胡焕
- 作品数：6 被引量：1H指数：1
- 供职机构：云南民族大学电气信息工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省应用基础研究基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 不同转录率下真核模式生物核小体位置研究
- 2016年
- 真核生物中核小体的位置在不同转录率基因上是不同的.我们通过对热冲击前后酵母核小体位置实验数据、酵母转录率数据进行统计分析和比较后,发现在压力环境下,敏感上表达基因中的高转录水平基因与敏感下表达基因中低转录水平基因上的核小体位置趋于平衡位置,而非敏感基因中的高转录基因通常处于趋向远离平衡位置状态.
- 魏恨恨丰继华胡焕周晓雯李泽华
- 关键词：热冲击转录水平
- ISW2缺失下基因功能对核小体定位影响的研究
- 2015年
- 为研究染色质重塑因子对核小体定位的影响以及ISW2缺失情况下基因功能对核小体形成的作用,本文分别对ISW2敲除、野生型(WT)及富营养培养条件下(YPD)三种酵母核小体占位率数据进行聚类、比较、分析后发现,在ISW2缺失情况下核小体的位置远离TSS,同时发现11种基因功能对核小体的定位产生了显著影响。
- 胡焕丰继华魏恨恨周晓雯李泽华
- 关键词：核小体定位野生型
- 3种条件下基因功能对核小体定位影响的研究
- 2017年
- 为研究基因功能对核小体定位的影响,本研究对ISW2敲除型、野生型(WT)和富营养培养条件下(YPD)的酵母核小体占位率的实验数据进行聚类、比较、分析后,发现有9种基因功能对核小体的定位产生了显著影响,为今后进一步了解基因功能与核小体定位的关系提供了一定的参考价值。
- 周晓雯胡焕丰继华李泽华陈静于华峥
- 关键词：核小体定位野生型
- 酵母基因组组蛋白修饰之间相关性的研究被引量：1
- 2015年
- 我们在对染色质修饰作用进行研究的过程中,发现以往的研究只关注化学修饰间的线性关系,而对于非线性关系未充分重视。为此,我们对Pokholok等(2005)人测出的酵母组蛋白甲基化修饰与乙酰化修饰数据进行了插值处理,得到了16种全基因组组蛋白修饰数据。然后对每组修饰数据在TSS位点上、下游各取1 000 bp进行对齐、平均、平滑和归一化处理。我们发现,根据酵母基因转录水平数据,可将组蛋白修饰数据分为两大类:一类是转录增强修饰群体,一类是转录抑制或转录无关修饰群体。为了揭示不同转录活性基因上修饰间的复杂关系,我们分别利用Pearson相关分析法和Reshef等(2011)人提出的MINE算法得到了以上修饰之间的相关性。最后对该结果进行分析,得到了修饰之间的一些非线性关系,同时发现同群体间修饰的关联性更强。
- 陈攀峰丰继华单增辉魏恨恨胡焕
- 关键词：组蛋白修饰
- 基于DNA弯曲度的H2A.Z核小体定位与修饰研究
- 2015年
- 在真核生物染色质中,H2A.Z是高度保守的组蛋白变异体,与转录调控、基因组的稳定性密切相关。为了探讨组蛋白修饰、DNA弯曲度与H2A.Z核小体定位三者之间的关联,在得到实验所测的相关数据后,利用MINE算法并结合皮尔逊相关系数在酵母全基因组的转录起始位点周围探讨了三者间的线性与非线性关系。其中MIC算法可以定量的得出数据之间关联度大小的值,用于衡量数据之间是否存在着关联,而皮尔逊相关系数则用于检查是否为线性关联。结果除了发现大部分组蛋白修饰种类和核小体定位之间存在着线性关联外,还探测到有两种组蛋白修饰数据(H4ac修饰与GCN4修饰)和核小体定位数据之间存在着以往未发现的非线性关系(大致呈正余弦函数),并从数据的生物背景(组蛋白修饰与核小体位置)上探讨了出现非线性现象的原因。
- 单增辉丰继华陈攀峰魏恨恨胡焕
- 关键词：修饰核小体
- 压力条件下真核模式生物核小体移动模式研究
- 2015年
- 细胞在面对外界压力(热冲击)时会通过重塑核小体以应对环境变化。本文通过对热冲击前后酵母核小体位置实验数据、体外实验数据进行统计、比较、分析后,发现在没有任何生理扰动下,核小体的定位跟其DNA偏好性有关。但在环境压力下,对热冲击敏感的上表达基因上的核小体位置呈现出一种发散模式,而下表达基因上的核小体位置则呈现一种收敛模式,此外,保守基因上的核小体位置几乎不发生移动。总体上,在热冲击下处于基础表达状态的基因则呈现出一种弱收敛模式。
- 魏恨恨丰继华胡焕周晓雯李泽华
- 关键词：热冲击
