阮鹏
- 作品数:3 被引量:6H指数:1
- 供职机构:浙江大学动物科学学院更多>>
- 发文基金:国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域:农业科学环境科学与工程更多>>
- 浙江省3个地方猪种繁殖性状的全基因组关联分析被引量:5
- 2018年
- 本研究使用全基因组关联分析(GWAS)技术对嵊县花猪(SXHZ)、金华猪(JHZ)和淳安花猪(CAHZ)繁殖性状关联性强的SNP位点进行定位,寻找可能影响这些性状的基因。采集SXHZ 114头、JHZ 185头和CAHZ 31头血样制成干血斑样本,提取DNA将质检合格的样品用Illumina平台的GGP Porcine50K SNP芯片作基因型判定。繁殖性状数据来自各取样猪场。对SNP标记和样本进行质控,筛选合适数据作GWAS分析,定位出显著位点,在Ensembl和NCBI上寻找候选基因。结果表明:SXHZ独立GWAS有160个SNPs呈FDR校正水平显著;JHZ独立GWAS有124个SNPs呈FDR校正水平显著;经过META分析得到337个SNPs呈FDR校正水平显著,16个SNPs呈Bonferroni校正染色体水平显著;CAHZ的独立GWAS由于样本量小,初步分析的结果可靠性不高。初步筛选出SXHZ的候选基因为SEMA4D、EYA4、ZC3H12D、BANP、DIP2B和TUSC3;JHZ的候选基因为SPINK14、GRIP1和PPP3CA;META分析得出候选基因PACSIN2、ATP8A2、ZNF32、CTNNA2和FAT1,为进一步筛选繁殖性状的主效基因提供基础和参考。
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- 关键词:繁殖性状GWAS候选基因
- 基于简化基因组测序嘉兴黑猪的遗传多样性分析被引量:1
- 2017年
- 试验评估采集嘉兴黑猪血样89例,其中公猪21例,母猪68例,利用GGRS简化基因组文库技术,共检测出SNP位点108603个,经过滤筛选后共获位点48408个,具有多态性的位点占比为0.99,通过计算得到AR为1.9,HE为0.324,群体内的平均遗传距离为0.136±0.01。
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- 关键词:基因组测序嘉兴黑猪
- 淳安花猪遗传多样性研究
- 引言 淳安花猪属皖浙花猪,是国家级保护猪种,为从分子水平了解淳安花猪群体的保种现状,本研究从淳安县茅山淳安花猪种业有限公司采集了59头淳安花猪,其中公猪9头,母猪50头,采集耳组织样装入盛有乙醇的1.5 ml离心管中运回...
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- 关键词:SNPS