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木姜叶柯SRAP-PCR反应体系优化、引物筛选及验证: 2024年; 【目的】建立一套适用于木姜叶柯SRAP-PCR的最佳反应体系,筛选出应用于木姜叶柯种质资源遗传多样性分析的多态性引物,为后续木姜叶柯保护遗传学研究及其开发利用提供科学依据。【方法】采用单因素试验和正交试验相结合的方法,对SRAP-PCR扩增效果的主要影响因素(模板DNA用量、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶用量和引物浓度)进行优化。利用最佳反应体系筛选出适用于木姜叶柯的SRAP多态性引物。【结果】优化获得木姜叶柯SRAPPCR最佳反应体系(20.00μL):10×PCRBuffer2.00μL,TaqDNA聚合酶1.50U,dNTPs0.25mmol/L,引物浓度0.600μmol/L和模板DNA 30.00 ng。各因素对木姜叶柯PCR扩增效果影响程度排序:引物浓度>dNTPs浓度>Taq DNA聚合酶用量>模板DNA用量。应用优化后的SRAP-PCR最佳反应体系和筛选到的20对多态性引物对3个居群的24个木姜叶柯样本进行SRAP-PCR扩增,结果发现4对SRAP引物从3个野生木姜叶柯居群24个样本中共扩增出38个位点,每对引物平均扩增出9.5个位点,其中多态性位点共21个,多态性比率为55.26%。3个木姜叶柯居群的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性(H')和Shannon’s信息指数(I)分别为1.55、1.30、0.18和0.27,总遗传多样性(Ht)、居群内遗传多样性(Hs)和遗传分化系数(Gst)分别为0.18、0.11和0.36,基因流(Nm)为0.90(<1.00),说明3个居群间存在一定程度的基因交流,但基因交流程度有限。【结论】木姜叶柯SRAP-PCR扩增效果对引物浓度最敏感。建立木姜叶柯的SRAP-PCR最佳反应体系和筛选到的SRAP引物扩增条带清晰稳定,多态性丰富,能较好地反映出不同木姜叶柯个体和居群间的亲缘关系,可应用于木姜叶柯种质资源的遗传多样性和遗传结构分析。; 罗超颖严武平汪玉玲王梦醒彭莎廖红程建峰; 关键词：SRAP-PCR 引物筛选

雷公笋SRAP-PCR体系建立及有效引物筛选被引量：1: 2023年; 为构建雷公笋最佳SRAP-PCR反应体系以及评价并筛选雷公笋SRAP引物的有效性,本研究通过单因素试验和正交试验相结合的方法,对模板DNA、dNTPs、引物及Taq DNA聚合酶4种影响雷公笋SRAP-PCR扩增结果进行分析。单因素试验结果表明:雷公笋基因组DNA浓度越高扩增效率越好,低浓度d NTPs利于扩增产物,而Taq DNA聚合酶和引物扩增高效率偏于中高浓度。正交试验结果表明:各因素对海南雷公笋SRAP-PCR扩增影响大小先后顺序分别为:引物=dNTPs>模板DNA>TaqDNA聚合酶;最优总体系为25μL时,4种影响扩增效率的因素最佳用量各为:模板DNA 100 ng、TaqDNA聚合酶6.40 U、dNTPs浓度0.12 mmol/L、引物浓度2.0μmol/L。利用SRAP-PCR最佳反应体系,从100对SRAP引物对中筛选出30对条带清晰的多态性引物,多态性比率平均值达到48.77%。研究结果可为海南雷公笋的遗传多样性分析、种质资源鉴定等研究提供参考依据。; 谢秋霞孙秀秀王春梅夏腾飞郑道君郑道君陈加利冯依欣任家乐王健; 关键词：SRAP

蜡梅SRAP-PCR反应体系的建立: 2022年; 本文通过综述前人对SRAP-PCR技术的研究,将该混合体系中的DNA模板、引物、Taq酶、dNTPs、镁离子的不同浓度作为试验反应因子在4个水平下进行单因子控制试验,分别确定5个因子在SRAP-PCR反应中的最适浓度,最终构建出蜡梅的最佳反应体系。经过综合比较和分析,蜡梅的最优反应试验体系,即在30μL的总含量下,加入150ng的模板、2.20mmol·L^(-1)的Mg^(2+)、1.8mmol·L^(-)的dNTPs、1.5mmol·L^(-)的引物和1.8U的Taq酶。本文建立的蜡梅SRAP-PCR最优反应体系,为进一步开展蜡梅遗传多样性的深入研究奠定了基础。; 步洪凤顾振华张文斗李达; 关键词：蜡梅 SRAP 单因子试验 PCR

