您的位置： 专家智库
>
机构详情>
清华大学生命科学学院生物信息学教育部重点实验室
清华大学生命科学学院生物信息学教育部重点实验室
- 作品数：29 被引量：104H指数：5
- 相关作者：向书念周雪崖张浩文杨禹丞李宇超更多>>
- 相关机构：天津中医学院中医药研究中心湖南大学生物学院中国科学院生物物理研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生轻工技术与工程农业科学更多>>
- 水稻独脚金内酯信号感知的激活和终止
- 2024年
- 独脚金内酯(strigolactone,SL)是调控植物分枝等重要生长发育过程的新型植物激素。水稻(Oryza sativa)中SL受体D14感知SL信号,结合F-box蛋白D3并招募转录抑制子D53,诱导D53泛素化降解,从而触发信号传递、抑制分蘖。最近的一项研究发现,低氮信号诱导D14的N端无序区(NTD)特异位点发生磷酸化修饰,造成D14的泛素化降解减弱,从而增强SL信号通路。此外,低氮信号本身可以诱导SL合成,通过这两种机制的协同作用强化SL信号转导,从而强烈抑制分蘖,使水稻适应低氮逆境。该研究还发现,SL诱导的D14-D3相互作用也促进了D14的泛素化降解,从而介导SL信号感知的终止。这些重要发现阐明了水稻中SL信号感知的激活和终止机制,揭示了SL信号在控制水稻分蘖以适应低氮逆境中的重要作用,为理解植物如何适应营养匮乏等外界环境变化提供了新的重要见解,对作物株型的精准改良以及减肥增产水稻分子设计育种具有重要指导意义。
- 姚瑞枫谢道昕
- 关键词：水稻磷酸化泛素化
- 通过系统分析揭示组蛋白修饰模式与转录因子结合之间的关联(英文)
- 2013年
- 转录因子对顺势调控元件的选择性结合,在哺乳动物细胞类型特异的基因表达中扮演重要的角色.这个过程受到染色质表观遗传状态的潜在调控.近期,染色质免疫共沉淀结合测序的研究提供了大量泛基因组水平的数据,阐述转录因子结合以及组蛋白修饰的位点,这为系统地研究转录因子和表观遗传标记之间的空间及调控关系提供了基础.该研究对公共数据库中的染色质免疫共沉淀结合测序数据进行整合分析,涉及5个细胞系中的85种转录因子、9种组蛋白修饰,目的是研究转录因子结合位点与组蛋白修饰模式以及基因表达在泛基因组水平上的关联.作者发现,不同转录因子与组蛋白修饰的共定位模式高度一致,并且组蛋白修饰在距离转录因子结合位点约500碱基对的位置富集.作者还发现,转录因子结合位点的占有率与活性组蛋白修饰的水平和双峰模式正相关,并且启动子区域组蛋白修饰的双峰和共定位模式和基因的高转录水平相一致.组蛋白修饰模式、转录因子结合位点的占有率与基因转录之间的关联暗示了细胞可能利用的基因表达调控机制.
- 李雯李文婷曹书娟余文祥李文杰戴俊彪孙之荣
- 关键词：转录因子系统生物学
- 独脚金内酯信号途径的新发现——抑制子也是转录因子被引量：9
- 2020年
- 植物激素信号传导途径中的抑制子(repressor)DELLA、AUX/IAA、JAZ和D53/SMXL均结合下游转录因子并抑制其转录活性,从而阻遏激素响应基因的表达;激素分子则激活信号传导链降解抑制子、释放转录因子,从而诱导响应基因表达并介导相应的生物学功能。中国科学院遗传与发育生物学研究所李家洋研究团队最新的研究发现,独脚金内酯(SL)信号途径中的SMXL6、SMXL7和SMXL8是具有抑制子和转录因子双重功能的新型抑制子,他们还通过研究SL转录调控网络发现了大量新的SL响应基因,揭示了SL调控植物分枝、叶片伸长和花色素苷积累的分子机制。这些重要发现为探索植物激素作用机理提供了新思路,具有重要科学意义和应用前景。
- 姚瑞枫谢道昕
- 关键词：植物激素抑制子转录因子负反馈调节
- 一种基于二代测序辨识短串联重复序列长度变异的新方法及其在人类遗传疾病研究中的应用（英文）
- 2016年
- 二代测序技术的涌现推动了基因组学研究,特别是在疾病相关的遗传变异研究中发挥了重要作用.虽然大多数遗传变异类型都可以借助于各种二代测序分析工具进行检测,但是仍然存在局限性,比如短串联重复序列的长度变异.许多遗传疾病是由短串联重复序列的长度扩张导致的,尤其是亨廷顿病等多种神经系统疾病.然而,现在几乎没有工具能够利用二代测序检测长度大于测序读长的短串联重复序列变异.为了突破这一限制,我们开发了一个全新的方法,该方法基于双末端二代测序辨识短串联重复序列长度变异,并可估计其扩张长度,将其应用于一项基于全外显子组测序的运动神经元疾病临床研究中,成功地鉴定出致病的短串联重复序列长度扩张.该方法首次原创性地利用测序读长覆盖深度特征来解决短串联重复序列变异检测问题,在人类遗传疾病研究中具有广泛的应用价值,并且对于其他二代测序分析方法的开发具有启发性意义.
