李清
- 作品数：3 被引量：22H指数：2
- 供职机构：中国林业科学研究院林业研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项中国林业科学研究院基本科研业务费专项资金更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生生物学更多>>
- 平欧杂种榛实时荧光定量PCR内参基因的筛选与体系建立被引量：15
- 2017年
- 【目的】构建中国榛属植物主要栽培种平欧杂种榛实时荧光定量PCR内参基因的筛选体系,并筛选稳定的内参基因,为榛属植物的基因表达分析提供内参基因,进而为其植物资源利用和创新育种研究提供理论基础。【方法】利用课题组前期对平欧杂种榛不同亲和性授粉、授粉后不同时间的雌蕊转录组测序数据,结合相关文献搜索,共选取12个候选内参基因;以平欧杂种榛主栽品种‘达维’的盛花期雌蕊、未伸长期雄花序、幼嫩叶片、花粉、一年生枝形成层、嫩茎、根尖、根蘖等8个不同组织器官为研究材料;通过反转录PCR初筛,实时荧光定量PCR检测表达量,并利用ge Norm、Norm Finder、Best Keeper、Delta Ct程序和Ref Finder在线网站评价内参基因的稳定性。【结果】反转录PCR初筛表明,12个候选内参基因引物的特异性良好,Cha STP5和Cha TF在不同组织器官材料中表达存在明显差异,其余候选内参基因在8个组织中均有表达。实时荧光定量PCR的表达谱分析表明,Ch18S r RNA的表达量最高,Cha STP5表达量最低,其余10个候选内参基因均为中等表达量;Cha STP5和Cha TF的稳定性最差,其余10个候选内参基因的稳定性处于中等水平。ge Norm、Norm Finder、Best Keeper和Delta Ct的结果表明,Cha Actin均排名第一,为最稳定的内参基因,Ch18S r RNA的排名均在前五,而其他候选内参基因在不同程序分析结果中的排名存在差异。稳定性综合分析表明,Cha Actin和Ch18S r RNA的稳定性良好,即在8个不同组织器官中表达量均一且在4个稳定性分析程序中均排名靠前,适合作为内参基因;ge Norm程序的变异系数分析则表明,选取6个内参基因便可对RT-q PCR的数据进行精准的标准化处理;相关性分析表明,4个程序均在0.01水平上呈现显著的相关性,Norm Finder和Delta Ct程序的相关性最高,Delta Ct与Best Keeper的相关性最低。【结论】建立了平欧杂种榛实
- 杨丹李清王贵禧马庆华朱利泉
- 关键词：平欧杂种榛实时荧光定量PCR内参基因稳定性
- 平欧杂种榛钙调蛋白基因ChaCaM的克隆与表达分析被引量：1
- 2018年
- 以平欧杂种榛(Corylus heterophylla×C.avellana)品种‘达维’为材料,基于转录组测序数据,利用RACE技术克隆钙调蛋白基因,通过生物信息学进行序列预测分析,并利用实时荧光定量PCR技术分析其在不同组织和自交不亲和授粉后不同时间雌蕊中的表达模式。克隆获得一个钙调蛋白基因序列,命名为ChaCaM(Gen Bank登录号:KY211037),其开放阅读框为450 bp,编码149个氨基酸,分子量16.8476 kD。生物信息学分析表明,ChaCaM为酸性稳定蛋白,属于疏水性蛋白,无跨膜域和信号肽存在,主要定位于细胞质基质中,存在糖基化和磷酸化位点。序列分析表明,ChaCaM包含两个EFh结构域,与其他物种的CaM高度相似。系统进化树表明,ChaCaM与烟草、可可和萝卜等的CaM亲缘关系极近,聚类在同一分支下。基因表达分析表明,ChaCaM在平欧杂种榛不同组织中的表达具有差异,且在自交不亲和授粉后的雌蕊中具有明显的表达量变化。ChaCaM具有典型的钙调蛋白基因特征,主要定位于细胞质基质中;表现为组成型表达,推测其参与了榛属植物的自交不亲和反应。
- 杨丹杨丹李清朱利泉赵天田王贵禧梁丽松
- 关键词：平欧杂种榛钙调蛋白基因自交不亲和生物信息学分析
- 红豆杉总RNA提取方法的比较被引量：6
- 2019年
- 为了确立红豆杉总RNA的最适提取方法,本研究以南方红豆杉嫩叶和曼地亚红豆杉愈伤组织为材料,比较了改良十六烷基三甲基溴化铵(Hexadecyl trimethyl ammonium bromide,CTAB)法、试剂盒法和Trizol法提取总RNA的效果。分别采用紫外分光光度计、凝胶电泳、传统m RNA差异显示技术(differential display of reverse transcriptional PCR,DDRT-PCR)和实时定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)等技术,测定三种方法提取叶片和细胞系总RNA的浓度、纯度和完整性。结果表明,试剂盒法和改良CTAB法均可以从两种材料中获得较好的提取效果,无RNA降解。相比较而言,CTAB法提取红豆杉愈伤组织和嫩叶总RNA质量最好,浓度较高,OD260/OD280分别为2.44、2.21,OD260/OD230分别为2.11、2.10,浓度分别为621.77 ng/μL、521.10 ng/μL;试剂盒法提取愈伤组织和嫩叶总RNA的OD260/OD280分别为1.98、0.73,OD260/OD230分别为2.15、1.81,浓度分别为609.95 ng/μL、381.53 ng/μL;本研究中Trizol法仅可以从愈伤组织中提取出总RNA,并且提取的总RNA略有降解,伴有少量多糖或蛋白污染,测定的OD260/OD280为1.87,OD260/OD230为2.04,浓度为669.07 ng/μL。经DDRT-PCR和qRT-PCR验证,试剂盒法和改良CTAB法提取的总RNA能够直接用于qRT-PCR等相关实验,并为提取高质量红豆杉总RNA提供借鉴和参考。
- 张恺恺李清惠楠陈段芬邱德有杨艳芳
- 关键词：总RNA
