赵金城
- 作品数：22 被引量：112H指数：7
- 供职机构：大连大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划辽宁省自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术理学医药卫生水利工程更多>>
- 计算机辅助直接药物分子设计被引量：8
- 2002年
- 由于分子生物学、生物信息学、多维核磁共振、X射线晶体图形学、同步辐射源 等的应用,大大提高了测定蛋白质大分子的三维结构的能力,创新药物的模式正在由盲目 地随机筛选,朝着基于靶标结构合理药物设计方向发展,并且已经取得很大成就.
- 赵金城王庆莉毕秀玲
- 关键词：生物工程分子生物学生物信息学
- 三维网格自适应有限元计算及在拱坝分析中应用前景
- 1996年
- 设计了一种三维有限元网格自适应局部细分的算法及数据管理系统,利用较简单的有限元误差估计方法对计算结果进行分析,建立了空间8节点等参单元网格自适应局部细分程序,通过对典型算例的计算表明,本方法可有效提高计算精度和计算效率。
- 姜峰赵金城
- 关键词：数据管理系统
- 计算机辅助药物分子对接并行演化设计被引量：7
- 2005年
- 对分子对接理论作了简单介绍 ,建立了一个基于柔性配体分子与刚性受体分子对接的数学规划模型 ,将分子对接中的构象优化搜索转化为求解约束极小化问题的过程 ,并采用带有空间收缩的多种群并行遗传算法进行求解 在分布式存储的并行机曙光 30 0 0上模拟计算表明 ,该设计具有很高的并行加速比 ,在保证分子对接的准确性和有效性的前提下 。
- 李纯莲王希诚赵金城
- 关键词：分子对接结合位点遗传算法信息熵并行计算
- 药物分子对接中的构象搜索策略被引量：6
- 2004年
- 药物分子对接设计是大规模数据库筛选的理想途径。本文在介绍分子对接理论的基础上,建立了一个数学规划模型,将分子对接中的构象搜索转化为约束极小化问题,并采用带有空间收缩的小种群遗传算法进行求解。在遗传算法中还引入了信息熵的概念,用熵控制各种群搜索空间的收缩。本方法用种群的多样性避免了遗传进化的早熟现象,以空间收缩尺度作为停机判据,有效地控制了算法的收敛。在多种群进化机制上,采用小种群策略,极大程度地减少了计算量,提高了分子对接的效率。实例表明本方法适用于药物分子对接设计。
- 李纯莲王希诚赵金城
- 关键词：遗传算法信息熵计算机辅助药物设计
- 基于Gurtin变分原理的非时间步参数逐步积分法被引量：6
- 2000年
- 本文基于位移型Gurtin变分原理，对时间域进行离散时，采用具有非时间步参数的插值函数逼近广义节点位移，给出了一种新的计算弹性动力学初值问题的非时间步参数逐步积分法。这是一种无条件稳定的计算格式。算例表明，本文方法具有计算方法简便、实用以及精度较高的特点。
- 刘铁林吕和祥赵金城
- 关键词：变分原理弹性动力学
- 一种基于信息熵的多种群遗传算法被引量：28
- 2004年
- 通过模型变换建立了一种约束优化的演化设计模型,并构造出求解此模型的多种群空间收缩遗传算法.利用最优解在各种群中的存在概率将信息熵概念引入进化过程,构造出一种含有熵的多目标优化模型,利用该模型可以直接显式地给出作为拉格朗日乘子的种群最优解存在概率,从而得出多种群遗传操作的空间收缩因子,控制各种群寻优搜索时解空间的收缩.用种群的多样性避免遗传进化的早熟现象,以空间收缩尺度作为停机判据,有效地控制了算法的收敛.数值算例显示,熵的介入使随机搜索类进化算法的寻优目的性大为增强,从而提高了演化设计的计算效率.
- 李纯莲王希诚赵金城武金瑛
- 关键词：信息熵拉格朗日乘子
- 三维非线性结构动力响应的理论分析和数值计算方法
- 赵金城王列东
- 关键词：结构动力分析有限元法
- 基于位移型Gurtin变分原理计算动力响应的逐步积分法被引量：11
- 1999年
- 本文利用位移型Ｇｕｒｔｉｎ变分原理，在时间域上采用三次Ｈｅｒｍｉｔｅ插值函数进行离散，给出了一种计算结构动力响应的逐步积分方法。通过稳定性分析研究了该方法的稳定区情况表明，当１．６４≤θ≤２．０８时，该方法的数值计算精度很高，但是条件稳定积分格式。当θ≥４．１时，该方法是无条件稳定的积分格式，精度较高。
- 刘铁林吕和祥赵金城
- 关键词：变分原理动力响应稳定性弹性动力学
- 基于浮点数编码的信息熵控制多种群遗传算法被引量：2
- 2004年
- 在用准精确惩罚函数处理约束优化问题的基础上 ,提出一种基于浮点数编码机制的信息熵控制多种群遗传算法。通过在遗传设计中定义一个新的概率而引入信息熵概念 ,构造出一个信息熵优化模型。该模型不必完全求解 ,即可容易求出作为概率的拉格朗日乘子 ,得出空间收缩概率 ,控制各种群中解空间的收缩。信息熵的介入可使优化过程更加平稳 ,收敛更快。同时 ,该算法给出了一种科学而有效的遗传设计收敛判据。实例证明该文算法在求解约束优化问题时快速。
- 李纯莲王希诚赵金城
- 关键词：遗传算法信息熵
- 多序列渐进式比对算法研究与比较被引量：3
- 2005年
- 多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着重要的应用。以ClustalW为代表的渐进式多序列比对算法在这个领域取得了很大的成功,成为应用最为广泛的多序列比对程序。但其固有的缺陷阻碍了比对精度的进一步提高,近年来出现了许多渐进式比对算法的改进算法,并取得良好的效果。本文选取了其中比较有代表性的几种算法对其基本比对思想予以描述,并且利用多序列比对程序平台BAliBASE和仿真程序ROSE对它们的精度和速度分别进行了比较和评价。
- 谷俊峰王希诚赵金城
- 关键词：多序列比对序列比对算法生物信息学进化分析ROSE仿真程序
