杨明娟
- 作品数：1 被引量：9H指数：1
- 供职机构：军事医学科学院疾病预防控制所更多>>
- 发文基金：北京市自然科学基金北京市科技新星计划国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 基于RNA-Seq的羊种布鲁氏菌新转录本与非编码RNA鉴定被引量：9
- 2015年
- 目的对羊种布鲁氏菌的转录本进行测序,鉴定基因组中新的转录本和非编码RNA。方法提取羊布鲁氏菌的总RNA,去除rRNA后连接接头逆转录成cDNA,PCR扩增后进行测序,以羊布鲁氏菌16M的基因组序列为参照对测序得到的reads进行比对作图,通过生物信息学方法进行新转录本和非编码RNA的鉴定。结果测序数据分析显示,reads在基因组上覆盖度较好。与现有注释基因相比,有773个基因的5′或3′端在基因组的原有位置基础上发生了延伸,并发现了16个新的转录本。根据测序结果,共鉴定出241条候选的非编码RNA(sRNA),进一步的RT-PCR验证结果显示,预测的sRNA在体外条件下有表达。结论布鲁氏菌基因组中存在除了预测以外的新的转录本,布鲁氏菌中存在非编码RNA且在不同条件下有差异表达。
- 郭英飞王玉飞龚春丽杨明娟袁久云庄妤冰柯跃华杜昕颖汪舟佳陈泽良
- 关键词：布鲁氏菌RNA-SEQSRNA
