孙萍
- 作品数：1 被引量：18H指数：1
- 供职机构：山东省农业科学院更多>>
- 发文基金：山东省农业良种工程项目国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 花生EST资源的SSR信息分析被引量：18
- 2008年
- 微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressedsequence tags,ESTs)中。为了在花生中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学对NCBI公共数据库中的41501条花生ESTs序列进行EST-SSRs特征分析。剔除冗余序列,得到全长为5125.94kb的无冗余EST8391条。在这些序列中搜索出1109个SSR,分布于946条EST中,出现频率是11.27%。这些EST-SSR的平均长度为18.16bp,平均分布频率1/4.62kb。在1～6bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(49.23%),其次是二核苷酸(32.83%)、单核苷酸(14.88%)。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复基元,分别占二、三核苷酸重复的71.43%和31.50%。本研究为开发多态性花生微卫星标记提供了候选序列。
- 柳展基孙萍步迅
- 关键词：花生ESTSSR
