邱源
- 作品数：10 被引量：26H指数：3
- 供职机构：中国动物卫生与流行病学中心更多>>
- 发文基金：国家科技基础性工作专项更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 高通量测序技术检测鸽群中病毒感染状况被引量：4
- 2018年
- 为了解我国鸽子病毒感染状况,采用高通量测序方法,对华东地区肉鸽携带的病原进行了检测,共检测到5种主要感染病原,包括禽轮状病毒、鸽圆环病毒、鸽星状病毒、鸽冠状病毒和鸽微RNA病毒B。除鸽圆环病毒外,其余4种病毒均在我国鸽群中首次被发现。该检测结果对我国的鸽群疫病监测和防控具有重要意义,同时证实高通量技术能够检测出动物群体中的主要感染病原,是动物疫病检测的新思路,有利于全面掌握动物病原感染状况,及时预警、处置和防控动物疫病的发生。
- 王楷宬庄青叶邱源刘朔王素春彭程
- 关键词：高通量测序鸽群
- 高通量测序分析20株禽流感病毒全基因被引量：1
- 2016年
- 为探索使用高通量测序测定和分析禽流感病毒全基因的方法,使用Ion Torrent PGM测序仪对20株自华东地区分离的禽流感病毒进行全基因测序,分析该方法的优缺点,以及此20株病毒的基因组特性和进化特征。结果显示,应用Ion Torrent PGM测序仪能够测出全部20株病毒的全基因,确定其均为H9亚型h9.4.2.5分支的低致病性毒株,NA基因均为N2亚型,并分析了其6个内部基因分子演化关系。说明高通量测序可用于禽流感病毒全基因分析。
- 王楷宬庄青叶张笑春邱源王通侯广宇刘朔王素春
- 关键词：高通量测序禽流感全基因
- G群轮状病毒鸽群分离株的全基因分析被引量：1
- 2018年
- 为分析鸽轮状病毒中国分离株的特性,采用高通量测序方法,测定从山东省青岛市某活禽交易市场采集的肉鸽粪便样品中分离的轮状病毒基因组,并对其进行特性分析与比较基因组研究。结果显示,G群轮状病毒鸽群分离株全基因包含11个节段,总长度为17 803 bp,具有与其他轮状病毒相似的结构和基因顺序。与24株轮状病毒代表性毒株的VP6氨基酸序列进化分析结果,以及其他5个结构蛋白氨基酸序列遗传进化分析结果均证实,该病毒属G群轮状病毒。该毒株与2011年从香港鸽群中分离的G群轮状病毒同源性最高,但衣壳糖蛋白VP7的氨基酸序列同源性仅为71.7%,抗原性存在较大差异。
- 王楷宬王素春庄青叶邱源侯广宇
- 关键词：轮状病毒基因组高通量测序
- 高通量测序分析1株H7N9流感病毒的全基因被引量：3
- 2016年
- 为探索利用高通量测序开展H7N9亚型流感的监测、全基因分析和溯源研究的方法,使用Ion Torrent PGM测序仪对1株H7N9流感病毒进行了全基因测序,分析了此毒株的基因组特性和进化特征。结果显示,该毒株与2013年引起我国华东地区疫情的H7N9流感毒株的亲缘关系较近;纵观在不同年代和地点分离的H7N9流感病毒的6个内部基因,2013年疫情之前和之后的H7N9流感病毒存在明显差异。
- 王楷宬邱源庄青叶张笑春王通陈继明
- 关键词：高通量测序基因组
- 甲型流感病毒快速分型与分析软件的开发与试用
- 2016年
- 甲型流感病毒危害动物和人类健康,其亚型多、突变率高、易发生重配,因此对其进行检测及流行毒株基因分析尤为重要。为解决传统方法进行大量甲型流感病毒序列分型和分析时存在的费工耗时、人为错误多等问题,结合实际工作需要,使用Perl语言建立了一套lunix系统下的甲型流感病毒快速分型与分析软件,并试用其对Gen Bank中所有宿主为鸭的甲型流感病毒进行了分析。结果显示,该软件可在较短的时间内完成大量序列的分析、分型和遗传进化研究,可用于甲型流感病毒的大规模流行病学调查分析。
