何薇 作品数:13 被引量:20 H指数:3 供职机构: 昆明医科大学 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 云南省教育厅科学研究基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 更多>>
基于TCGA和GEO数据库建立了肝内胆管癌的预后风险模型及验证分析 被引量:3 2023年 目的基于TCGA(the cancer genome atlas)和GEO(gene expression omnibus)数据库构建肝内胆管癌(intrahepatic cholangiocarcinoma,ICCA)预后风险模型,筛选ICCA预后相关基因。方法TCGA数据库31例ICCA组织及9例癌旁组织数据作为训练集,GEO数据库30例ICCA组织及27例癌旁组织数据作为验证集,R软件“DESeq2”包过滤表达有差异的基因,过滤条件:差异倍数绝对值>2,校正P值<0.05。单因素COX回归分析筛选两组数据预后差异均有统计学意义的基因,通过LASSO回归分析构建ICCA的预后风险模型。计算训练集及验证集风险分数,并根据中值分为高、低风险组,绘制Kaplan-Meier生存曲线图和时间依赖性受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线。将风险分数与临床病理信息进行单、多因素COX回归分析,并绘制列线图展示,综合评价及验证模型效能。利用基因本体论(gene ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)、基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)和单样本基因集富集分析(Single Sample Gene Set Enrichment Analysis,ssGSEA)分析造成高低风险组预后差异的原因。结果TCGA数据共筛选出2922个差异表达基因,GEO数据共筛选出3075个(均P<0.05)。经单因素COX回归分析,TCGA筛选出68个基因(HR=0.13~7.2,均P<0.05),GEO筛选出413个基因(HR=0.17~215.1,均P<0.05),两组数据预后差异均有统计学意义的有9个基因:GOLGA7B,MTFR2,TPM2,PIWIL4,EPHX4,PRICKLE1,DIO2,FUT4和COL4A3(其中TCGA数据库HR=0.506~2.760,GEO数据库HR=0.428~1.992,均P<0.05)。LASSO回归成功构建6基因预后风险模型,模型风险分数=0.464×表达量MTFR2+0.550×表达量TPM2-0.511×表达量PIWIL4-0.097×表达量PRICKLE1+0.215×表达量DIO2-0.313×表达量COL4A3,训练集中风险分数中值为1.43。Kaplan-Meier生存分析表明在总生存率上,高风险组低于低风险组(P<0.001)。ROC曲线提示,1,3,5年AUC分别为0.971(cutoff=0.22),0.921 毛俊 沈秀芬 马润 何薇 瞿巧莉 胡莹关键词:肝内胆管癌 生物信息学 质粒介导的利奈唑胺耐药基因optrA在粪肠球菌的水平转移机制 2025年 目的研究临床上耐利奈唑胺粪肠球菌(LREf)携带的optrA基因通过质粒介导在粪肠球菌间的水平转移机制。方法收集昆明市某三级甲等医院2022年8月—2023年8月留取的非重复LREf,使用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)仪进行鉴定,VITEK 2 Compact、纸片扩散法、微量肉汤稀释法进行药敏试验,聚合酶链式反应(PCR)检测optrA基因,全基因组测序(WGS)分析LREf的分子生物学特征,以LREf为供体菌、临床来源粪肠球菌为受体菌进行接合实验。