杨文涛
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
- 供职机构：中国科学院水生生物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国际科技合作与交流专项项目更多>>
- 相关领域：生物学农业科学环境科学与工程更多>>
- 四膜虫功能基因组数据库增量更新2016:生活史和减数分裂转录组及磷酸化蛋白组资源建设被引量：2
- 2016年
- 原生动物嗜热四膜虫是一种优良单细胞真核模式生物,以其作为研究对象在基础生物学领域的研究已经取得了一系列突破性的成果。2006年,其大核基因组测序完成并发表,标志着四膜虫的研究进入了功能基因组时代。2013年基于基因芯片、基因网络和转录组数据,我们构建了四膜虫功能基因组数据库,其目前已成为模式生物嗜热四膜虫研究的两个重要数据库之一。在过去几年里,随着对四膜虫功能基因组学研究的深入,相关组学数据也实现了一定积累,对这些数据的整合也非常迫切。基于此,我们对四膜虫功能基因组数据库进行了增量更新。更新内容主要包括三个方面:(1)四膜虫生活史不同时期转录组数据;(2)四膜虫接合生殖减数分裂过程转录组数据;(3)磷酸化蛋白组数据。此次增量更新进一步提升和完善了四膜虫功能基因组数据库的内容和功能,对以四膜虫为对象的相关研究工作具有重要作用。
- 杨文涛张晶闫冠雄田苗袁冬霞缪炜曾宏辉熊杰
- 关键词：四膜虫
- 原生动物柯立斯四膜虫(Tetrahymena corlissi)超高砷耐受性的分子机制研究
- 2016年
- 以原生动物柯立斯四膜虫(Tetrahymena corlissi)为实验对象,通过流式细胞仪测定细胞密度分析四膜虫相对生长率,得到砷暴露下T.corlissi 24 h的半数效应浓度(EC50)为110.7μg/m L,是梨形四膜虫(T.pyriformis)的3倍;在克隆到T.corlissi砷甲基转移酶(Ars M)基因的基础上,RT-PCR结果显示,该基因在砷暴露下表达;利用高效液相色谱-电感耦合等离子体质谱仪(HPLC-ICP-MS)联用方法对细胞内砷形态的检测显示,野生型T.corlissi具有比T.pyriformis强数倍的甲基化砷的能力,Ars M基因敲除的T.corlissi失去了甲基化砷的能力,从而推测T.corlissi的Ars M具有高效甲基化砷的能力,是其具有超高的砷耐受性的分子基础.
- 韦薇袁冬霞杨文涛张晶陈瑛缪炜
- 关键词：砷四膜虫
- 一株养殖大菱鲆体表溶血性蜡状芽胞杆菌的分离鉴定及基因组分析被引量：1
- 2016年
- 蜡状芽孢杆菌是能产生孢子的革兰氏阳性菌,广泛分布于水体和土壤中,因能引起食物中毒而广为人知。本研究中,从养殖大菱鲆体表分离到一株溶血性细菌,经形态学鉴定和系统发育学分析,鉴定为蜡状芽孢杆菌。根据分离的时间和地点,这株溶血性的菌株被命名为蜡状芽孢杆菌WH2015。溶血试验证实WH2015菌株能够裂解羊红细胞。对蜡状芽孢杆菌WH2015基因组测序和分析的结果显示其基因组大小为5.8 Mb,平均G+C含量为35%,有6 568个基因。与其它蜡状芽孢杆菌株系进行比较基因组分析显示,WH2015菌株基因组几乎拥有所有的核心溶血性基因,提示其溶血机理与其它报导过蜡状芽孢杆菌株系的溶血机理相似。本研究在分离鉴定养殖大菱鲆体表溶血性蜡状芽胞杆菌WH2015的基础上,对其基因组进行了测序和分析并鉴定了其所具有的致病性基因和毒力因子,帮助我们理解由蜡状芽孢杆菌引起的养殖大菱鲆疾病,以及为其防治措施的实施和疾病的治疗提供可靠的理论基础。
- 程俊杨文涛袁冬霞缪炜熊杰鲁义善
- 关键词：溶血反应基因组
