陈园园
- 作品数：11 被引量：16H指数：3
- 供职机构：云南农业大学动物科学技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省教育厅科学研究基金云南省应用基础研究计划面上项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 猪-人异种移植相关基因CMAH的克隆、表达及功能生物信息学分析被引量：1
- 2018年
- 【目的】研究版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)CMAH基因特性,探索该基因在猪-人异种器官移植免疫排斥中的作用。【方法】采用实时荧光定量PCR技术检测BMI 27个重要组织的CMAH m RNA表达水平,采用Western blot检测BMI在9个组织中的CMAH蛋白表达特征,并对CMAH编码的氨基酸进行生物信息学预测,分析CMAH蛋白质的功能。【结果】扩增得到BMI CMAH编码区序列长1 734 bp,编码577个氨基酸,序列已提交Gen Bank,基因登录号KM098147,对应的氨基酸登录号AIS36193。多组织相对荧光定量表达分析表明CMAH基因在颌下腺、脾及舌下腺中呈相对高表达水平,在其他组织中呈相对中、低表达水平。Western Blot分析表明CMAH蛋白在除脊髓和大脑外的其他组织都有表达。功能生物信息学分析表明CMAH蛋白质包含Rieske和Ula G保守结构域,二级结构以α螺旋为主,N末端亲水,C末端疏水,有6类功能活性位点。【结论】明确了CMAH基因的结构以及在多种组织中差异化表达情况,为深入研究其在异种器官移植方面的功能积累了基础资料。
- 张霞秦彩艳霍海龙王淑燕王配潘伟荣张永云陈园园霍金龙
- 关键词：免疫排斥生物信息学
- 版纳微型猪近交系猪-人异种器官移植免疫排斥相关基因CMAH的克隆、表达及功能分析
- 引言:'版纳微型猪近交系(Banna Mini-pig Inbred Line,BMI)'是世界上第一个大型哺乳类实验动物近交系,个体间差异性小、均一性好,遗传稳定,基因污染和遗传漂变几率小,为猪-人异种器官移植提供了适...
- 秦彩艳陈园园王配王淑燕霍金龙
- 版纳微型猪近交系白细胞介素6基因克隆、生物信息学及组织表达分析被引量：1
- 2015年
- 白细胞介素6(IL-6)是机体重要的免疫调节因子,在佐剂的应用方面具有很好的发展前景。本研究以版纳微型猪近交系(BMI)为实验动物,通过PCR法获得IL-6基因编码区序列,提交GenBank数据库,登录号为JQ839263。对BMI IL-6基因和相应的蛋白序列进行了生物信息学分析,结果显示该基因编码212个氨基酸,分子质量为23.88ku,等电点(pI)为6.66,存在一个保守结构域,一个跨膜结构,N端和C端均疏水,且在N端存在信号肽,有89%的可能性定位于细胞核。将BMI的IL-6基因编码区序列与NCBI下载到的4条猪IL-6基因序列进行比对,结果显示BMI IL-6与GenBank登录号为NM_214399和DQ832259的核苷酸序列完全相同,与GenBank登录号为AF309651和AF518322的核苷酸序列各存在1处碱基差异;多物种氨基酸序列比对及系统进化分析结果表明,BMI与骆驼亲缘关系最近。同时利用半定量PCR法确定了IL-6基因mRNA在BMI 12个组织中的表达量,结果发现在肺脏、皮肤、肌肉中表达量较高。本研究为进一步研究猪IL-6基因的表达调控奠定了理论基础。
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- 关键词：白细胞介素6免疫调节基因克隆
- 版纳微型猪近交系LRWD1基因克隆及功能生物信息学分析
