刘飞
- 作品数：7 被引量：24H指数：2
- 供职机构：中国科学院微生物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金北京市自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 肠道微生物菌群共存网络的构建与分析被引量：2
- 2018年
- 【目的】将网络分析应用到肠道微生物的分析之中,探究肠道微生物共存网络拓扑结构等相关网络系数的分析,从而展现肠道微生物共存网络的特性。【方法】将之前研究中的肠道微生物数据根据雌马酚代谢能力划分成雌马酚产生者和非产生者两组,计算两组微生物相对丰度,得出菌种之间的相关系数,构建肠道微生物的共存网络,分析两组间共存网络参数的差异;运用随机网络检验现实网络拓扑结构的特异性,分析两组网络中菌种间的差异。【结果】共存网络中两组节点数分别为45个和47个,即分别有45个和47个不同菌种。比较两组网络结构的差异,发现雌马酚产生者组中的共存网络菌群具有更复杂的连接,且两组之间的其他网络参数存在一定的差异。通过将现实网络与随机网络对比可知,现实网络的拓扑结构具有一定的特异性。将具有代谢雌马酚相关物质能力的菌种在两组网络中标出,发现它们在雌马酚产生者组共存网络中更趋向与来自不同门的菌种产生相互联系。【结论】将网络分析应用于肠道微生物分析之中,可以发掘菌种之间的相互作用和网络拓扑结构的复杂性与差异性,展现肠道菌群结构中之前较少被认识到的一些特征。因而,网络分析的方法可以为未来肠道微生物的研究提供新的视角。
- 马越王军胡永飞陈亮李晶律娜刘飞王黎明封雨晴朱宝利
- 关键词：肠道微生物网络分析随机网络雌马酚
- 不同分娩方式和喂养方式下婴儿肠道菌群的分布特征被引量：12
- 2018年
- 目的探讨不同分娩方式和喂养方式下婴儿生后6周肠道菌群的分布特征。方法选取2017年6月至9月于我院妇产科出生的60例新生儿为研究对象，根据分娩方式分为阴道分娩组42例，剖宫产组18例；根据喂养方式分为纯母乳喂养组40例，混合喂养组20例。收集婴儿生后6周粪便标本，利用Illumina Hiseq 2500平台针对细菌16S rRNA的V3-V4可变区进行DNA测序，将所测得的序列与SILVA数据库比对分析后，对物种分类信息进行注释，最后利用QIIME软件对样本进行生物信息学分析。统计学方法采用独立样本t检验或Mann-Whitney U检验。结果（1）60例粪便标本中共发现8个菌门，146个菌属，门水平上以厚壁菌门、变形菌门、放线菌门和拟杆菌门为优势菌；平均相对丰度前8位的属分别是双歧杆菌属（Bifidobacterium）、梭菌属（Clostridium）、克雷伯杆菌属（Klebsiella）、拟杆菌属（Bacteroides）、链球菌属（Streptococcus）、志贺杆菌属（Escherichia-Shigella）、韦荣菌属（Veillonella）、普拉梭菌属（Faecalibacterium）。（2）在门水平上，剖宫产组厚壁菌门的相对丰度阴道分娩组较明显升高（0.56±0.10与0.42±0.20，t=2.94），而放线菌门和拟杆菌门的相对丰度明显降低[分别为0.04 （0.01-0.11）与0.20 （0.05-0.36），U=223；0.05 （0.01-0.23）与0.09 （0.02-0.29），U=315，P值均〈0.05]；纯母乳喂养组和混合喂养组4个优势菌门的相对丰度比较差异均无统计学意义（P值均〉0.05）。在属水平上，剖宫产组双歧杆菌属的相对丰度较阴道分娩组明显降低[0.01（0.00-0.07）与0.19（0.02-0.36），U=210，P〈0.01]；同样，纯母乳喂养组和混合喂养组8个优势菌属的相对丰度比较差异均无统计学意义（P值均〉0.05）。（3）剖宫产组婴儿肠道菌群多样性分析中的Shannon指数和Simpson指数显著高于阴道分娩组婴儿[分别为5.48±1.19与4.26 （3.61-5.52
