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孙雪婧

作品数：11 被引量：40H指数：3
供职机构：甘肃农业大学动物医学院更多>>
发文基金：甘肃省教育厅研究生导师科研项目甘肃省高等学校基本科研业务费项目更多>>
相关领域：农业科学生物学更多>>

合作作者

文献类型

  • 10篇期刊文章
  • 1篇学位论文

领域

  • 9篇农业科学
  • 3篇生物学

主题

  • 6篇多态
  • 6篇外显子
  • 6篇基因
  • 5篇遗传多态
  • 5篇遗传多态性
  • 5篇类群
  • 5篇MSTN
  • 4篇牦牛
  • 4篇基因外显子
  • 4篇MSTN基因
  • 3篇生物信息
  • 3篇生物信息学
  • 2篇多态性
  • 2篇多态性研究
  • 2篇杂交
  • 2篇生物信息学分...
  • 2篇西门塔尔
  • 2篇克隆
  • 1篇蛋白
  • 1篇多态性分析

机构

  • 11篇甘肃农业大学
  • 5篇甘肃省草食动...

作者

  • 11篇孙雪婧
  • 10篇刘霞
  • 10篇杜晓华
  • 5篇梁春花
  • 3篇罗玉柱
  • 3篇曾国敏
  • 3篇杨阳
  • 2篇杨孝朴
  • 1篇李同方
  • 1篇李积友

传媒

  • 2篇华北农学报
  • 2篇生物技术通报
  • 1篇中国农业科学
  • 1篇西北农业学报
  • 1篇畜牧兽医杂志
  • 1篇西北农林科技...
  • 1篇中国牛业科学
  • 1篇中国草食动物...