- 2017年
- LRWD1基因在精子形成过程中起重要作用。从Gen Bank下载猪及近缘物种的LRWD1 mRNA序列作为参考序列,设计特异引物扩增版纳微型猪近交系(BMI)LRWD1基因。对蛋白质序列进行功能生物信息学分析,构建多物种系统进化树。研究获得了BMI LRWD1 1 944 bp的编码区序列(Gen Bank登录号:KU705639,对应的氨基酸登录号:AOC89057),编码647个氨基酸,蛋白质分子量(Mw)为71.40 k D,等电点(p I)为7.52。功能生物信息学分析表明LRWD1蛋白质存在2个保守结构域,无跨膜结构,无信号肽序列;N末端和C末端均疏水;有6类功能活性位点,位于细胞质的概率是70.6%。系统进化分析表明,BMI与狗、大熊猫的亲缘关系最近。研究结果将为进一步研究LRWD1基因在猪精子发生方面的作用及功能奠定基础。
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- 关键词：生物信息学
- 猪α干扰素基因克隆、进化及表达特性分析被引量：4
- 2015年
- 为深入研究α干扰素在猪体内的调节和功能,本研究以猪为实验动物,通过RT-PCR扩增得到α干扰素基因全长编码区序列,提交Gen Bank数据库,获得登录号为"JQ839262"。生物信息学分析显示,该基因编码189个氨基酸,预测蛋白分子量为21.32 ku,等电点为6.37。蛋白质结构分析得出,IFN-α存在1个保守域,无跨膜结构,存在信号肽。疏水性分析显示其N端疏水,C端亲水。亚细胞定位显示,该蛋白分泌到细胞周质的概率为92.2%。系统进化分析表明,猪与牛、山羊的亲缘关系较近。同时通过荧光定量PCR法检测了α干扰素基因mRNA在猪13个组织中的表达量,发现在皮肤、肺、肌肉、心、脾中表达量较高。本研究为进一步研究猪α干扰素基因的表达调控奠定研究基础。
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- 关键词：荧光定量PCR
- 版纳微型猪近交系RNF4基因克隆、多组织qPCR表达及功能生物信息学分析被引量：4
- 2017年
- RNF4基因调节精细胞分化和增殖过程,文章以Gen Bank下载的猪及近缘物种RNF4 mRNA序列为参考序列,设计特异引物扩增版纳微型猪近交系(BMI)RNF4基因。应用qPCR分析15个重要组织mRNA表达谱,并对蛋白质序列作功能生物信息学分析,构建多物种系统进化树。研究获得BMI RNF4 573 bp编码区序列(Gen Bank登录号:KU705638,对应氨基酸登录号:AOC89056),编码190个氨基酸,蛋白质分子质量(Mw)为21.43 ku,等电点(pI)为6.95。多组织荧光定量表达分析表明RNF4基因在尿道球腺、睾丸、肝、肺中高水平表达;在其他11个组织中呈中低水平表达。功能生物信息学分析表明RNF4蛋白质存在1个保守结构域,无跨膜结构,无信号肽序列;N末端疏水,C末端疏水;有4类功能活性位点,位于细胞核概率为94.1%。系统进化分析表明,BMI与狗亲缘关系最近。结果为研究RNF4基因在猪精细胞分化和增殖方面作用奠定基础。
- 张霞曾日彬霍金龙王配陈园园王淑燕
- 关键词：生物信息学
- 版纳微型猪近交系不育和可育公猪CRISP2基因全长编码区序列克隆及睾丸差异表达分析被引量：3
- 2015年
