戚继
- 作品数：4 被引量：4H指数：1
- 供职机构：复旦大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学环境科学与工程自动化与计算机技术更多>>
- 基于低拷贝核基因的组分特征研究十字花科植物的系统发生关系被引量：1
- 2016年
- 近年来人们在十字花科物种系统发生关系方面开展了大量工作,研究发现十字花科可分为3个主要类群,但是这些类群内部以及类群间的进化关系还不明确。旨在快速准确地解决十字花科物种系统发生关系,通过选取39个十字花科物种及两个外类群物种作为研究材料,使用系统发生基因组学方法获得了覆盖所选物种的低拷贝同源基因集合。进一步通过CVTree方法分析低拷贝核基因的组分特征,得到了高度支持与稳定的十字花科系统发育关系。结果显示,十字花科被分为6个主要的类群,其中3个主要类群的划分与前人的分类结果高度一致,并且增加了两个新类群,此外,前人研究中存在争议的第二类群在本研究结果中成为有稳定支持的单系群。表明基于大量低拷贝同源基因集合并结合组分矢量分析,可以较为准确地反映十字花科物种的系统发生关系。因此,CVTree方法不仅适用于研究原核生物、真菌等微生物的系统发生关系,也可以用来探究十字花科植物等高等生物的亲缘关系。
- 张哲黄建勋戚继
- 关键词：十字花科系统发生关系
- 基于比较基因组学方法揭示十字花科古老杂交事件被引量：1
- 2018年
- 杂交是物种进化动力的源泉之一,它有助于快速积累遗传变异,增强群体的遗传多样性,促进新物种的产生,因此在不同物种类群中识别古老和近期的杂交现象具有重要意义。杂交事件的识别方法可以采用多种特征,包括传统的遗传表型、代谢产物、染色体数目,以及群体遗传学和系统发育基因组学提供的基因水平的分子表型。本研究通过选取28个十字花科物种及两个外类群物种作为研究材料,采用比较基因组学和系统发育基因组学研究手段,在叶绿体和核基因两个方向上联合分子表型信息鉴定十字花科内的杂交事件。结果表明:1、以单基因树映射物种树的结果为依据,十字花科物种主要分为两类:其一,姐妹类群分布相对集中、以拟南芥(Arabidopsis thaliana)为代表;其二,姐妹类群分布相对分散暗示基因存在多种来源,以诚实花(Lunaria annua)为代表。2、进一步通过叶绿体和核基因的系统发育关系对比法分析,我们认为诚实花可能是一个新的杂交物种,其39.1%的基因与父本来源的C类群基因关系最近;38.5%的基因与C类群以外类群的基因最近,特别是来自B、C结合类群共同祖先的10号节点(占比3%)支持其作为诚实花的母本来源。3、通过对父母关键进化节点的功能富集分析,发现父本主要富集在生物降解、次级代谢产物、RNA调控等途径上,表明其可能通过RNA调控生物降解、次级代谢过程以适应胁迫环境;母本主要富集在代谢途径上,尤其是碳水化合物、核酸代谢等方面,表明其可能通过增强自身代谢获取相对竞争优势。
- 樊晓猛戚继
- 关键词：十字花科杂交比较基因组学
- 元基因组学方法在环境微生物中的研究进展被引量：2
- 2015年
- 新一代测序技术的快速发展,使得元基因组学研究方法成为了理解环境微生物群落结构和相互作用的重要手段之一。元基因组学方法不需要将环境样本中的微生物单独分离培养,而是作为整体进行研究,因而可以回避传统研究时分离培养微生物的困难。基于这一优势,人体、海洋和土壤等环境有关的各项环境微生物测序计划相继启动,并取得了一系列重要的研究进展。探讨了元基因组测序数据分析中所经常采用的方法,以及有关流程的优势和局限性,并进一步讨论了这些方法在各种环境微生物研究中的应用和成果。
- 刘捷孟戚继
- 关键词：高通量测序生物信息环境微生物
- 整合组织学图像信息增强空间转录组细胞聚类的分辨率
- 2024年
- 【目的】增加空间转录组基因表达的空间分辨率以提升遗传发育与疾病研究中的细胞谱系和类型变化的精度,提供更精细的分子表型信息。【方法】通过图像分割实现空间转录组点阵的细胞空间分布模拟,使用线性插值方法重构超分辨率基因空间表达,并利用图聚类方法揭示组织中细胞分布的空间偏好性。【结果】将新方法SpaGMM在小鼠后脑10X Visium数据集上进行检验,可以精确识别小鼠脑神经空间结构域。通过与几种空间转录组聚类的常用方法进行比较,结果显示SpaGMM的聚类结果更加符合组织学区域的注释,这些区域具有大量标记基因的空间表达支持。SpaGMM还可以从小鼠小脑区域中区分出浦肯野细胞(Purkinje cell)和伯格曼胶质细胞(Bergmann glial cell)所对应的组织区域,发现不同细胞层中存在互补的基因表达模式。【结论】SpaGMM可以通过提高点阵的空间分辨率揭示组织结构域的精细结构。
- 王睿戚继
- 关键词：细胞分割
