马鹏举
- 作品数：5 被引量：38H指数：2
- 供职机构：中央民族大学生命与环境科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国博士后科学基金教育部“新世纪优秀人才支持计划”更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生生物学更多>>
- 罗布麻转录组数据的注释和黄酮合成相关基因的挖掘被引量：2
- 2019年
- 罗布麻具有生态价值、药用价值和工业价值,但是核酸数据较少,阻碍了罗布麻分子生物学研究。本试验基于罗布麻转录组数据注释挖掘罗布麻中黄酮类化合物合成相关基因,为功能基因的挖掘奠定基础。本研究基于罗布麻转录组数据,通过拼接和组装,对罗布麻转录组进行了功能注释、黄酮合成相关基因的挖掘、查尔酮异构酶的克隆和分析以及SSR预测。通过对罗布麻高通量测序数据进行拼接,共获得64713条转录本,40575条Unigene,平均长度720 bp,其中28063条Unigene能被NR、GO、COG、Uniprot、PFAM和拟南芥蛋白数据库进行注释。注释表明,共有110条Unigene与罗布麻黄酮类化合物合成途径相关。本研究首次对罗布麻转录组进行了注释,鉴定出与黄酮类化合物生物合成有关的基因,为罗布麻的分子生物学研究提供了重要数据。
- 马丹丹周佳熠马鹏举孙会改高飞周宜君
- 关键词：罗布麻转录组功能注释黄酮类化合物查尔酮异构酶
- 沙冬青属植物种系特异性miRNA的鉴定和功能预测
- 高飞王雪马丹丹麦尔哈巴·阿布拉马鹏举冯金朝周宜君
- 关键词：沙冬青非生物胁迫MIRNA
- 沙冬青属植物种系特异性miRNA的鉴定和功能预测
- 沙冬青属植物是我国温带荒漠区域罕见的常绿阔叶灌木,具有极高的逆境耐受能力,但其逆境耐受机制尚不清楚。作为一类内源调控性RNA分子,miRNA可能在沙冬青属植物的逆境耐受中发挥重要作用。另外,虽然很多miRNA在植物物种间...
- 高飞王雪马丹丹麦尔哈巴·阿布拉马鹏举冯金朝周宜君
- 关键词：沙冬青非生物胁迫MIRNA
- 文献传递
- 藏茵陈川西獐牙菜转录组SSR信息分析被引量：30
- 2015年
- 利用MISA（Micro SAtelite）软件对藏茵陈川西獐牙菜转录组序列68 787条跨叠群（contigs）进行简单重复序列（SSR）位点的挖掘,发现5 099条序列中含有5 610个SSR位点,发生频率为7.41%,共有220种重复基元,平均每12.60 kb出现1个SSR位点。三核苷酸重复基元SSR出现频率最高（45.99%）,其次是二核苷酸（41.62%）。AT/TA和AAT/TTA是二、三核苷酸中的优势重复基元。藏茵陈川西獐牙菜转录组SSR以5-10次重复为主,基序长度主要集中于12-30 bp。在藏茵陈川西獐牙菜转录组中注释的30 651个contigs中,有1447个SSRs位于编码区,主要以三核苷酸重复为主（928,64.13%）。藏茵陈川西獐牙菜转录组SSR的出现频率高,重复类型丰富,理论表明这些转录组SSR具有较高的可用性。该文通过对藏茵陈川西獐牙菜转录组资源的SSR信息的研究,为分子水平和生物信息学角度上开发藏茵陈川西獐牙菜的SSR功能性标记提供了丰富的候选序列。
- 刘越岳春江王翊马加强孙洪波罗敏马鹏举张琳霞马徐陈川川李华唐丽
- 关键词：转录组
- 基于流式细胞术和K-mer分析的好好芭基因组大小估测被引量：6
- 2018年
- 好好芭是一种重要的特种油料植物,具有极高的经济价值.由于好好芭基因组数据缺乏,导致其分子生物学研究进展相对缓慢.本研究以黄瓜和大豆作为内标,用流式细胞仪测定经碘化丙啶(PI)染色的内标细胞核和好好芭细胞核混合样品的PI荧光强度,通过比较好好芭与内标细胞DNA含量峰值的倍数关系,计算好好芭的基因组大小.同时使用基于生物信息学的K-mer分析来估测好好芭的基因组大小.采用流式细胞术测得好好芭基因组大小约为774 Mb.Kmer分析表明,当K值分别为17、19、21时,相应的DNA峰值出现在128、125和123,因此估测jojoba基因组大小为777～794Mb.K-mer分布曲线有明显的杂合峰,说明jojoba基因组杂合度较高.本研究完成了对好好芭基因组大小的估测,可为好好芭基因组学研究提供参考.
- 马鹏举周佳熠孙会改孙会改高飞高飞周宜君
- 关键词：好好芭流式细胞术基因组大小