- 王楷宬王通庄青叶邱源彭程王素春陈继明
- 关键词：甲型流感病毒基因分析遗传进化
- 临床样本中水貂嵌杯病毒的全基因组分析
- 2018年
- 为分析水貂嵌杯病毒中国株的特性,采用高通量测序方法测定青岛某养殖场检测的水貂嵌杯病毒的基因组,并对其进行特性分析与比较基因组研究。结果显示,该病毒全基因大小为8 427bp,具有与其他嵌杯病毒相似的结构和基因顺序,5′端具有帽子结构,3′端具有A尾,其与19株代表性毒株的全基因组和衣壳蛋白氨基酸序列同源性分析都证实该病毒与我国2011年报道的水貂嵌杯病毒同源性高,BLAST进一步确认该病毒不属水貂肠道嵌杯病毒,分析结果也对了解嵌杯病毒中各种未分属病毒的分类提供参考。
- 王楷宬庄青叶邱源王素春侯广宇
- 关键词：基因组高通量测序
- 通用引物扩增甲型流感病毒基因组及其高通量测序被引量：3
- 2017年
- 为探索使用高通量测序方法测定甲型流感病毒的基因组,设计了一对通用引物进行甲型流感病毒全基因组的RT-PCR扩增,并分析了该方法的敏感性。结果显示,该方法能够扩增的甲型流感病毒多种亚型的全部8个节段的基因,其扩增敏感性为100 pg RNA。
- 王楷宬邱源纪海旺彭程庄青叶王通王素春于建敏许荣强陈继明
- 关键词：甲型流感病毒通用引物基因组高通量测序
- 2017年2月我国东部四省份家禽H7N9流感横断面调查被引量：7
- 2017年
- 为了解现阶段我国家禽中H7N9病毒感染状况,2017年2月在我国东部4个省份的123个场点进行了H7N9流感流行病学调查。结果显示:H7N9病毒的样品总阳性率为2.48%,其中活禽市场的阳性率与往年监测数据相比出现上升;阳性场点范围较大,涵盖了养殖场、屠宰场和市场等多个区域;鸭类样品中的H7N9病毒阳性率高于往年,为1.89%。HA序列分析结果显示,此次调查中检出的H7N9病毒均为低致病性病毒。这些数据为今后全面了解我国家禽中的H7N9病毒感染现状和制定有关防控措施提供了技术支持。
- 王灏李金平侯广宇王素春彭程庄青叶刘朔于建敏王楷宬邱源费荣梅陈继明蒋文明
- 关键词：家禽流感病毒流行病学
- 水貂冠状病毒中国分离株全基因序列测定及分析被引量：7
- 2017年
- 为分析水貂冠状病毒中国分离株的遗传特征,采用高通量测序方法测定从山东省青岛市某养殖场分离的水貂冠状病毒基因组,首次报道了水貂冠状病毒中国分离株的全基因序列,并对其进行特性分析与比较基因组研究。结果显示:该病毒全基因组大小为28924 bp,具有与其他冠状病毒相似的基因组结构和基因顺序;5′端具有帽子结构,3′端具有poly(A)尾。该分离株与19株代表性毒株的全基因组和N基因进化和同源性分析都证实,该分离株与美国分离株的同源性较高,与其余2株水貂冠状病毒和2株雪貂冠状病毒同属于冠状病毒的一个新种。
- 王楷宬庄青叶邱源侯广宇
- 关键词：中国分离株基因组分析高通量测序
- 星状病毒鸽群分离株的全基因分析被引量：1
- 2018年
- 为分析鸽星状病毒中国分离株的特性,采用高通量测序方法,测定从山东省青岛市某活禽市场分离的鸽星状病毒基因组,并对其进行特性分析与比较基因组研究。结果显示:该病毒全基因大小为6 872 bp,具有与其他星状病毒相似的结构和基因顺序;5'端有一段非编码区,3'端为聚A尾。与15株代表性毒株的全基因组和衣壳蛋白氨基酸序列同源性分析证实,该病毒与挪威2003年分离的鸽星状病毒同源性高,属于GroupⅠ基因群禽星状病毒,而与我国2011年报道的鸽星状病毒存在差异。分析结果表明,我国鸽群中的星状病毒较为多样。
- 王楷宬王素春庄青叶邱源
- 关键词：基因组高通量测序