- 刘誉秦胜堂马京梅宋依临冯烨刘飞杨慧霞
- 关键词：婴儿摄食行为
- 鸡T细胞受体γ链基因位点重新测序和组装
- 2015年
- 动物T细胞受体(T cell receptor,TCR)基因由多个不同的高度同源的基因家族组成,通过全基因组测序很难获得准确的基因序列和排列位置。文章通过在NCBI中发布的鸡TCR的γ链(TCRγ或TRG)基因片段序列定位了鸡TRG基因所在区域,并确定了与鸡TRG基因位点对应的细菌人工染色体(BAC)克隆(CH261-174P24)。对该克隆进行高通量的重新测序和组装后,得到含有10个scaffolds的基因组草图,较完整地覆盖了鸡TRG基因位点及两侧区域。通过PCR扩增和测序证明了scaffold内部结构的正确性,校正了鸡参考基因组TRG基因位点一个可变基因和一个缺口序列(gap)附近各一处错误序列,以及可变基因区多处序列错误。文章通过校正鸡参考基因组TRG基因位点的序列,为鸡TRA/D和TRB基因位点的基因组序列分析提供了新方法。
- 马俊平杨犀律娜刘飞陈燕朱宝利
- 关键词：测序
- 鲍曼不动杆菌耐药持留菌的特征及Ⅱ型毒素-抗毒素系统的多样性被引量：2
- 2015年
- 【目的】研究鲍曼不动杆菌持留菌的特征,分析鲍曼不动杆菌Ⅱ型毒素-抗毒素(TA)系统的多样性及分布,探讨TA系统与持留菌形成的潜在关联。【方法】采用分属于6大类中的6种不同抗生素分别筛选的方法分离并定量鲍曼不动杆菌的持留菌;应用PSI-BLAST及TBLASTN程序分析721株鲍曼不动杆菌中的Ⅱ型TA系统;通过聚合酶链式反应(PCR)方法检测44株临床多重耐药(MDR)的鲍曼不动杆菌中5个Ⅱ型TA系统的分布。【结果】我们发现不同抗生素处理得到的鲍曼不动杆菌持留菌的数量并不相同;对多数抗生素而言,浓度越高,得到的持留菌数量越少;处于生长平台期的菌株中相比对数期含有更多的持留菌;多粘菌素B及妥布霉素均具有杀灭部分持留菌的能力;鲍曼不动杆菌所有菌株中均含有Ⅱ型TA系统,HTH/GNAT类型在菌株中分布最为广泛;所有700余株鲍曼不动杆菌基因组中共含有15个潜在的Ⅱ型TA系统;三类普遍存在于已知基因组中的明确功能的Ⅱ型TA系统在临床多重耐药菌株中同样分布广泛,且Hig B/Hig A的表达量在标准株的持留菌中显著增高。【结论】鲍曼不动杆菌的持留菌水平与菌株的生长状态、抗生素的种类及浓度密切相关。Ⅱ型TA系统在鲍曼不动杆菌已知基因组和临床多重耐药菌株中普遍存在,其中,HTH/GNAT、GP49/Cro(Hig B/Hig A)及DUF497/COG3514三种类型的Ⅱ型TA系统可能在鲍曼不动杆菌持留菌的形成中扮演重要角色。
- 马亚男朱玉莹李维城刘飞律娜李晶朱宝利胡永飞
- 关键词：抗生素耐药鲍曼不动杆菌
- 结核分枝杆菌耐药相关单碱基突变的计算方法比较
- 2021年
- 【目的】耐药结核分枝杆菌(drug-resistant Mycobacterium tuberculosis)的产生给结核病(tuberculosis)的治疗带来巨大困难。【方法】使用基于全基因组测序的关联分析探究耐药强相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)突变,主要有GEMMA、phyc、plink。为了阐明其中最优的耐药相关SNP计算方法,本研究下载NCBI上已有的1504株结核分枝杆菌数据,并获取它们对于3种常见的一线抗结核治疗药物(isoniazid、rifampicin、ethambutol)的耐药性检验结果。并使用这3种耐药相关SNP计算方法计算与结核分枝杆菌耐药相关的SNP;并评估计算得到的耐药相关SNP在预测耐药表型的敏感性和特异性。【结果】发现通过phyc可以预测到最多的已知耐药相关SNP和最少的耐药无关SNP,而且phyc预测的耐药相关SNP的敏感性和特异性恒定大于52.49%。【结论】phyc在预测结核分枝杆菌耐药相关SNP中结果最准确,但考虑到运行时间和表型数据的更新,GEMMA和plink的结果也应作为参考。
