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局部晚期直肠癌新辅助化放疗病理学缓解的预测基因分析被引量：1: 2019年; 目的局部晚期直肠癌仅10%~30%的患者显示出病理完全缓解。文中利用基因表达谱分析预测局部晚期直肠癌新辅助化放疗(NCRT)病理学缓解的基因标签。方法从GEO数据库中筛选具有新辅助化放疗后病理学缓解分级的局部晚期直肠癌基因表达谱数据,并获得4个数据集GSE35452、GSE46862、GSE68204和GSE53781。合并前3个数据集并对批次效应校正后分为训练集(n=121)和内部验证集(n=53),最后1个作为外部验证集(n=26)。训练集中单因素Logistic和t检验筛选与病理学缓解相关基因(未多重校正P<0.05),并按P值排秩。取P<0.05所有基因纳入LASSO算法,取前50个基因纳入SVM算法构建预测模型,并在对应的验证集中验证。反复随机取样500次以判断标签基因和模型的稳定性。取LASSO算法纳入模型次数最多的21个基因作为构建预测模型的候选基因,分别以在174例合并数据集或外部独立验证集中的Logistic回归系数与表达值乘积和作为放化疗敏感指标进行验证。在 174例合并数据集中分析 NCRT缓解组与未缓解组间差异表达基因和调控网络。结果 GSE35452、GSE46862和 GSE68204数据集共 12 803个基因纳入分析。LASSO 算法在内部验证集中诊断病理学缓解的准确性、特异性和灵敏度分别为 0.523(95% CI: 0.396~0.642)、0.578(95% CI: 0.373~0.762)、0.464(95% CI: 0.258~0.700)。SVM 法在内部验证集中的诊断准确性、特异性和灵敏度分别为 0.504(95% CI: 0.377~0.623)、0.596(95% CI: 0.393~0.830)、0.405(95% CI: 0.182~0.650)。21 基因放化疗敏感指标对 174 例合并数据集和外部独立验证集的病理学缓解诊断的 AUC 分别为0.863 (95% CI: 0.811~0.912)和 0.925 (95% CI: 0.817~1.000)。结论由于个体间肿瘤异质性的影响,基于特定人群基因表达构建的新辅助放化疗缓解预测模型在不同人群中效能较低。调控网络分析表明参与直肠癌浸润、转移以及干性转化的机制可能介导了直肠癌; 代佳佳肖何张琴李松霖陈川王阁; 关键词：局部晚期直肠癌

RAI16基因真核表达载体的构建及在HepG2中的表达被引量：2: 2009年; 目的构建人视黄酸诱导蛋白16(retinoic acid induced 16,RAI16)与增强型绿色荧光蛋白(enhanced greenfluorescent protein,EGFP)的融合基因真核表达载体pEGFP-C1-RAI16,使RAI16-EGFP融合蛋白在人肝癌细胞株HepG2中得到表达。方法采用PCR技术,从含有目的基因的质粒克隆模板中钓取并扩增出RAI16全长编码基因,构建RAI16与EGFP的融合基因真核表达载体pEGFP-C1-RAI16,用脂质体转染技术将pEGFP-C1-RAI16导入HepG2,激光共聚焦分析RAI16亚细胞定位及Western blot检测RAI16-EGFP融合蛋白的表达。结果经转化细菌、抽提质粒、酶切鉴定和DNA序列分析证实,RAI16基因已正确插入pEGFP-C1中EGFP基因的下游,获得融合基因表达载体pEGFP-C1-RAI16。将pEGFP-C1-RAI16导入HepG2细胞24 h后,激光共聚焦分析显示RAI16-EGFP融合蛋白主要表达于细胞质内。Western blot结果显示,转染pEGFP-C1-RAI16 24、48 h和72 h后,RAI16基因在蛋白水平的表达逐渐增高,而AFP的表达逐渐下调。结论成功构建了真核表达载体pEGFP-C1-RAI16,并在HepG2细胞中进行了表达。; 雒喜忠王阁郑继军陈川张志敏李琼许文胡庆王东李增鹏; 关键词：融合蛋白增强型绿色荧光蛋白 HEPG2细胞

血清多肿瘤标志物联合检测对胰腺癌的诊断价值被引量：4: 2012年; 目的探讨多肿瘤标志物(TM)联合检测对胰腺癌诊断的价值。方法应用蛋白芯片检测技术检测265例胰腺癌患者、81例胰腺良性病变患者以及120例健康体检者血清中CA199、CEA、CA242、FER、β-HCG、AFP、CA125、CA153、NSE、f-PSA、PSA、HGH共12项TM。结果胰腺癌组中CA199、CEA、CA242、β-HCG、AFP、CA125、CA153的阳性率均明显高于其他两组(P<0.05),FER、PSA的阳性率明显高于健康组(P<0.05),其余3项TM与其他两组比较变化均不显著(P>0.05)。其中,单项检测CA199敏感性最高(64.53%),CA242特异性最高(98.50%)。综合比较,3项TM(CA199+CA125+CEA)联合检测的敏感性最高(79.25%),特异性较好(87.06%)。结论多TM联合检测可明显提高胰腺癌的诊断率。; 陈洁陈川; 关键词：胰腺癌蛋白芯片肿瘤标志物

