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赵亚伟
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1
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供职机构:
中国科学院高能物理研究所
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发文基金:
国家自然科学基金
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相关领域:
理学
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合作作者
赵宏康
北京理工大学物理学院
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2016
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自组装小肽RADA16-1的构象研究
2016年
研究自组装小肽RADA16-1的稳定构象具有一定挑战性,为了解决这个问题,分别利用经典分子动力学(MD)模拟方法和温度副本交换分子动力学(REMD)模拟方法进行对比研究.采用CHARMM力场参数,研究小肽RADA16-1在生理温度310 K左右的稳定构象.其中利用REMD完成26 ns时长水溶性小肽RADA16-1的模拟,利用MD完成3次160 ns时长小肽的模拟.之后,对比分析了RADA16-1小肽能量、氢键、回转半径(RGYR)和溶剂可及表面积(SASA)的变化特征.通过模拟结果的对比,发现REMD计算较MD计算能够使用更少的计算量搜索到相对明确的稳定构象信息,从而通过对能量、氢键、RGYR和SASA的结果分析,确定疏水作用和氢键相互作用共同稳定小肽的空间构象.
邹常玲
赵亚伟
刘金珂
赵宏康
赵丽娜
关键词:
分子动力学
构象稳定性
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