- 严章明王瑶刘珂向书念孙之荣
- 关键词：短串联重复序列运动神经元疾病
- 丹参、三七不同配比的多目标模糊优化研究
- 目的：针对方剂配伍研究中最优剂量配比的分析和预测，对丹参、三七7种不同剂量组合治疗实验性急性心肌缺血犬的数据进行处理，从而建立了一种适用于方剂最优剂量配比分析的综合评价方法。方法：采用多目标优化、模糊综合评判方法。结果：...
- 商洪才李梢高秀梅张伯礼王永炎
- 关键词：丹参多目标优化模糊综合评判
- 文献传递
- 转录因子结合位点的计算分析方法被引量：11
- 2008年
- 基因组上众多基因和非编码转录体按照特定的规律有序地表达是细胞正常生命活动的基础。转录调控是基因表达调控的关键步骤,转录因子结合在基因启动子序列中的转录因子结合位点,启动基因的转录和控制基因的转录效率。分析转录因子结合位点对研究基因调控系统有着重要意义,生物信息学在转录因子结合位点的研究中发挥着关键的作用。文章综述了分析蛋白质编码基因的转录因子结合位点的典型流程,总结了主要的算法、软件和资源,并简要评述了目前非编码RNA转录调控的研究现状。
- 李婷婷蒋博汪小我张学工
- 关键词：转录因子结合位点模体识别生物信息学
- 通过赝反伽伐尼反应实现金纳米粒子模块替换被引量：5
- 2020年
- 通过可控的方式精确调控纳米粒子的结构仍是一个富有挑战性和鼓舞人心的课题.尽管单原子或两、三个金属原子的精细调控已经在金纳米粒子中实现,涉及三个以上金属原子的取代(模块取代)还没有报道.本工作报道了环己硫醇配体保护的Au_(48)(CHT)_(26)的合成及其通过赝反伽伐尼过程的模块取代.单晶结构揭示模块取代的产物与母体团簇共用一个相似的Au_(31)(CHT)_(12)主体,但剩余部分不同(Au_6(CHT)_(11)vs.Au_(16)(CHT)_(14)).一个有趣的发现是模块取代抑制了Au_(48)(CHT)_(26)的光热过程,却增强了它的发射,赋予了所合成团簇更好的双(多)功能应用潜力.光热效应的减弱和发射的增强也暗示了这两种作用能够彼此至少部分转化,对于研究这两种效应之间的相互影响也具有重要的启示.
- 金凤鸣董宏伟赵燕庄胜利廖玲文闫楠古万苗查珺查珺李进邓海腾甘自保杨金龙伍志鲲
- 关键词：荧光
- 非编码RNA的生物信息学研究方法:RNA结构预测及其应用被引量：5
- 2014年
- 近10多年来的研究逐步揭示了RNA的各种生物学功能。RNA不仅是信息从DNA传递到蛋白质的中间体,还直接参与基因沉默、表观遗传学修饰等生物学过程。单链的RNA在体内通过碱基配对折叠成一定的二级结构。介绍了现在预测RNA二级结构的主要算法及其应用,其中包括基于热力学、同源比对和统计学习的各种算法,以及如何引入实验数据辅助预测。二级结构预测算法被广泛用于寻找RNA功能单元和预测新非编码RNA等各种问题。如何利用高通量实验数据帮助结构预测,探索长非编码RNA功能,研究RNA与蛋白质相互作用,是RNA二级结构预测算法和应用的一些前沿方向。
- 张浩文杨禹丞鲁志
- 关键词：RNA二级结构预测自由能非编码RNA
- 慢性乙型肝炎患者肝胆湿热证和肝郁脾虚证的决策树诊断模型初探被引量：32
- 2009年
- 目的建立基于临床数据的慢性乙肝患者典型证候的诊断模型,探索与慢性乙肝典型证候相关的症状、体征和实验室指标组合。方法对1004例慢性乙肝患者进行证候学调查和实验室检测,包括88项症状、舌脉象、20项体征和14项实验室指标。然后选取典型证候的临床数据,联合采用Logistic回归、决策树、贝叶斯网络方法进行数据分析,构建能够有效区分不同证候的诊断模型。结果1004例慢性乙肝患者中最为典型的证候为肝胆湿热证(340例,占33·86%)与肝郁脾虚证(366例,占36·45%)。首先采用Logistic回归分析得到具有统计学意义的16项症状与体征及3项实验室指标,然后采用决策树方法构建能够区分肝胆湿热证、肝郁脾虚证的诊断模型(辨证诊断准确率=74·36%),发现苔白、淡红舌、巩膜黄染、两目干涩、丙氨酸转氨酶(ALT)和HBeAg是鉴别两证型的有效指标组合。采用贝叶斯网络分析的结果也验证了上述指标的重要性。结论本文建立了一种能够有效判别慢性乙肝患者肝胆湿热证、肝郁脾虚证的决策树诊断模型,为将基于经验的中医辨证转向基于数据模型的辨证提供了方法,有助于促进证候的客观化诊断。
- 李梢张宁波李志红丁皓叶永安
- 关键词：慢性乙型肝炎决策树中医证候
- CHIP对BMP信号通路的双重抑制作用
- 转化生长因子-β(TGF-β)信号通路调节包括细胞生长、分化、凋亡和发育在内的多种细胞应答活动。大量研究表明,Smad蛋白是介导TGF-β胞内信号传导的关键分子,所以TGF-β信号的终止可以通过下调Smad蛋白水平实现。...
- 王乐郝蕊王志新吴嘉炜