高丹草SRAP-PCR反应体系优化及验证被引量：2: 2022年; 【目的】筛选高丹草SRAP-PCR反应的最佳体系。【方法】采用单因素和正交试验设计相结合的方法,对影响高丹草SRAP-PCR反应体系的5个因素(dNTP、DNA、引物、Taq DNA聚合酶、Mg^(2+))进行优化;并对高丹草SRAP-PCR优化体系进行验证。【结果】高丹草SRAP-PCR的最佳反应体系为:dNTP浓度275μmol/L、模板DNA浓度3.0 ng/μL、引物浓度1.1μmol/L、Taq DNA聚合酶用量1.00 U、Mg^(2+)浓度2.25 mmol/L,用ddH_(2)O补足至20μL。【结论】筛选出的SRAP-PCR最佳体系扩增条带数目多、多态性丰富、重复性好。; 石悦刘拴成房永雨丁海君吕二锁路玉红; 关键词：高丹草 SRAP-PCR 正交试验设计

中国水仙SRAP-PCR反应体系的建立及应用: 2022年; 中国水仙Narcissus tazetta var.chinensis为多年生球根花卉,主要栽培品种有‘金盏银台’和‘玉玲珑’。通过正交试验建立适合中国水仙的SRAP-PCR体系:dNTPs 0.1 mmol/L,模板DNA 80 ng,Mg2+1.875 mmol/L,引物各0.15 mmol/L,Taq pol 2.5 U。100对引物对中有20对引物扩增出35条多态性条带,多态性比率为16.06%。二者亲缘关系分析结果遗传距离为0.185,遗传相似系数为0.835。说明SRAP分子标记技术可以用于近缘种的遗传关系分析。; 朱旸田奇琳李岩陆銮眉; 关键词：中国水仙 SRAP

独脚金SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选被引量：2: 2022年; 为建立适用于独脚金的SRAP-PCR反应体系并筛选扩增条带丰富的引物组合,本研究以独脚金基因组DNA为模板,采用单因素分析法对影响SRAP-PCR反应的5个主要因素dNTP浓度、Taq酶浓度、Mg^(2+)浓度、引物浓度、DNA浓度进行优化;并利用优化的反应体系对引物进行筛选。结果表明,独脚金SRAP-PCR最优反应体系为10μL,其中dNTP 0.06 mmol/L,Taq酶0.3 U,Mg^(2+)2.0 mmol/L,引物1.0μmol/L,DNA 25 ng,10×PCR Buffer 1μL;利用该体系从95对引物中共筛选出扩增条带清晰、稳定、丰富引物组合39对。本研究所优化的反应体系和筛选的引物组合为后续独脚金种质资源遗传多样性研究奠定有力基础。; 胡小虎陈柯欣郭艺鹏刘秦耿晓珊方振名卢恩科周碧莹姚贤秋黄龙娣刘强; 关键词：SRAP-PCR 引物筛选

油莎豆SRAP-PCR体系优化及遗传多样性分析被引量：3: 2022年; 以16份油莎豆种质资源为材料,用改良的CTAB法提取基因组DNA,利用单因素试验和正交试验研究引物浓度、混合酶体积和DNA模板含量3个因素对油莎豆SRAP-PCR扩增结果的影响,以优化其SRAP-PCR体系,并对供试油莎豆种质材料的遗传多样性进行分析。结果表明,混合酶体积对SRAP-PCR反应体系影响最大,引物浓度影响最小;油莎豆SRAP-PCR总体系为15μL时,引物浓度为0.5μmol/L、混合酶体积为10.5μmol/L、DNA模板含量为80 ng的扩增效果最佳。利用最佳扩增体系,从102对引物组合中筛选出30对多态性引物,共扩增出289个多态性位点,平均多态性比率为92.82%。进一步对16份油莎豆种质的遗传多样性进行分析,结果显示其遗传一致度范围为0.60~0.93,遗传距离范围为0.07~0.40,表明供试油莎豆种质资源的遗传背景差异较小;UPGMA聚类结果表明,油莎豆种质资源亲缘关系受油莎豆品种特性和地域的影响。本研究结果可为油莎豆种质资源的多样性评价及鉴定提供方法和技术,并为其遗传育种提供依据。; 赵琦琦郭玉静于梦斐王颖高文伟张斌; 关键词：油莎豆 SRAP-PCR