年份

  • 7篇2015
  • 4篇2014
共 11 条 记 录，以下是 1-10
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排序方式：
甘肃金昌西门塔尔牛MSTN基因外显子多态性研究
2014年
[目的]为分析金昌地区西门塔尔牛MSTN基因三个外显子的遗传多态性及变异特征。[方法]采用PCR-SSCP方法检测了61头西门塔尔牛MSTN基因三个外显子的多态性。[结果]显示:金昌西门塔尔牛MSTN基因的第1外显子存在A、B两个等位基因以及AA、AB两种基因型,其基因型频率分别为0.7705和0.2295;第2外显子存在A、B两个等位基因以及AA、AB、BB三种基因型,其基因型频率分别为0.0328、0.3443和0.6229;第3外显子只有AA一种基因型。序列分析表明,金昌地区的西门塔尔牛MSTN基因第1外显子在269bp发生了A→G的突变和第2外显子在41bp发生了C→T的突变,但都未导致氨基酸发生改变,属于同义突变;外显子3并未检测到突变。[结论]统计结果表明,金昌地区的西门塔尔牛MSTN基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态。
刘霞李积友曾国敏孙雪婧韩登武杜晓华
关键词：MSTN基因遗传多态性
甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因外显子遗传变异的研究
2014年
为分析肉牛MSTN基因的遗传多态性及变异特征,采用PCR-SSCP方法检测了60头甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因的多态性,对群体内各等位基因进行了克隆测序。结果显示:武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子存在A、B两个等位基因以及AA、AB两种基因型,基因型频率分别为0.916 7、0.083 3;第2外显子存在A、B两个等位基因以及AA、BB、AB三种基因型,基因型频率分别为0.5、0.25、0.25。序列分析表明,武威西门塔尔牛MSTN第1外显子在269 bp发生了A→G的突变,第2外显子在41 bp发生了C→T的突变,二者均属于同义突变。统计结果表明,武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态,外显子3没有发生突变。
孙雪婧高雪晋李积友杜晓华刘霞杨孝朴
关键词：MSTN基因遗传多态性
甘肃西门塔尔牛高台类群MSTN基因多态性与生物信息学研究被引量：7
2015年
为分析甘肃西门塔尔牛高台类群MSTN基因的遗传多态性、变异特征及MSTN基因的基础数据。采用PCR-SSCP方法检测了62头高台西门塔尔牛MSTN基因的多态性,对群体内各等位基因进行了克隆,得到西门塔尔牛MSTN基因的完整CDS区序列及部分5'端和3'端UTR区,并进行了相关生物信息学分析。高台西门塔尔牛MSTN基因第1和3外显子只发现一种纯合基因型,第2外显子发现一种杂合基因型。序列分析结果表明,高台西门塔尔牛MSTN基因第2外显子在41bp处发生了C→T的突变,第1和3外显子无突变。生物信息学分析表明,西门塔尔牛MSTN基因CDS区全长1128bp,编码375个氨基酸残基组成的蛋白质,分子量约为42.5kD,理论等电点为6.14;二级结构是以β-转角和无规卷曲为主。西门塔尔牛MSTN与牦牛、绵羊等物种之间存在较高的同源性。统计结果表明,甘肃西门塔尔牛高台类群MSTN基因未发现有多态,对MSTN生物信息学的分析表明,甘肃西门塔尔牛高台类群MSTN是一个由375个氨基酸残基构成的不稳定的可溶酸性蛋白质,二级结构预测为一个混合型蛋白。本研究结果为进一步研究甘肃西门塔尔牛高台类群MSTN基因的遗传特性和生理机制奠定了基础。
杜晓华李积友杨阳孙雪婧韩登武刘霞
关键词：MSTN基因遗传多态性生物信息学
脑红蛋白在成年牦牛脑中的表达研究被引量：3
2015年
【目的】探寻脑红蛋白(Neuroglobin,NGB)在成年牦牛脑不同部位中的分布特征。【方法】选择健康成年牦牛8只,宰杀后取其大脑皮质、小脑皮质、海马、延髓、纹状体及嗅球等部位的脑组织,利用免疫组织化学染色SP法和实时荧光定量PCR技术,对NGB在成年牦牛脑不同部位中的分布特征及定量关系进行观察与检测。【结果】NGB在成年牦牛脑不同区域的表达强弱有明显差异,在大脑皮质中NGB基因的相对表达量(262.69±9.19)极显著高于小脑皮质(137.00±7.29)、海马(1.00±0.22)、延髓(3.43±0.76)、纹状体(7.65±0.61)及嗅球(2.14±1.22)。【结论】NGB在成年牦牛脑不同部位中高表达,提示NGB在脑组织的氧利用及功能活动中发挥着重要作用。
李同方刘霞刘霞孙雪婧
关键词：脑红蛋白免疫组织化学实时荧光定量PCR牦牛
牦牛FAM134B基因CDS区克隆与生物信息学分析被引量：2
