韩兵社
- 作品数：63 被引量：46H指数：4
- 供职机构：上海海洋大学更多>>
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- 相关领域：农业科学生物学医药卫生轻工技术与工程更多>>
- 小鼠M1细胞中ctcf基因的敲降及其对c-myb基因表达的影响被引量：1
- 2019年
- c-Myb转录因子能够调控造血细胞的分化和增殖,其转录调控受到多种机制影响。本实验室前期研究发现在小鼠急性髓系白血病M1(Mouse myeloid leukemia)细胞中CTCF结合在c-myb基因上游调控区域,但是具体机制仍然不清楚。为了探索CTCF对c-myb基因转录调控的影响,本研究设计了针对小鼠ctcf基因的shRNA(Small hairpin RNA)干扰序列,并将其连接到载体pLKO.1中,得到ctcf-shRNA慢病毒干扰载体,测序验证后,与慢病毒包装质粒pCMV-DR8.91、pCMV-VSVG共转染至HEK293T细胞中,经HEK293T细胞包装病毒感染小鼠M1细胞,通过RT-qPCR和Western blotting实验分别检测ctcf基因被干扰后,c-myb基因在mRNA水平和蛋白水平的表达变化。RT-qPCR实验结果表明,含有ctcf-shRNA序列的慢病毒感染M1细胞后,ctcf基因mRNA表达量与对照组相比明显下降,同时检测到ctcf基因被敲降之后,c-myb基因的mRNA表达随之降低,Western blotting实验结果表明,当ctcf基因的表达被干扰之后,c-Myb蛋白的表达也明显下降。本研究发现c-myb基因的表达受到CTCF的调控,为进一步研究c-myb基因的表达调控机制提供实验依据。
- 李小霞李双雪赵丽蓉兰树雨张俊芳张俊芳
- 关键词：C-MYBCTCF小发夹RNA慢病毒
- 斑马鱼hdac10通过促进自噬提高低温胁迫下的细胞存活被引量：1
- 2022年
- 组蛋白去乙酰化酶10(histone deacetylase 10,HDAC10)是一种重要的表观遗传酶,在介导同源重组、调控转录等多种生物过程中发挥作用,然而其在鱼类低温胁迫中的作用尚不清楚。本研究发现低温胁迫下人(Homo sapiens)HEK-293T细胞和斑马鱼(Danio rerio)ZF4细胞中hdac10的表达水平都显著提高。构建了斑马鱼hdac10过表达质粒并转染HEK-293T细胞,Western blot显示外源性斑马鱼hdac10在HEK-293T细胞中成功表达,同时发现hdac10过表达后自噬相关基因BECN1和LC3的mRNA和蛋白水平都显著上调,低温胁迫下过表达外源性hdac10的HEK-293T细胞存活率显著上升(P<0.05),表明低温胁迫下过表达hdac10可以保护HEK-293T细胞。使用表达hdac10-shRNA的慢病毒感染斑马鱼ZF4细胞,RT-qPCR显示ZF4细胞内源性hdac10被显著敲降,hdac10敲降的ZF4细胞中自噬相关基因becn1和lc3的mRNA和蛋白水平都显著下调,低温胁迫下hdac10敲降的ZF4细胞存活率显著下降(P<0.05),表明低温胁迫下hdac10可以保护ZF4细胞。总之,hdac10可以通过上调细胞自噬相关基因的表达来提高细胞在低温胁迫下的存活。本研究为研究鱼类在低温下的抗寒机制提供了科学依据。
- 燕晓霞季涛罗军涛罗军涛陈静张俊芳韩兵社
- 关键词：斑马鱼存活率自噬
- 低温应激压力下斑马鱼细胞ZF4基因组甲基化水平变化分析
- 低温压力会对鱼类造成损伤甚至死亡,为了探讨鱼类低温应激压力下的分子调控机制及表观修饰变化,本实验对斑马鱼（Danio rerio）胚胎成纤维细胞ZF4进行不同程度的低温胁迫（18℃和10℃）,监测其在不同低温胁迫时间下（...
- 侯艳雯韩兵社刘玮姜蓬垒张俊芳
- 关键词：ROSDNA甲基化
- 文献传递
- 斑马鱼细胞冷驯化相关lncRNAs的筛选和功能预测
- 近年来对原本被认为是冗余的长期非编码RNA(lncRNA)的研究越来越热,同时也越来越多的发现lncRNA在多种生物过程中都发挥着重要作用。目前为止,尚没有研究对参与鱼类冷驯化的lncRNA进行鉴定与功能预测。本文通过R...
- 姜蓬垒韩兵社陶筱帆侯艳雯张俊芳
- 关键词：斑马鱼冷驯化
- 文献传递
- 寒冷驯化的斑马鱼细胞通过DNA甲基化调控寒冷诱导基因
- DNA 甲基化是重要的表观调控机制之一,在细胞分化、增殖和死亡等生物学过程中起着重要作用。然而,DNA 甲基化在鱼类寒冷驯化过程中发挥功能的机制尚不清楚。在本研究中,将培养于28℃(正常温度)的斑马鱼(Danio rer...
