目的分析引起吉林省2009年手足口病(Hand Food and Mouth Disease,HFMD)流行的肠道病毒71型(Enterovirus Type 71,EV71)分离株的基因特征。方法选择15株2009年分离于吉林省六个设区的市(州)的HFMD病例的EV71分离株,进行VP1编码区基因全长逆转录-聚合酶链反应扩增、序列测定,使用Bioedit软件和MEGA4.0软件进行同源性、基因亲缘关系分析。结果吉林省2009年的15株EV71分离株均属于C4基因亚型,而且分属于四个相对独立的传播链,其中11株病毒(分离于六个市)属于一个较大的传播链,其余4株形成三个小的传播链。29.5%的吉林省分离株间比对同源性高达99.1%～99.8%,吉林省2009年分离株与安徽省阜阳市2008年以及北京市2008年的流行株间,核苷酸最高同源性分别达到了99.8%和99.7%。结论吉林省2009年至少有四个C4基因型的EV71传播链引起了HFMD的流行,并且有一个EV71优势传播链在几个省以及省内六个市持续传播,引起HFMD的流行;三个小的传播链可能为输入病毒所致。尚未发现在引起HFMD死亡、重症以及轻症的EV71分离株VP1编码区的氨基酸序列呈现规律性的区别。