结果共收集17株LREf,12株LREf的质粒检测出optrA基因,检测出多种耐药基因及毒力基因。12株LREf菌株以ST16(50.0%)为主要分型。接合试验的24株接合子中有8株接合成功,接合率为33.3%,进一步分析发现,菌株接合前后位于质粒上的optrA基因上下游均存在IS1216E插入序列,且形成IS1216E-fexA-optrA-erm(A)-IS1216E样的转座单元。结论optrA基因可通过同时携带erm(A)、fexA基因的质粒介导在临床粪肠球菌间进行水平转移,而插入序列IS1216E在其水平转移过程中发挥着重要作用。 杨佩霓 陈莉 何薇 翟秀伟 吕梅 王清 杨旭关键词:粪肠球菌 利奈唑胺 质粒 全基因组测序 新生儿肠道CRKP定植和继发感染的影响因素 2024年 目的 分析新生儿耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)肠道定植与定植后继发感染的影响因素,为制定CRKP感染的防控策略提供依据。方法 选取2021年1月—2022年10月入住某院新生儿病房的新生儿为研究对象,入院后48 h内进行CRKP首次筛查,此外在住院期间每周进行一次耐碳青霉烯类肠杆菌(CRE)肛拭子主动筛查,并监测CRKP菌株感染情况。分析定植组、非定植组和感染组新生儿临床数据。对肠道定植菌及定植后继发感染新生儿临床标本中分离的非重复CRKP菌株进行碳青霉烯酶基因检测与多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析。结果 共有1 438例新生儿进行了CRE主动筛查,174例新生儿CRKP阳性,CRKP定植率为12.1%。174例定植新生儿中有35例继发感染,发病率为20.1%。新生儿CRKP肠道定植的独立危险因素为剖宫产(OR=2.050,95%CI:1.200~3.504,P=0.009)、使用头孢菌素类抗生素(OR=1.889,95%CI:1.086~3.288,P=0.024)、鼻胃管喂养(OR=2.317,95%CI:1.155~4.647,P=0.018);保护因素为母乳喂养(OR=0.506,95%CI:0.284~0.901,P=0.021)、口服益生菌(OR=0.307,95%CI:0.147~0.643,P=0.002)、灌肠(OR=0.334,95%CI:0.171~0.656,P=0.001)。新生儿CRKP肠道定植继发感染的独立危险因素为使用碳青霉烯类抗生素(OR=19.869,95%CI:1.778~222.029,P=0.015)和住院时间延长(OR=1.118,95%CI:1.082~1.157,P<0.001)。耐药基因结果显示CRKP菌株产碳青霉烯酶基因均为blaKPC-2,且同属于ST11型。同源性关系结果分析显示肠道CRKP定植与定植后继发感染菌株高度同源。结论 新生儿住院期间CRKP肠道定植可能会增加CRKP感染的风险。因此,可通过重点关注新生儿肠道定植及定植后继发感染的危险与保护因素,并采取相应的预防控制措施,减少CRKP医院感染的发生和传播。 翟誉 李庆蓉 李江 何薇 和平安 吕梅 杨旭关键词:定植 新生儿 同源性 血液系统疾病合并嗜水气单胞菌血流感染4例报告 2022年 本文报道了昆明医科大学第二附属医院4例血液系统疾病合并嗜水气单胞菌血流感染患者的诊疗及转归,进一步明确血培养重要性以及加深临床对此病的认识。选择2017—2021年昆明医科大学第二附属医院收治的血液系统疾病合并嗜水气单胞菌血流感染的4例患者,对患者临床表现、血培养采集及嗜水气单胞菌检出时间、实验室检查、治疗及预后等临床资料进行回顾性分析。