- 张俊芳李文豪陈作舟韩兵社时应娣许琼琼罗军涛李小霞陈良标
- 关键词：斑马鱼
- 低温对斑马鱼ZF4细胞基因组DNA甲基化水平的影响被引量：3
- 2019年
- 低温压力会导致鱼类生理功能失调、机体损伤甚至死亡,鱼类会产生各种适应性变化来应对低温压力,其中涉及的表观遗传学机制越来越受到重视。为了探讨鱼类低温应激压力下的表观遗传学调控机制,本研究对斑马鱼(Daniorerio)胚胎成纤维细胞ZF4进行短期低温胁迫(18℃处理3d、5d和10℃处理3d、5d)和长期低温胁迫(18℃处理30 d),然后用具有不同甲基化敏感性的同裂酶HpaⅡ和MspⅠ对细胞基因组DNA进行酶切以监测细胞基因组DNA甲基化水平变化。结果显示短期低温胁迫下ZF4细胞生长受到抑制甚至死亡,而经过长期低温胁迫的ZF4细胞对低温压力产生了一定适应性。并且低温胁迫下DNA甲基化水平呈现动态变化,短期低温培养细胞的基因组DNA甲基化水平明显增高,但是长期低温培养细胞的DNA甲基化水平反而下降。此外,研究发现抗氧化剂N-乙酰半胱氨酸(N-acetylcysteine,NAC)或者共济失调–毛细血管扩张突变蛋白(ataxia telangiectasia mutated,ATM)抑制剂KU-55933可以抑制18℃5 d低温处理后的ZF4细胞DNA甲基化水平的增高,说明活性氧(reactive oxygen species,ROS)的产生和ATM的激活介导了DNA甲基化水平的增高。本研究结果显示,短期低温刺激下ZF4细胞ROS的产生导致DNA损伤,激活DNA损伤修复机制,进而导致基因组DNA甲基化水平上升,该研究为后期斑马鱼低温胁迫分子机制的研究奠定基础。
- 侯艳雯刘玮刘玮张俊芳韩兵社
- 关键词：ROSATM
- 低温压力对ZF4细胞组蛋白修饰的影响被引量：1
- 2019年
- 为探索低温压力对斑马鱼细胞组蛋白修饰的影响,建立并优化使用斑马鱼(Danio rerio)成纤维细胞ZF4进行染色质免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation, ChIP)的条件。本研究分别优化了ChIP过程中裂解细胞所使用的NP-40浓度、超声破碎的时间,确定了最佳NP-40浓度为0.2%,超声时间为20 min。利用针对β-actin启动子区域的引物,通过常规PCR初步验证ChIP实验是否成功。琼脂糖凝胶电泳结果显示, IgG组常规PCR产物基本无条带,H3K27me3组条带较暗, H3K4me3和H3K27ac组有较亮条带,初步说明实验可靠。使用正常培养(28℃)与长期低温驯化(18℃, 30 d)的斑马鱼成纤维细胞ZF4作为实验材料,通过优化之后的ChIP技术进行实验。分别使用qPCR和ChIP-qPCR检测低温驯化对肿瘤坏死因子b(tumor necrosis factor b,tnfb)基因表达以及其启动子区域H3K4me3、H3K27ac、H3K27me3的影响。qPCR结果显示tnfb基因经过低温驯化后上调,而ChIP-qPCR结果显示,tnfb基因启动子区域的H3K4me3、H3K27ac富集度也出现升高, H3K27me3没有明显变化,提示低温压力可能通过影响tnfb基因启动子区域的H3K4me3、H3K27ac水平来调控tnfb基因的表达。本研究建立并优化的ChIP实验条件可以用来研究ZF4细胞组蛋白修饰变化,为下一步探索低温压力对斑马鱼细胞全基因组组蛋白修饰的影响奠定基础。
- 姜蓬垒时应娣侯艳雯韩兵社韩兵社
- 关键词：组蛋白修饰
- 一种基于玻璃化法冷冻保存斑马鱼卵母细胞的方法
- 本发明公开了一种斑马鱼卵母细胞冷冻保存技术，包括稀释液配制、抗冻液配制、卵母细胞收集、卵母细胞平衡、卵母细胞分装、降温程序、升温解冻程序、存活率检测等。本发明采用甲醇、二甲基亚砜、蔗糖和褪黑素的复合配方，实现了更好的保存...
- 张俊芳韩兵社蔡心清黄柯嘉张杰
- 一种MYB基因上游34kb区域转录的lncRNA、表达载体及其应用
- 本发明涉及生物技术领域，公开了一种MYB基因上游34kb区域转录的lncRNA，其cDNA核苷酸序列包括SEQ ID No.1所示的序列。该lncRNA能够调控MYB基因的表达及白血病细胞的增殖。过表达会促进MYB基因表...
- 韩兵社张俊芳王玉成李梦佳张泽辉
- 文献传递
- 敲除kdm4ab对斑马鱼低温耐受能力的影响
- 2024年
- 为深入研究kdm4ab基因在鱼类低温胁迫下的作用,以斑马鱼(Danio rerio)为模式生物,利用CRISPR/Cas9基因编辑技术构建kdm4ab^(-/-)斑马鱼品系。RT-qPCR结果显示,与WT斑马鱼相比,kdm4ab^(-/-)斑马鱼的kdm4ab mRNA表达量显著下调(P<0.000 1),而kdm4c的mRNA表达量补偿性增加(P<0.05)。斑马鱼行为轨迹跟踪系统检测发现,18℃低温下kdm4ab^(-/-)斑马鱼幼鱼的最大加速度显著降低(P<0.05)。8℃低温下kdm4ab^(-/-)斑马鱼的半数致死时间(LT50)显著低于WT斑马鱼(P<0.000 1);低温处理后kdm4ab^(-/-)斑马鱼的γH2A.X表达量明显增加,ROS水平升高,即DNA损伤增强。研究表明,敲除kdm4ab基因降低了低温下斑马鱼的耐受能力及运动能力,这为鱼类的低温耐受机制研究提供新思路。
- 张梦冉罗军涛罗军涛张瑶韩兵社
- 关键词：斑马鱼