文昌锥SRAP-PCR体系优化及有效引物筛选被引量：4: 2021年; 通过单因素试验和正交试验相结合,分析DNA、引物、dNTPs、Taq DNA聚合酶4种因素对文昌锥SRAP-PCR扩增结果的影响,优化建立文昌锥SRAP-PCR体系。结果表明:文昌锥基因组DNA浓度和dNTPs浓度过低或过高均扩增不出产物,而引物浓度和Taq酶用量的增加能提高扩增效率。在适宜浓度范围内,各个因素对文昌锥SRAP-PCR扩增影响大小依次为:引物=dNTPs>Taq酶>DNA;最优反应体系为:总体系为20μL时,DNA 20 ng,引物0.6μmol/L,dNTPs0.15 mmol/L和Taq酶4 U。经验证,该体系获得的扩增产物清晰、稳定;筛选获得45对有效性引物组合多态性好,可应用于SRAP分子标记技术在文昌锥资源研究。; 孙秀秀陈加利杨立荣云勇戚华沙郑道君; 关键词：SRAP 引物

宽叶缬草SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选被引量：4: 2021年; 目的:建立宽叶缬草的相关序列扩增多态性(SRAP)-聚合酶链式反应(PCR)反应体系,为宽叶缬草良种选育提供理论和技术基础。方法:采用单因素试验考察Taq Mix用量,Mg^(2+)浓度,模板DNA浓度,Taq DNA聚合酶浓度对宽叶缬草SRAP-PCR扩增结果的影响,以此为基础进行正交试验,优化宽叶缬草SRAP-PCR反应体系,并在最优反应体系条件下筛选可用于宽叶缬草遗传多样性研究的有效引物。结果:单因素实验结果表明Taq Mix用量为8~11μL时扩增效果较佳;加入低浓度Mg^(2+)可获得较佳扩增效果;中低浓度模板DNA用量可提高扩增效果;加入少量Taq DNA聚合酶可增加扩增结果丰富度。正交实验结果表明各因素对宽叶缬草SRAP-PCR扩增结果的影响程度大小依次为Taq Mix用量>Taq DNA聚合酶加入量>Mg^(2+)加入量>模板DNA用量。适于宽叶缬草的最优反应体系为Taq Mix 11μL,模板DNA 30 ng,Mg^(2+)0.025 mmol·L^(-1),Taq DNA1.5 U,正向引物与反向引物各5μmol·L^(-1),用双蒸水补足体系至20μL。最优退火温度为36.8℃。应用最优体系从88对引物中筛选出17对适用于宽叶缬草SRAP-PCR的条带清晰、多态性较高的有效引物。结论:建立的宽叶缬草SRAP-PCR反应体系稳定性良好,可用于宽叶缬草遗传多样性研究。; 梁芳瑜何茂秋徐昌艳杨小生杨娟罗忠圣覃容贵; 关键词：宽叶缬草引物筛选正交试验设计

云南栘[木衣]SRAP-PCR反应体系的建立及引物筛选被引量：7: 2021年; 【目的】建立云南栘[木衣]SRAP-PCR最佳反应体系并筛选SRAP-PCR多态性引物组合。【方法】以木里、澜沧和盈江3个天然群体的云南栘[木衣]嫩叶为试验材料,采用改进后的CTAB法提取云南栘[木衣]基因组DNA。利用L16(45)的正交设计对Taq DNA聚合酶、Mg^(2+)、dNTPs、模板DNA及引物5种因素进行优化,建立云南栘[木衣]SRAP-PCR最佳反应体系,并从100对引物组合中筛选SRAP-PCR多态性较高的引物组合。【结果】云南栘[木衣]SRAP-PCR最佳反应体系(25μL):Taq DNA聚合酶0.5 U,Mg^(2+)2.5 mmol/L,dNTPs 0.25 mmol/L,模板DNA 80 ng,引物0.8μmol/L。各因素对云南栘[木衣]SRAP-PCR反应体系的影响由小到大排列为:dNTPs<模板DNASRAP-PCR体系,为后续云南栘[木衣]遗传多样性的研究提供支持。; 陈璨石辰王大玮彭劲谕段安安; 关键词：SRAP标记引物筛选

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