2015年
为了丰富牦牛FAM134B基因研究的基础数据,进一步探讨FAM134B基因的生理功能,通过PCR扩增和测序技术并结合生物信息学分析软件,对牦牛FAM134B基因进行克隆、测序以及相关生物信息学分析。克隆获得1 079 bp的牦牛FAM134B基因,其中CDS区全长1 071 bp(Gen Bank登录号:KM587693),编码356个氨基酸残基组成的蛋白质。与普通牛比对,牦牛FAM134B基因在CDS区存在3个碱基突变,其中第727位上碱基C→T的突变导致密码子CCC→TCC,使编码的氨基酸由脯氨酸变成丝氨酸。牦牛FAM134B基因编码蛋白的分子式为C1705H2686N448O575S13,分子量为39.077 5 k Da,理论等电点(p I)为4.46,消光系数为24 450。不稳定系数为46.85,疏水指数为79.47,平均亲水性为-0.439,属不稳定可溶性酸性蛋白质。二级结构以无规卷曲和α-螺旋为主,其中α-螺旋占23.88%,无规卷曲占74.72%,属混合类蛋白质。亚细胞定位结果显示:FAM134B编码的蛋白在内质网、细胞质膜、空泡、细胞核、高尔基体、细胞骨架和线粒体中分别占30.4%,21.7%,17.4%,17.4%,4.3%,4.3%,4.3%,推测其可能在物质的运输以及辅因子的生物合成等过程中发挥离子通道载体以及信号转导和转录调控的作用。系统发育树分析表明,牦牛FAM134B氨基酸序列与普通牛、绵羊、小鼠、褐家鼠、猕猴、黑猩猩、人、非洲爪蟾的FAM134B氨基酸序列的同源性分别为99.7%,97.2%,87.1%,86.8%,90.4%,90.2%,90.4%,57.9%,物种间的同源性较高,其系统进化的情况与亲缘关系的远近相一致,说明FAM134B基因的编码区在进化的过程中比较保守。FAM134B基因的成功克隆和分析为揭示牦牛FAM134B基因的遗传特性提供了理论依据。
曾国敏杜晓华杨阳梁春花孙雪婧刘霞
关键词：牦牛生物信息学分析
甘肃西门塔尔牛临泽类群MSTN基因外显子的多态性被引量：1
2015年
采用PCR-SSCP及测序方法检测50头甘肃西门塔尔牛临泽类群个体MSTN基因3个外显子的遗传多态性及变异特征。结果表明,甘肃西门塔尔牛临泽类群MSTN基因的外显子1存在AA、AB 2种基因型,其基因型频率分别为0.98和0.02;外显子2存在AA、AB、BB 3种基因型,其基因型频率分别为0.4、0.2和0.4;外显子3只有1种基因型,即AA。序列分析表明,外显子1与2各存在1处同义突变;外显子3未检测到突变。统计结果表明,甘肃西门塔尔牛临泽类群MSTN基因外显子1呈低度多态,外显子2呈中度多态,外显子3无多态。
杜晓华李积友韩登武梁春花孙雪婧刘霞
关键词：MSTN基因遗传多态性
牦牛CYGB基因CDS区克隆与生物信息学分析被引量：27
2014年
【目的】丰富牦牛CYGB基因研究的基础数据,对牦牛CYGB基因的CDS区进行克隆和生物信息学分析。【方法】提取牦牛大脑海马区组织的总RNA并运用RT-PCR技术反转录为cDNA,并根据GenBank中普通牛CYGB基因cDNA序列(GenBank登录号:DV874786.1),使用Primer3.0在线软件设计特异性引物,运用PCR扩增技术、TA克隆技术和核酸测序技术获得CYGB基因的完整CDS区序列及部分5′端和3′端UTR区,并使用ProtParam、PredictProtein、SWISS-MODEL等在线分析软件与Lasergene7.1软件包分析CYGB的一级结构、二级结构、三级结构与理化性质,并进行同源性分析及构建系统进化树;利用PyMol软件修饰并输出三维结构;使用在线亚细胞定位工具PSORT II Prediction预测蛋白质的亚细胞定位;使用Protfun软件对蛋白质的功能进行预测分析。【结果】克隆获得牦牛CYGB基因650 bp,包括CDS区573 bp(GenBank登录号:KF669898),碱基组成为A 20.59%、T 16.40%、G 33.33%、C 29.67%,编码190个氨基酸残基组成的蛋白质。与普通牛比对,牦牛CYGB基因在CDS区存在4个碱基突变,同源性为99.3%,这个突变未导致氨基酸序列的改变,4个突变均属同义突变。牦牛CYGB基因编码蛋白的分子式为C964H1513N263O278S7,分子量约为21.5 kD,理论等电点(pI)为6.32,消光系数为24075,不稳定系数为48.43,疏水指数为83.63,平均亲水性为-0.301,属不稳定可溶性酸性蛋白质,在哺乳动物网织红细胞内的半衰期为30 h。二级结构以α-螺旋和无规卷曲为主,其中α-螺旋占64.21%,无规卷曲占35.79%,属全α类蛋白质。三级结构是一个呈"three-over-three"三明治夹心型的α-螺旋折叠结构。亚细胞定位CYGB分布在细胞质(65.2%)、细胞核(17.4%)、线粒体(13.0%)、分泌系统的囊泡(4.3%)中,主要在细胞质,推测可能在能量代谢和辅因子的生物合成过程中发挥信号转导和转录因子调控的作用。牦牛CYGB氨基酸序列与普通牛、绵羊、家犬、小�
