付聪 作品数:8 被引量:8 H指数:2 供职机构: 武汉市中医医院 更多>> 相关领域: 医药卫生 生物学 更多>>
基于生物信息学挖掘结肠癌预后相关生物标志物 被引量:1 2023年 目的 基于生物信息学挖掘结肠癌预后相关生物标志物。方法 利用基因表达汇编数据库下载结肠癌芯片数据集GSE25070和GSE115313,获取结肠癌组织样本43例、正常结肠组织样本44例,筛选出两个芯片数据集的共同差异基因。构建共同差异基因的蛋白互作网络,采用基因本体论、京都基因和基因组百科全书分析功能和通路。从癌症基因组图谱数据库获取结肠癌组织样本454例,利用R软件对共同差异基因表达水平与结肠癌患者预后的关系作整体分析,筛选出可能的结肠癌预后相关生物标志物。绘制Kaplan-Meier生存曲线比较各个基因高、低表达组患者生存率,采用单因素Cox回归分析结肠癌患者预后的影响因素,以验证结肠癌预后相关生物标志物。结果 筛选得到共同差异基因19个,包括表达上调基因2个、表达下调基因17个;主要存在于肾素分泌和胰腺分泌通路;涉及的生物过程有蛋白质三聚体,细胞成分有细胞外泌体、质膜的整合成分和膜的锚定成分等,分子功能有细胞内钙激活氯离子通道活性、氯离子通道活性。CLCA1、ITLN1和PARM1是结肠癌预后相关生物标志物。结论 CLCA1、ITLN1和PARM1是结肠癌预后相关生物标志物。 付聪 薛向磊 黄中强 柳鑫 张锋关键词:结肠癌 R语言 生物标志物 预后 光甘草定抗乳腺癌作用机制的分析 2024年 [目的]探究光甘草定抗乳腺癌(Breast cancer, BC)的作用机制。[方法]采用噻唑蓝(MTT)实验考证光甘草定对人乳腺癌细胞MCF-7和MDA-MB-231的抑制作用;通过PharmMapper数据库获得与光甘草定具有潜在相互作用的靶点;以“Luminal-A”和“Basal-like breast cancer”为关键词从Gene Cards数据库中下载乳腺癌相关靶点。将交集靶点导入DAVID数据库中进行富集分析,并基于STRING数据库和Cytoscape软件筛选潜在核心基因。利用GEPIA2、UALCAN和Kaplan-Meier Plotter数据库验证核心基因的表达,获取预后生物标志物并分析其泛癌性。[结果]共筛得光甘草定相关靶点286个,Luminal-A相关靶点4 285个,Basal-like相关靶点944个。光甘草定主要通过调节癌症的途径、BC通路以及PI3K-Akt通路等116条通路(P<0.05)。10个核心基因中仅MAPK1在数据库间的表达趋势不一致,且高表达的HSP90AA1与BC生存和预后不良显著正相关,并在多种肿瘤中显著高表达。[结论]光甘草定通过调控HSP90AA1等靶点和相应通路抗BC,且HSP90AA1是诊断BC的一种潜在生物标志物。 黄中强 付聪关键词:光甘草定 乳腺癌 体外实验 生物信息学 靶点 生物标志物 系统挖掘结肠癌生物标志物及其靶向中药抑制剂 2024年 [目的]基于多重生物信息学和体外实验挖掘结肠癌的生物标志物及其靶向中药抑制剂。[方法]利用多重生物信息学筛选结肠癌及正常样本测序数据中的候选生物标志物。结合实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)和人类蛋白质图谱(The Human Protein Atlas, THPA)验证其表达。通过文献和分子对接筛选与其结合较强的中药化合物。[结果]基于度值(degree)获得50个核心基因。其中,烯醇化酶2(Enolase 2,ENO2)和热休克蛋白家族A (Hsp70)成员1A (Heat Shock Protein Family A (Hsp70) Member 1A,HSPA1A)在结肠癌中显著高表达(P<0.05),且主要参与糖酵解和糖异生等通路调控结肠癌的发展进程。穗花杉双黄酮与ENO2和HSPA1A的结合能力较阳性抑制剂相当,是其潜在抑制剂。[结论]ENO2{P=0.00507,Hazard Ratio[95%CI=1.8613(1.10314,1.74171)]}和HSPA1A{P=0.01955,Hazard Ratio[95%CI=1.21316(1.03151,1.4268)]}是结肠癌的候选生物标志物,且穗花杉双黄酮是二者潜在的靶向抑制剂。 