董秋芬
- 作品数：7 被引量：93H指数：5
- 供职机构：广东海洋大学水产学院更多>>
- 发文基金：广东省重大科技兴海项目广东省科技计划工业攻关项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 青石斑鱼微卫星的筛选与9种石斑鱼遗传多样性的微卫星研究
- 本文筛选和分析了青石斑鱼(Epinephelus awoara)基因组DNA中的微卫星序列，并根据微卫星序列设计微卫星引物研究了青石斑鱼、蜂巢石斑鱼(E. merra)、鲑点石斑鱼(E.fario)、黑边石斑鱼(E.fa...
- 董秋芬
- 关键词：青石斑鱼基因组文库微卫星标记
- 文献传递
- 9种石斑鱼遗传多样性和系统发生关系的微卫星分析被引量：26
- 2007年
- 利用实验室克隆的13个青石斑鱼微卫星分子标记,对中国南海海域9种石斑鱼（青石斑鱼、蜂巢石斑鱼、鲑点石斑鱼、黑边石斑鱼、鞍带石斑鱼、赤点石斑鱼、七带石斑鱼、斜带石斑鱼和棕点石斑鱼）进行了遗传多样性和系统发生关系的分析。研究结果显示,13个微卫星标记共检测到了84个等位基因,9种石斑鱼中的平均等位基因数、平均多态信息含量（PIC）、平均观测杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）和平均Hardy-Weinberg遗传偏离指数（D）分别在2.69-5.38、0.1976-0.4267、0.4615-0.6239、0.3510-0.4754和0.1097-0.2836之间变动,说明9种石斑鱼的遗传多样性都处于中等水平。用NJ法进行聚类分析的结果将9种石斑鱼分为3个支系：斜带石斑鱼、棕点石斑鱼和鞍带石斑鱼为第1支;青石斑鱼、赤点石斑鱼和七带石斑鱼为第2支系;蜂巢石斑鱼、黑边石斑鱼和鲑点石斑鱼为第3支系,该支系与第2支系的关系较近。本研究支持将宽额鲈（鞍带石斑鱼）归入石斑鱼属。
- 董秋芬刘楚吾郭昱嵩刘丽吴勇
- 关键词：石斑鱼微卫星标记系统发生关系
- 奥尼罗非鱼与星洲银罗非鱼染色体组型的比较研究被引量：4
- 2008年
- 以奥尼罗非鱼(Oreochromis niloticus×O.aureus)和星洲银罗非鱼(Oreochromis sp.)为材料,胸腔注射PHA及秋水仙素溶液,取头肾细胞经空气干燥法制片。经核型分析,奥尼罗非鱼核型公式为2n=44,6sm+28st+10t,NF=50,星洲银罗非鱼核型公式为2n=44,10sm+20st+14t,NF=54。这两种鱼都具有1对特大的染色体,染色体对的相对长度范围也相似,但未发现中部着丝粒染色体对和异型染色体,它们的核型与已报道的亲代相似。
- 刘皓董秋芬黄吉佳林晓坤刘楚吾
- 关键词：奥尼罗非鱼植物血细胞凝集素核型
- 青石斑鱼微卫星标记的筛选及群体多态性分析被引量：10
- 2007年
- 微卫星DNA，又称短串联重复序列（STR）或简单序列重复（SSR），是广泛存在于真核生物基因组中的简单重复DNA片段，一般每个重复单位仅1～6个碱基，重复数为10～20次，其中动物体中以双核苷酸（CA／GT）n最为常见。根据微卫星DNA核心序列两端的保守序列设计引物扩增基因组DNA便可以找到相应的微卫星标记。微卫星标记已广泛应用于人类和动植物遗传育种、遗传图谱绘制、数量性状位点定位、标记辅助选择、遗传多样性评估等方面的研究。
- 董秋芬刘楚吾郭昱嵩刘丽徐田军
- 关键词：青石斑鱼基因组文库微卫星标记
- 基因间隔序列(ITS)在水产动物种质鉴定和遗传多样性分析中的应用被引量：18
- 2006年
- 徐田军刘楚吾刘丽董秋芬杨叶欣
- 关键词：种质鉴定
- 青石斑鱼微卫星DNA标记的筛选及群体遗传多样性分析被引量：32
- 2008年
- 以中国南海海域青石斑鱼(Epinephelus awoara)为材料,构建青石斑鱼小片段部分基因组DNA文库。以M13通用引物和设计合成的微卫星核心序列引物(CA)15,用PCR法对文库进行筛选,共获得96个微卫星序列,分别分布于28个阳性重组克隆中,其中perfect(完美型)共39个(占40.6%),imperfect(非完美型)30个(占31.3%),compound perfect(混合完美型)7个(占7.3%),compound imperfect(混合非完美型)20个(占20.8%)。同时发现(CA/GT)n序列在青石斑鱼的基因组DNA中含量非常丰富。根据微卫星侧翼序列设计28对引物扩增青石斑鱼基因组DNA,有26对引物能扩增出目的片段,选用其中13对多态性稳定的引物对19尾青石斑鱼进行遗传多样性分析。结果显示,13个位点共检测到48个等位基因,平均观测杂合度(Ho)为0.5982,平均期望杂合度(He)为0.5080,平均多态信息含量(PIC)为0.4722,平均Hardy-Weinberg遗传偏离指数(D)为0.1503。实验初步表明中国南海海域青石斑鱼的遗传多样性较为丰富,但在某种程度上受到了人为的干扰。
- 刘丽刘楚吾郭昱嵩董秋芬徐田军
- 关键词：青石斑鱼基因组文库微卫星标记
- 笛鲷属(Lutjanus)鱼类线粒体16S rRNA基因序列比较及系统学分析被引量：10
- 2009年
- 对笛鲷属9种鱼的线粒体DNA16S rRNA基因片段进行了PCR扩增,扩增产物经纯化后测序,得到了长度为561bp的分析序列。结合GenBank中的另外9种笛鲷的16S rRNA同源序列计算得出A、T、G、C的含量平均为28.5%、22.1%、23.6%和25.8%,AT含量稍高于GC含量,18种笛鲷碱基组成差异不大。利用MEGA3.1软件对所得序列进行比对后检测到72个变异位点,其中包括简约信息位点44个,在变异位点中75.61%的碱基替换是由于发生了转换,转换/颠换平均为3.1︰1。计算了种间的遗传距离,结果表明,序列差异在0.0193-0.0680之间,其中勒氏笛鲷和金焰笛鲷、勒氏笛鲷和金带笛鲷的序列差异最小,而红鳍笛鲷和金焰笛鲷、红鳍笛鲷和画眉笛鲷的序列差异最大。选用高体四长棘鲷(Argyrops spinifer)为外群,利用NJ法构建了分子系统树,结果表明:本研究中的9种南海笛鲷与其它9种笛鲷进化关系较远;并且南海9种笛鲷相互之间仍然保持着着相对较远的遗传距离,遗传多样性较好。
- 刘楚吾徐田军刘丽郭昱嵩董秋芬
- 关键词：笛鲷属分子系统学