- CRISP2作为弱精子症发生的重要候选基因,为深入研究CRISP2与精子活力的关系及其在体内的调节与功能提供基础资料,本研究以版纳微型猪近交系(BMI)不育和可育公猪为试验动物,通过RT-PCR方法扩增得到CRISP2基因全长编码区序列,不育和可育公猪序列无差异,提交Gen Bank数据库,获得登录号为"KP780059"。生物信息学分析显示,该基因编码244个氨基酸,蛋白分子量为27.05 ku,等电点为6.76。蛋白质结构分析得出,CRISP2存在2个保守域,无跨膜结构,存在信号肽及1个亮氨酸富集的核输出信号,N端、C端均疏水;亚细胞定位显示该蛋白分泌到细胞周质的概率为94.1%。系统进化分析表明,猪与牛、绵羊的亲缘关系较近。同时,利用荧光定量PCR法确定了CRISP2 mRNA在BMI不育及可育公猪14个组织中的表达量,发现其在睾丸中特异表达,CRISP2基因在不育公猪睾丸中的表达量明显低于可育公猪,两组之间的表达量有显著的统计学差异(P<0.05),表明CRISP2表达的减少可能导致精子活力下降。本研究为进一步研究猪CRISP2基因在精子发生方面的作用奠定研究基础。
- 陈园园潘伟荣霍金龙王淑燕王配查星琴曾养志
- 关键词：精子发生
- 版纳微型猪近交系PPARD基因克隆及95G/A突变检测
- 2015年
- 为深入研究PPARD在猪体内的调节和功能,以版纳微型猪近交系(BMI)为试验动物,通过RT-PCR方法扩增得到PPARD基因全长编码区序列,在编码区第95位检测到A/G两种核苷酸(GenBank登录号:KP757025、KP757026)。结果表明,该基因编码462个氨基酸,蛋白分子量为49.74kD,等电点为7.53。蛋白质结构分析PPARD存在2个保守域,无跨膜结构,不存在信号肽,存在1个亮氨酸富集的核输出信号,其N端、C端均亲水;亚细胞定位显示该蛋白分泌到细胞周质的概率为69.6%。系统进化分析表明猪与牛、犬的亲缘关系较近。利用qPCR检测了PPARD基因mRNA在BMI 14个组织中的表达量,发现在肝脏、耳朵、脾脏、小肠中表达量较高。
- 陈园园王配霍金龙王淑燕潘伟荣施晨程霞曾养志
- 关键词：基因克隆荧光定量PCR生物信息学分析
- 版纳微型猪近交系雄性不育相关基因CRISP2的克隆和表达分析
- 引言:'版纳微型猪近交系(Banna Mini-pigInbred Line,BMI)'是利用我国特有地方猪种资源,采用连续高度近交加严格选择的科学方法,培育成功的世界上第一个大型哺乳类实验动物近交系,是理想的大动物实验...
- 陈园园霍金龙王淑燕王配曾养志
- 版纳微型猪近交系免疫排斥相关基因B4GALNT2的克隆、表达及功能生物信息学分析被引量：2
- 2019年
- 为探讨B4GALNT2基因在异种器官移植排斥反应中的作用,以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line, BMI)为试验动物,研究BMI B4GALNT2基因的序列、结构和表达等特性。通过RT-PCR方法从扁桃体组织中获得B4GALNT2基因cDNA序列,先后应用qPCR和Western Blotting分别检测其mRNA及蛋白质在多种组织中的表达情况,并对蛋白质结构特征进行相关生物信息学分析。获得BMI B4GALNT2 CDS序列1 509 bp,编码502个氨基酸(GenBank核酸登录号:KU358546;蛋白质登录号:ANH21179.1),功能生物信息学分析显示该蛋白含有半乳糖转移酶结构域,有一个跨膜结构,无信号肽。荧光定量结果显示其mRNA在扁桃体、脾脏和淋巴结等重要免疫组织中相对高表达,Western Blotting结果同样显示BMI B4GALNT2蛋白在扁桃体等免疫组织中相对高表达。明确了B4GALNT2基因在BMI多组织中的表达情况,以及B4GALNT2蛋白质的基本结构和功能特征,为进一步深入探究B4GALNT2基因在猪-人异种移植免疫排斥方面的分子机制奠定基础。
- 宋雪王淑燕陈园园王配霍海龙张霞霍金龙
- 关键词：免疫排斥异种移植生物信息学分析
