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面向疾病分类的人类互作网络拓扑模块的功能同质性分析被引量：1: 2016年; 鉴于网络医学中尚未有对疾病分类与功能蛋白模块功能同质性分析之间关系的研究,展开以下研究工作:首先,利用Mesh、String9等数据库中的数据构建了基因关系网络;其次,采用基于优化模块度的模块划分方法(如BGLL、非负矩阵分解(NMF)等聚类算法)对基因关系网络进行了划分;再次,对划分出来的模块进行了GO富集分析,通过对高致病拓扑模块和低致病拓扑模块的GO富集分析的比较,发现了疾病分类和蛋白模块功能特性在生物过程、细胞组分、分子功能等方面存在重要的生物学提示;最后,分析了疾病分类的拓扑模块的功能特性,通过对网络拓扑性质如平均度、密度、平均最短路径长度等方面的分析得到了各模块的功能特点数据,进一步揭示了疾病分类和功能模块之间的相关关系。; 高盼盼王宁周雪忠刘光明王惠欣; 关键词：网络医学疾病分类 MESH

融合蛋白质复合体的人类蛋白互作网络功能模块发现被引量：1: 2016年; 人类蛋白互作网络中功能模块的检测是目前网络医学研究的一个热点问题。好的功能模块可以帮助我们更好地去理解和认识蛋白质相互作用的分子机理。近年来的一些研究大多数是基于复杂网络中的拓扑模块发现算法对蛋白质相互作用网络进行模块划分，然后对其进行生物学上的功能研究。由于PPI网络中的蛋白之间相互作用的数据获取的不完整，相关研究表明目前人类只获得了人类蛋白之间相互作用数据的10％～20％，其中已经获取的数据中还包含着一些噪声，这就导致基于拓扑结构的社团检测算法的精度降低。为了克服这个问题，本文将蛋白质复合体数据融入到模块检测算法中，分别使用K-Means和NMF算法对PPI网络进行模块划分，然后从基因本体和通路2个方面对检测到的模块进行功能分析。实验结果表明融合了蛋白质复合体的PPI网络更容易得到具有生物学意义的功能模块。; 刘光明杨柳高盼盼王邦军周雪忠于剑; 关键词：蛋白质相互作用网络蛋白质复合体功能模块基因本体通路

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高盼盼