王忠明
- 作品数：4 被引量：26H指数：4
- 供职机构：中国科学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国科学院知识创新工程重要方向项目教育部重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：天文地球生物学更多>>
- 舌鳎亚科Cynoglossinae鱼类基于COI条形码的系统发育关系被引量：5
- 2013年
- 以线粒体细胞色素氧化酶辅酶I(COI)条形码为分子标记,利用最大似然法和贝叶斯推断构建了分子系统发育树,对鲽形目Pleuronectiformes舌鳎亚科Cynoglossinae鱼类进行系统发育分析,结果表明所研究的28种舌鳎亚科鱼类形成了单系群,然后和无线鳎亚科Symphurinae鱼类形成稳定的姐妹群关系。所有须鳎属Paraplagusia种类聚成一支,形成了舌鳎鱼类晚期一个比较特化的类群;舌鳎属Cynoglossus鱼类并没有形成一个单独的分支,分成了8个主要类群。舌鳎属的这种分支结果与按照侧线及鼻孔数目特征进行分类的结果差异较大,但是和Menon所划分的部分种组(group)的结果相近,即canariensis、heterolepis、arel、cynoglossus 4个种组的种类划分和本研究的结果基本一致,但kopsii种组的种类组成则存有较大的差异。同时,K2P遗传距离分析的结果表明,舌鳎属内的种类已分化形成了不同的类群,有些类群之间已超出了亚属级分化,因此分类关系可能被低估了。同时遗传距离分析的结果支持长吻红舌鳎Cynoglossus lighti为短吻红舌鳎C.joyneri、紫斑舌鳎C.purpureomaculatus为短吻三线舌鳎C.abbreviatus的同物异名。
- 苗宪广江金霞时伟王忠明王淑英孔晓瑜
- 关键词：鲽形目同物异名
- 大口鳒线粒体DNA控制区结构和鲽形目鱼类的系统进化初步研究被引量：5
- 2010年
- 测定大口鳒Psettodes erumei线粒体控制区全序列,并与其他7种鲽形目鱼类控制区结构进行比较分析。结果表明,大口鳒线粒体控制区全长大约1601bp,5’端和3’端分别存在56bp和8bp的串联重复序列。除此之外,其控制区结构和其他种类相似,分为终止相关序列区(TAS)、中央保守区(CSB-D、CSB-E、CSB-F)、保守序列区(CSB-1、CSB-2、CSB-3),同时在CSB-D后还识别出鲽形目保守的Poly-T结构。比较了8种鲽形目鱼类控制区全序列和去除重复序列后控制区序列的碱基组成变化,结果显示前者的种间差异明显大于后者,变异系数约是后者的两倍。这种差异主要是由于重复序列的异质性如长度及其拷贝数不同、碱基组成不同所造成的。基于控制区部分序列对鲽形目12种鱼类进行系统分析,结果显示,在鲽形目内部大口鳒分类地位最原始;鲽亚目先与鳎亚目聚在一起,后与鳒亚目聚在一起,这个结果与基于形态特征的系统关系相符。
- 张艳春孔晓瑜王忠明
- 关键词：线粒体DNA控制区鲽形目
- COⅠ和16S rRNA基因序列在鳎科(Soleidae)鱼类种类鉴定中的适用性研究被引量：12
- 2014年
- 文中探讨了线粒体COⅠ(线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ)和16S rRNA基因片段的遗传特性及其在鳎科鱼类种类鉴定和系统演化中的适用性。通过测序和下载GenBank中的相关数据,分别获得了鳎科14属24种鱼类的65个个体的COⅠ基因片段以及14属23种鱼类的62个个体的16S rRNA基因片段。从碱基组成来看,除北海牛舌鳎(Buglossidium luteum)的16S rRNA序列中A+T含量为49.8%以外,其余种类的A+T含量均高于50%。COⅠ片段的碱基变异比例(约占45.5%)略高于16S rRNA片段(约占44.3%)。序列变异程度分析表明,COⅠ基因在种内和属内种间的平均K2P遗传距离分别为0.33%和19.91%,而16S rRNA的相应值分别为0.26%和7.19%。前者种内和种间的遗传差异约为60倍(个别最小相差19倍),符合Hebert的相差10倍的物种鉴定标准;后者种内和种间的差异也有28倍(个别最小差值为5倍)。因此,COⅠ和16S rRNA序列均适用于鳎科鱼类的种类鉴定。另外,2种基因片段的遗传距离在不同分类阶元的分布上存在重叠,由于COⅠ序列的遗传距离重叠区域存在于较高的阶元之间(种间、属、科),而16S rRNA序列的重叠区域存在于较低的阶元之间(种内、种间、属)。因此,在应用这2个片段做系统演化研究时,应根据研究的不同系统水平需要选择适当的分子标记。
- 王淑英时伟江金霞苗宪广王忠明孔晓瑜
- 关键词：鳎科CORRNA物种鉴定
- 中国鹦嘴鱼科(Scaridae)鱼类的分类整理被引量：6
- 2013年
- 鹦嘴鱼科(Scaridae)鱼类是珊瑚礁生物多样性的重要组成之一,目前全世界已知鹦嘴鱼科鱼类有2亚科10属99种。文章系统总结了鹦嘴鱼科的分类历史及鹦嘴鱼科主要分类系统中科下生物类群的划分现状,检测了我国相关单位的馆藏鹦嘴鱼科鱼类标本共计387尾,包括7属30种,在此基础上对我国海域的鹦嘴鱼科鱼类进行了分类整理。通过对鹦嘴鱼标本的形态学研究,对以前在分类鉴定和命名上存在分歧的物种进行了厘定,整理后为6属22种。剔除了我国大陆地区文献记录的8属40种鹦嘴鱼科鱼类中4个属15个种之中存在的同物异名,整理后为7属29种,补充了台湾海域的种类后共计7属36种;概述了中国海域鹦嘴鱼科鱼类的种类组成和区系分布;编制了我国海域鹦嘴鱼科鱼类的属、种检索表。
- 王忠明孔晓瑜黄良民
- 关键词：中国海域