黄中强 付聪关键词:结肠癌 生物信息学 体外实验 生物标志物 分子对接 高效液相色谱法测定人参不同部位人参皂苷Rg1、Re及Rb1的含量 被引量:5 2015年 目的:探讨人参皂苷Rg1、Re、Rb1在人参药材中主根、芦头、参须的富集情况,以确保人参中以上3种人参皂苷资源被充分利用,为开发人参各部位的临床应用提供科学依据。方法:采用高效液相色谱法测定产自于吉林通化的生晒参各部位中人参皂苷Rg1、Re和Rb1的含量。色谱条件为:安捷伦1200系列高效液相色谱仪;安捷伦ZORBAX Eclipse XDB-C18色谱柱(4.6mm×150mm,5μm);柱温25℃;检测波长为203nm;流速为0.7mL·min-1,乙腈-水梯度洗脱。结果:人参参须含有较高的人参皂苷Re(0.745 1%)、Rb1(0.859 6%);而人参芦头含有较高的人参皂苷Rg1(0.415 8%)。结论:针对性地提取人参参须、芦头中的人参皂苷Rg1、Re和Rb1单体,应能提高单体化合物的提取效率,更好地服务于创新药物的开发。 付聪关键词:人参 主根 人参皂苷 高效液相色谱法 一种用于静置提取液的多功能桶 本实用新型涉及制药设备技术领域,具体为一种用于静置提取液的多功能桶。本实用新型涉及一种用于静置提取液的多功能桶,包括用于储存煎煮液的储药桶以及用于滤除沉淀的过滤盘,所述储药桶的桶壁为夹层结构,所述储药桶外侧壁上还设置有依... 袁明洋 石新华 张义生 张龙 魏从师 付聪基于生物信息学和分子对接筛选结直肠腺癌的潜在生物标志物及其靶向药物 2023年 [目的]获取结直肠癌(Colon adenocarcinoma,COAD)的潜在生物标志物及其靶向药物。[方法]用R和Cytoscape 3.8.2软件分析临床数据库中56例COAD患者和45例正常样本的转录组数据,获取生物标志物及其共表达基因并分析其生物功能。通过miRWalk和miRTarBase数据库得到与COAD生存预后相关的miRNAs并分析它们的功能。利用分子对接筛选与所获生物标志物具有较好结合能力的靶向中药小分子化合物。[结果]共筛选得到179个差异表达基因,包括49个高表达基因和130个低表达基因。STRING和Cytoscape 3.8.2所得30个Hubba基因中仅CLCA1符合Cox模型(C-index:0.708(0.632-1),P<0.001)。CLCA1及其共表达基因主要参与氯离子跨膜转运过程,与肿瘤的发生发展密切相关(P<0.01)。mRNA-miRNA网络中与CLCA1密切相关的10个miRNA主要参与肿瘤细胞的增殖,凋亡和血管的形成。且甘草次酸、小檗碱和雷公藤红素被证实与CLCA1结合较牢。[结论]CLCA1是COAD的潜在生物标志物,且甘草次酸、小檗碱和雷公藤红素是CLCA1的潜在靶向药物。 付聪 黄中强 张锋关键词:生物信息学 结直肠腺癌 分子对接 靶向药物 一种小包装中药饮片配药车 本实用新型公开了一种小包装中药饮片配药车,包括第二固定板,所述第二固定板下表面固定有四个安装有静音万向轮的支杆,所述第二固定板的下方通过两个滑动机构滑动连接有移动板;本实用新型主要是通过第二固定板、移动板、滑动机构和限位... 张锋 黄中强 付聪 王昭 陈雯雯医疗机构中药饮片招标采购实践与优势分析 被引量:2 2022年 目的探讨中药饮片招标采购的优势。方法以某市中医院实际工作情况为例,统计中药饮片招标采购实施前(2018年)和招标采购实施后(2019年)的内控质量等级变动、抽检质量符合率、价格变动、采购金额、药品采购风险隐患等,并分析其优势。结果分3次对487种中药饮片进行了招标采购。招标采购实施后,86个品种的质量提升了1个等级;在内控质量等级不变或提升的前提下,312个品种价格下降,平均降幅为27.32%,按2018年的使用数量计算,共节省药费支出1566.2万元;抽检质量符合率由招标采购实施前的82.76%升至招标采购实施后的98.16%;无药品采购风险隐患。结论中药饮片招标采购与质量价格控制能提升中药饮片的质量,降低药价,防范风险隐患。建议调整相关政策和法规,改进方法和技术,促进中药饮片健康、快速发展。 张锋 梅凌 付聪 陈雯雯关键词:中药饮片 价格控制