孙政
- 作品数：3 被引量：1H指数：1
- 供职机构：中国科学院海洋研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 脊尾白虾胚胎和成体的比较转录组分析
- 脊尾白虾是我国重要的经济养殖种类,具有生殖周期短,可实现在实验室全年养殖等特点,被认为是开展虾类发育和免疫研究的较好的动物模型,但目前仍缺少对其分子遗传学基础方面的研究。为对脊尾白虾遗传学的分子基础进行深入了解,本实验利...
- 孙政张晓军张继泉李富花张俊斌相建海
- 关键词：脊尾白虾转录组
- 脊尾白虾转录组分析及重要功能基因的发掘
- 脊尾白虾不仅是我国重要的经济养殖种类,同时由于其具有生殖周期短,可以实现在实验室全年养殖等特点,目前被认为是开展虾类发育和免疫研究的较好的动物模型。但是由于对其分子遗传学基础了解较少,对其作为虾类相关研究的动物模型进行应...
- 孙政张晓军张继泉李富花张俊斌相建海
- 关键词：脊尾白虾转录组胚胎发育免疫
- 文献传递
- 凡纳滨对虾大量EST的生物信息学分析被引量：1
- 2013年
- 凡纳滨对虾是我国乃至世界最重要的对虾养殖种。EST(expressed sequence tags)测序是对没有基因组背景的生物进行功能基因分析最为有效的方法之一。为了研究凡纳滨对虾重要功能基因、以及为筛选分子标记奠定基础,本文集成了一套快速高效的EST信息深度挖掘的方法,并对公共数据库中161 241条凡纳滨对虾EST序列进行分析,获得了20 410条unigenes,包括14 236条contigs和6 174条singlets。通过与NR数据库比对发现有注释的基因7 984条,并对其余12 426条未知基因中的4 702条进行了功能域注释。对有NR注释的基因的GO分类分析获得其中2 715条基因的生物学过程、细胞定位和分子功能分类信息。此外,通过与模式生物通路图进行比对和定位,将3738条基因定位到270个KEGG通路图中,发现凡纳滨对虾的9条unigenes与果蝇丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路的5个关键基因对应,提示凡纳滨对虾很可能存在类似的重要信号转导通路。另外,通过对6种组织,包括肝胰腺、淋巴器官、血细胞、鳃、眼柄和神经的EST进行比较分析,筛选获得了组织特异性转录本共7 000余条,并对这些特异性转录本进行了功能分类。本研究不仅开发了公共基因资源发掘的方法,也为对虾功能基因的研究利用提供了重要参考数据。
- 孙政柳承璋李富花张晓军张俊彬相建海
- 关键词：凡纳滨对虾EST
