马闯
- 作品数：3 被引量：1H指数：1
- 供职机构：华中科技大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技基础条件平台建设计划国家大学生创新性实验计划更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
- 水稻基因结构分析与预测建模
- 2008年
- 将水稻基因结构预测问题划分为基因级、元件级和特征级等多个层次上的一系列较简单子问题,分析了各特征与序列C+G含量之间的依赖关系,通过采用从简单到复杂逐级优化的策略建立了不同序列C+G含量的水稻基因结构模型,设计了基因结构寻优的动态规划算法,开发了水稻基因结构预测软件Rice-GenePRE.采用测试数据集OsSNG550对该软件进行测试的结果显示:RiceGenePRE在核苷酸、外显子和基因水平上的预测效果均优于水稻基因结构预测系统FGENESH.
- 周艳红朱建丽马闯程遥
- 关键词：水稻基因组
- 基于多软件融合方法的真核生物基因启动子预测被引量：1
- 2008年
- 基于多个软件的预测结果,提出了一种融合方法(ComPromoter)提高真核生物基因启动子的预测精度.ComPromoter以ProKey、FirstEF和Eponine等软件对启动子的预测结果为基础,融合了可用于启动子识别的多个特征(包括ProKey预测结果中真阳性和假阳性的出现频率随投票距离以及预测分值变化的统计特征),并利用支持向量机构建了启动子预测模型.在人类ENCODE区域测试数据集上测试的结果显示,ComPromoter的Pearson相关系数CC值高于所融合的单个启动子预测软件.
- 马闯蹇易黄慧艳
- 关键词：真核生物启动子预测支持向量机
- 黑腹果蝇miRNA前体的预测
- 2010年
- MicroRNA(miRNA)是一类长度约23 nt的内源性单链小分子RNA,它通过与靶标结合位点区域的碱基互补结合来调控靶标基因的表达。通过寻找潜在的miRNA结合位点预测miRNA前体,首先在黑腹果蝇mRNA的3’UTR区域中搜寻潜在的miRNA结合位点,然后根据碱基配对原则以及miRNA前体的结构序列特征来预测可能存在的miRNA前体。在黑腹果蝇全基因组范围内对其miRNA的预测结果证实了该方法的有效性。该方法还可应用到其他物种的miRNA发现研究中。
- 马闯胡星驰童潘黄慧艳
- 关键词：生命科学与技术黑腹果蝇MIRNA结合位点