本研究中4例病例均为男性血液系统疾病患者,处于化疗后骨髓抑制期粒细胞缺乏,出现发热后采集血培养并检出嗜水气单胞菌,4例患者血培养报阳时间4~11 h。药敏检测结果显示对二代、三代、四代头孢类抗生素、喹诺酮类抗生素、碳青霉烯类抗生素敏感性较高。4例患者早期均使用亚胺培南-西司他丁钠进行经验性抗感染治疗,1例患者经积极抗感染及升白细胞等治疗后痊愈。1例患者未完成化疗,患者要求出院,后续不详。2例患者迅速发展为坏死性筋膜炎,后患者死亡。研究表明,血液系统疾病合并嗜水气单胞菌血流感染罕见但死亡率高,对于反复发热考虑感染致病的患者需尽早进行血培养确认病原体并进行药敏试验,临床治疗时应结合患者情况及时调整治疗,除抗感染治疗外同时要提升患者免疫力,警惕发展为坏死性筋膜炎。 胥艳玲 杨旭 李江 何薇 和平安 吕梅 毕慧关键词:嗜水气单胞菌 血液系统疾病 白血病 血流感染 血培养 坏死性筋膜炎 降钙素原、白细胞介素-6和淀粉样蛋白A联合检测对重度烧伤患者早期脓毒症的预警价值分析 被引量:1 2022年 目的探讨降钙素原(PCT)、白细胞介素-6(IL-6)及淀粉样蛋白A(SAA)在重度烧伤患者中的表达水平,并分析PCT、IL-6及SAA判断早期脓毒症的价值,为临床诊断提供参考。方法选取2017年1月至2021年4月昆明医科大学第二附属医院收治的107例重度烧伤患者作为研究对象进行回顾性分析,根据是否并发早期脓毒症分为观察组(24例,发生早期脓毒症)和对照组(83例,未发生早期脓毒症)。比较两组患者血清PCT、IL-6及SAA水平,分析血清PCT、IL-6及SAA判断早期脓毒症风险的临床价值。结果观察组患者平均住院时间显著长于对照组,死亡率高于对照组(P<0.05);入院时和入院3 d时观察组患者血清PCT、IL-6及SAA水平显著高于对照组(P<0.05);入院3 d时PCT、IL-6、SAA的联合预测概率判断重度烧伤患者发生早期脓毒症的曲线下面积(AUC)为0.812(SE=0.062,95%CI=0.690~0.934,P=0.001),敏感度为0.833,特异度为0.717。结论重度烧伤并发脓毒症将显著增加不良预后风险,联合检测血清PCT、IL-6及SAA有助于判断重度烧伤患者发生早期脓毒症风险,为临床干预提供参考。 高颖斐 张强 何薇 薛琦 许钟艺 张佳玉关键词:降钙素原 白细胞介素-6 淀粉样蛋白A 烧伤 脓毒症 不同消毒方法对静脉采血皮肤消毒效果的比较 被引量:4 2017年 目的比较不同消毒方法对静脉采血皮肤消毒的效果,找到一种操作简便、快速适用的方法,适于采集血培养标本.方法随机抽取某三甲医院2016年2月到5月的住院患者303例,每例患者取左、右手肘窝及右手前臂3个部位,按照采血前使用不同的皮肤消毒方法分为3组.第1组是美国临床实验室标准协会(clinical laboratory standards institute,CLSI)规定的血培养采集消毒方法,第2组是安尔碘顺时针消毒1次,第3组是安尔碘顺逆时针各消毒1次.各组在消毒前、后的同一部位各取1次皮肤拭子,进行细菌培养及菌落计数,用χ2检验进行统计分析.结果 3种消毒方法在消毒前后的细菌阳性率差异有统计学意义(P<0.01).CLSI的血培养采集消毒与安尔碘顺逆时针各1次消毒,差异无统计学意义(P>0.05);CLSI的血培养采集消毒与安尔碘顺时针1次消毒,差异有统计学意义(P<0.01);安尔碘顺逆时针各1次消毒与安尔碘顺时针1次消毒,差异有统计学意义(P<0.01).结论安尔碘顺逆时针各消毒1次消毒效果与CLSI的血培养采集消毒等效,可运用于经静脉采集血培养标本的皮肤消毒,并比其简单、快速、经济适用. 杨旭 刘琦迎 冯丽萍 何薇 何子倩 王清关键词:消毒方法 血培养 静脉采血 皮肤消毒 LncRNA参与BMSCs成骨相关转录因子及信号通路的研究进展 被引量:1 2020年 骨质疏松、骨关节炎、骨髓瘤等是临床上常见的骨疾病,主要表现为骨质的缺损。