLY初生个体重显著高于DLP(P<0.05);同时PLY商品猪达40 kg、60 kg、95 kg时的日龄最短,与DLP、PP显著差异(P<0.05);PLY在日增重上与DLP、YLP并无显著差异(P>0.05),但PLY料重比最高。综合来看,♂D×♀LP、♂Y×♀LP、♂P×♀LY均可作为配套杂交组合,但♂P×♀LY可能更加值得推崇。研究结果为浦东白猪的杂交利用提供了一定的参考。
- 肖倩张哲孙浩王振赵静廖荣荣张向喆沈大德储野根王起山潘玉春
- 关键词：杂交繁殖性能育肥性能
- 基于芯片数据和整合分析研究奶牛乳房炎的关键通路
- 2016年
- 奶牛乳房炎是奶牛的常见病和多发病之一,给奶牛业带来巨大的经济损失,严重制约着奶牛业的发展。为了进一步了解乳房炎的调控机理,对已发表的5套大肠杆菌感染奶牛乳腺上皮细胞的表达谱芯片数据统一进行预处理,并整合大肠杆菌感染1、6、24h的基因富集分析,以期得到更可靠的影响奶牛乳房炎的关键基因和通路。结果发现,感染1、6和24h数据集的分析结果中共同下调通路分别为9、30和17个,分析结果确定了一些奶牛乳房炎相关的通路及基因,为进一步揭示其调控机理提供参考。
- 赵静陈振亮王振张哲肖倩管毓渝孙浩刘光磊张向喆潘玉春廖荣荣王起山
- 关键词：奶牛乳房炎通路