- 李志远刘飞曹德民潘元龙律娜刘东鑫贺文从程城王亚楠赵雁林朱宝利
- 关键词：结核分枝杆菌耐药基因比较基因组学
- 妊娠期糖尿病患者治疗前后肠道菌群变化及其与血糖的相关性被引量：8
- 2020年
- 目的探讨妊娠期糖尿病(gestational diabetes mellitus,GDM)患者治疗前后肠道菌群的变化特点,及其与75 g口服葡萄糖耐量试验(oral glucose tolerance test,OGTT)血糖水平的关系。方法采用基于前瞻性队列研究的巢式病例对照研究方法。以2016年10月至2017年12月在北京大学第一医院妇产科建档及分娩的孕妇为研究对象。选取45例24~28孕周诊断为GDM的孕妇作为GDM组,并根据年龄和孕前体重指数(body mass index,BMI)按1∶1比例选取45例正常孕妇作为对照组。分别收集GDM治疗前(孕24~28周)及治疗后(孕36~40周)的粪便标本(对照组亦于相应孕周留取标本),利用Illumina Hiseq2500平台针对细菌16S rRNA的V3-V4可变区进行DNA测序,利用QIIME软件对样本进行生物信息学分析。采用t检验、Mann-Whitney U检验或χ2检验进行统计学分析。结果(1)治疗前GDM组肠道菌群Alpha多样性显著低于对照组(Chao1指数分别为443.9±72.9和474.0±63.3,t=2.104;Shannon指数分别为5.6±0.5和6.0±0.5,t=2.002;P值均<0.05),2组肠道菌群Beta多样性也存在明显差异(R2=0.04,P<0.05)。治疗后,GDM组和对照组肠道菌群的Alpha和Beta多样性的差异均无统计学意义。(2)GDM患者治疗前肠道布劳特氏菌和普拉梭菌的相对丰度高于对照组[M(P25~P75),分别为0.016(0.009~0.022)与0.011(0.007~0.016),U=782.000;0.114(0.076~0.141)与0.091(0.061~0.126),U=752.000;P值均<0.05]。阿克曼氏菌、Odoribacter和Butyricimonas的相对丰度低于对照组[分别为0.001(0.000~0.002)与0.001(0.000~0.005),U=745.000;0.001(0.000~0.004)与0.004(0.001~0.006),U=766.500;0.001(0.000~0.003)与0.003(0.001~0.005),U=710.000;P值均<0.05]。(3)OGTT服糖前水平和阿克曼氏菌、Odoribacter和Butyricimonas相对丰度呈负相关(r值分别为-0.325、-0.273和-0.284),服糖后1 h血糖水平和阿克曼氏菌、Butyricimonas相对丰度呈负相关(r值分别为-0.285和-0.265),服糖后2 h血糖水平和普拉梭菌相对丰度呈正相关(r=0.278),和阿�
- 刘誉马京梅秦胜堂朱宝利刘飞杨慧霞
- 关键词：葡糖耐量试验血糖
- 全基因测序发现肺炎支原体耐药新机制
- Objectives:Macrolide antibiotic resistance has become an increasing problem in the treatment of Mycoplasma pne...
- 李少丽孙红妹薛冠华朱宝利刘飞律娜闫超冯艳玲赵汉青