孙雪婧杜晓华杨孝朴罗玉柱刘霞
关键词：牦牛胞红蛋白基因克隆生物信息学
甘肃河西地区西门塔尔杂交类群NGB基因第3外显子的遗传变异研究
2015年
旨在对甘肃河西的临泽、甘州、武威、金昌、高台5个地区283头西门塔尔杂交类群NGB基因第3外显子的遗传多态性及变异特征进行系统分析,采用PCR-SSCP方法检测了283头西门塔尔杂交类群NGB基因第3外显子和部分内含子的多态性,且对群体内各等位基因进行了测序。结果显示,5个地区西门塔尔杂交类群共检测出5个等位基因(A、B、C、D、E),表现为5种基因型(AA、AB、AC、AD、AE)。其中甘州、武威、金昌西门塔尔杂交类群NGB基因均只检测到AA、AB 2种基因型,高台西门塔尔杂交类群检测到AA、AE 2种基因型,临泽西门塔尔杂交类群检测到AA、AB、AC、AD 4种基因型。A等位基因和AA基因型的频率在5个群体中最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现6个核苷酸突变位点(75 bp C→T,78 bp C→G,128 bp G→A,214 bp G→A,232 bp C→T,233 bp G→A),其中第75 bp和第78 bp处的突变位点位于内含子区域,其余4处突变位点均位于外显子区域。第214 bp处的核苷酸突变导致甘氨酸(Gly)突变为丝氨酸(Ser),第232 bp处核苷酸突变导致精氨酸(Arg)突变为色氨酸(Trp),第233 bp处核苷酸突变导致精氨酸(Arg)突变为谷氨酰胺(Gln),经χ2检验结果显示,5个地区的西门塔尔杂交类群在此3个突变位点上都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。群体遗传学分析结果表明,临泽、甘州、武威、金昌、高台西门塔尔杂交类群的多态信息含量(PIC)分别为0.0582、0.0196、0.0196、0.0161、0.0159,均属于低度多态(PIC<0.25)。
梁春花刘霞孙雪婧罗玉柱高雪晋杜晓华
关键词：外显子
甘肃西门塔尔牛甘州类群MSTN基因外显子多态性分析被引量：1
2015年
采用PCR-SSCP方法检测50头甘肃西门塔尔牛甘州类群MSTN基因3个外显子的遗传多态性,并对群体内各等位基因进行测序,旨为探讨西门塔尔牛MSTN基因与肉质性状关联等方面的研究提供理论依据。结果显示,甘肃西门塔尔牛甘州类群MSTN基因3个外显子中,外显子2受B、C等位基因控制,形成BB、CC和BC 3种基因型,基因型频率分别为0.22(11/50)、0.64(32/50)、0.14(7/50);外显子1和外显子3分别受A等位基因与D等位基因控制,形成AA和DD基因型,基因型频率均为1(50/50)。序列分析表明,甘肃西门塔尔牛甘州类群MSTN基因3个外显子中,外显子2在第41 bp处发生了C→T的突变,但并没有导致氨基酸发生改变,属于同义突变;外显子1和3均无突变。统计结果表明,甘肃西门塔尔牛甘州类群MSTN基因3个外显子中,外显子2为中度多态,其余均无变化。
李积友梁春花刘霞孙雪婧杜晓华
关键词：MSTN基因外显子
甘肃河西地区西门塔尔杂交类群NGB基因第4外显子的遗传变异研究被引量：1
2015年
为研究甘肃河西的临泽、甘州、凉州、金昌、高台5个地区西门塔尔杂交类群NGB基因第4外显子的遗传多态性及其变异特征,采用PCR-SSCP方法检测了283头西门塔尔杂交类群NGB基因第4外显子和部分内含子的多态性,并对群体内各等位基因进行了测序。结果显示:5个地区西门塔尔杂交类群共检测出5个等位基因(A、B、C、D、E),表现为6种基因型(AA、BB、AB、AC、AD、AE)。5个地区西门塔尔杂交类群均能检测到AA、BB、AB 3种基因型,且甘州、凉州、高台西门塔尔杂交类群还分别检测到AC、AD、AE 3种基因型。A等位基因频率在5个群体中最高,为优势等位基因。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现5个核苷酸突变位点(31 bp C→T、68 bp G→C和G→A、129 bp A→G、207 bp C→T),5处突变中仅第207 bp处单核苷酸突变落在外显子区域,其余均落在内含子区域,但均未导致氨基酸发生改变。χ2检验结果显示,5个地区西门塔尔杂交类群在第207 bp处单核苷酸突变位点上仅凉州、金昌西门塔尔杂交类群处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。群体遗传学分析结果表明,临泽、甘州、凉州、金昌、高台西门塔尔杂交类群的多态信息含量(PIC)分别为0.358 2,0.383 9,0.427 9,0.368 2,0.394 7,均属于中度多态(0.25
梁春花刘霞罗玉柱孙雪婧高雪晋杨阳曾国敏杜晓华
关键词：外显子
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