王迪
- 作品数：1 被引量：1H指数：1
- 供职机构：南通大学附属医院更多>>
- 发文基金：江苏高校优势学科建设工程资助项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- RNA-Seq筛选脊髓损伤后的差异基因及部分基因功能分析被引量：1
- 2017年
- 目的应用RNA-Seq技术分析脊髓损伤后不同阶段基因表达差异情况。方法使用IH脊髓打击仪制备脊髓损伤模型,SD大鼠48只随机分成两组,假手术组和实验组,实验组分别于损伤后1d、4d和7d取材。运用RNA-Seq技术筛选脊髓损伤后不同时间点的差异表达基因,对差异基因进行表达模式分析,功能注释,通路分析等,筛选出血红素氧化酶1(Hmox1)等感兴趣基因进行mRNA和蛋白水平的验证及功能分析。结果 RNA-Seq结果表明,与假手术组相比,脊髓损伤后1d、4d和7d发生显著变化的基因分别有944、1362和1421个。上述差异基因在损伤后不同时间点的变化趋势大致可分为8种形式。Real-time PCR结果显示,Hmox1、尿激酶型纤溶酶原激活剂(Plau)、纤溶酶原激活物抑制剂(Serpine1)和中性粒细胞胞质因子(Ncf2)的表达变化与RNA-Seq测序结果基本一致。Western blotting结果显示,脊髓损伤后Hmox1的蛋白表达变化趋势与核酸水平一致;免疫组织化学结果显示,损伤之后Hmox1主要表达于脊髓组织的神经元中。结论 RNA-Seq技术能高效分析脊髓损伤后的差异基因,从大量差异基因中筛选出感兴趣基因的验证和功能分析为阐述脊髓损伤的分子机制提供了部分资料。
- 陈颖王迪牛学英王晓冬陈雪
- 关键词：脊髓损伤血红素氧化酶1RNA-SEQ实时定量聚合酶链反应