而间充质干细胞(MSC)具有多向分化的潜能,可分化为多种不同的细胞。来源于骨髓的MSC的成骨分化能力一直是研究的热点,在骨缺损修复方面具有巨大的潜力。近年来,非编码RNA在骨髓间充质干细胞(BMSCs)成骨分化中的作用逐渐被发现,但长链非编码RNA(lncRNA)在BMSCs成骨分化中的作用目前尚不明确。目前已证实,部分lncRNA可通过表观遗传修饰或者吸附小编码RNA来参与细胞成骨。 何薇 许艳华关键词:骨髓间充质干细胞 长链非编码RNA 成骨 血清Treg在原发性胃癌患者中的表达水平及对腹腔镜辅助D2根治术预后的影响 被引量:1 2022年 目的 观察血清调节性T细胞(Treg)水平在原发性胃癌患者中的表达及对腹腔镜辅助D2根治术治疗预后的影响。方法 回顾性分析昆明医科大学第二附属医院2016年1月至2018年1月收治的116例胃癌患者的临床资料,患者均行腹腔镜辅助D2根治术治疗,设计基线资料调查表,记录研究所需资料,检测血清Treg水平,随访17~36个月,评估患者预后,比较预后不良组与预后良好组基线资料、血清Treg水平,采用COX回归分析检验血清Treg水平对预后不良的影响,并分析血清Treg水平对预后不良的预测效能。结果 116例胃癌患者中途均无失访或意外事件死亡,其中有45例预后不良,有71例预后良好;初步比较预后不良组与预后良好组基线资料后,建立COX回归模型,经COX回归分析检验结果显示,血清Treg、CD4+CD25+表达上调是胃癌患者预后不良的风险因素(OR>1,P<0.05);CD4+表达上调是胃癌患者预后不良的保护因素(OR<1,P<0.05);绘制受试者工作曲线(ROC)发现,血清Treg、CD4+、CD4+CD25+水平用于预测胃癌患者预后不良风险的曲线下面积(AUC)均>0.80,均有一定预测价值。结论 原发性胃癌患者血清Treg水平呈现表达上调,血清Treg、CD4+、CD4+CD25+表达与患者预后不良发生有关,并可作为预测因子。 何薇 陈莉 马婷关键词:调节性T细胞 预后 瑞士Hamilton FAME全自动酶联免疫分析系统使用中的常见故障及处理 被引量:1 2012年 酶联免疫试验(ELISA/EIA)是一项基本的、常规的现代临床检验技术。尽管在20世纪90年代之后,出现了聚合酶链反应(PCR)等更高灵敏度的检测技术,但由于免疫临床标志物(抗原/抗体)具有无法替代的临床意义,试验操作简便、技术可靠,ELISA成为传染病血清学标志物、肿瘤标志物及内分泌等各种临床免疫指标检测的主导技术。现在,不但ELISA检测系统的灵敏度和特异性得到显著提高, 沈秀芬 李江 张维 何薇 马润前列腺癌配偶照顾者健康相关生活质量的调查研究 被引量:1 2016年 [目的]评估前列腺癌配偶照顾者的生活质量和心理状况。[方法]采用描述性研究设计,运用SF-12生命质量量表(SF-12)和医院焦虑及抑郁量表(HADS)对46名新被诊断为前列腺癌病人的配偶照顾者进行调查评估。[结果]配偶照顾者生活质量SF-12量表中躯体健康总评(PCS)评分为59.80分±21.82分,精神健康总评(MCS)评分为60.07分±19.18分,均较健康人群PCS与MCS评分高,差异均有统计学意义(P<0.05,P<0.01);医院焦虑及抑郁量表(HADS)调查数据显示45.65%的配偶照顾者存在不同程度焦虑;39.13%存在不同程度的抑郁。[结论]配偶照顾者的生活质量与健康人群相比暂未发生明显改变,但部分存在负性情绪,医护人员在护理病人的同时应考虑到其配偶照顾者的心理特点,对配偶同时进行心理调适和指导性干预,预防及减轻随疾病发展和治疗所带来的对其生活质量与心理的不良影响。 周馨 何薇 鲍希平 孟玲珍关键词:前列腺癌 生活质量 心理状况