PAK4在肝细胞肝癌组织中的表达及其临床意义被引量：2: 2008年; 目的:研究原发性肝细胞肝癌(HCC)组织中磷酸化PAK4(Phospho-PAK4)的表达水平及其临床意义。方法:利用组织芯片技术和免疫组织化学方法检测59例HCC组织和4例正常肝组织中磷酸化PAK4蛋白的表达情况,并分析其与肿瘤大小、分化程度、有无淋巴结转移和TNM分期等临床病理因素之间的关系。结果:59例HCC组织中磷酸化PAK4在肝癌细胞核表达阳性率100.0%,胞浆表达率仅5.1%,其中癌细胞核表达强阳性率32.2%,并与肝癌分化程度的高低、有无淋巴结转移和TNM分期具有明显相关性(P<0.05)。结论:PAK4磷酸化可能是其在HCC的发生发展过程中重要的调控方式之一。; 李琼王阁杨志祥单锦露张志敏陈川许文雒喜忠王东; 关键词：肝细胞肝癌磷酸化免疫组织化学组织芯片

老年食管癌放疗致放射性肺炎死亡1例: 陈川耿明英王阁

APE1在DEN诱导大鼠肝细胞癌形成过程中作用的研究被引量：3: 2008年; 目的:研究DNA损伤修复关键酶脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶(apurinic/apyrimidinic endonuclease 1Aep1)在大鼠肝细胞癌形成过程的动态变化,初步探讨Apel与肝细胞癌发生、发展的关系。方法:采用改良法建立二乙基亚硝胺(diethylnitrosamine,DEN)诱发大鼠原发性肝癌模型应用免疫组化SP法检测Ape1和PCNA在不同诱癌阶段的表达情况。结果:正常大鼠肝脏组织中Ape1呈胞核高表达,在不同诱癌阶段的肝脏组织中Ape1表达特征有所改变,呈核浆共同表达或、单纯胞浆表达;随着诱癌时间的延长PCNA表达逐渐增加。结论:在DEN诱导大鼠肝细胞癌模型的过程的同时Ape1具有表达由核内转向浆内的特征,提示核内DNA损伤修复减少导致基因突变增加,可能是肝细胞癌发生、发展的重要机制之一。; 许文王阁杨志祥陈川张志敏李琼雒喜忠胡庆王东李增鹏; 关键词：二乙基亚硝胺免疫组织化学

REDE-DHPLC检测NSCLC血浆EGFR突变及其临床意义被引量：1: 2016年; 目的探讨酶切富集联合变性高效液相色谱法（REDE-DHPLC）检测非小细胞肺癌（NSCLC）患者外周血表皮生长因子受体（EGFR）突变的临床应用价值。方法采用REDE-DHPLC法对该院收治的403例NSCLC患者血浆EGFR19和21外显子突变状态进行检测，分析突变与基线资料的相关性。其中115例患者同时采用ARMS法对肿瘤组织样本进行突变检测，比较两种方法检测的一致性。结果403例患者血浆样本总突变率为26．3％（106／403）。女性、不吸烟、腺癌及晚期（Ⅲb～Ⅳ）患者血浆EGFR突变率分别显著高于男性、吸烟、非腺癌及早期患者（P〈0．05）。多变量Logistic分析显示性别、吸烟史及组织类型是血浆EGFR突变的独立预测因素（P〈0．05）。115例配对样本中，以组织样本为标准，REDE—DHPLC法检测血浆EGFR突变的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值分别为69．0％、97．3％、93．5％、84．5％，两种检测方法具有较好的一致性（k=0．702）。结论性别、吸烟史及组织类型是NSCLC患者血浆EGFR突变的独立预测因素，REDE—DHPLC法检测血浆EGFR突变敏感度及特异度较高。; 阙丹肖何陈川蓝美玲李建黄环赵莲花肖华亮王阁

原发性肝细胞癌放疗共识中的热点问题被引量：1: 2017年; 肝癌在全球恶性肿瘤发病率中位居第5位,病死率位居第8位。其中约50.0%新发和死亡病例发生在中国。原发性肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）占原发性肝癌的70.0%-85.0%,是其主要病理类型。早期HCC的治疗手段主要为手术和肝移植。在晚期患者中SHARP研究和ORIENTAL研究[1-2]均充分证明了索拉非尼对不同国家地区、不同肝病背景的晚期HCC均具有一定的生存获益。; 陈川王阁; 关键词：放射外科手术图像引导图像配准

视黄酸诱导蛋白16蛋白质结构功能分析被引量：7: 2007年; 目的:分析Tec激酶区作用蛋白视黄酸诱导蛋白16(RAI16)的蛋白质结构和功能信息.方法:利用相应的计算机软件及数据库,对RAI16 cDNA序列进行分析和比较,并对编码的蛋白质氨基酸序列及其二级结构进行分析和预测.结果:RAI16 cDNA序列由2863个核苷酸组成,编码759氨基酸蛋白质,RAI16蛋白包括一段由31个氨基酸组成的信号肽,没有跨膜区,亚细胞定位于内质网上,有多种二级结构形式,为一紧密包裹的球状蛋白质,是一种分泌蛋白,有多个磷酸化和蛋白酶切位点.RAI16蛋白为不稳定蛋白,不稳定系数为53.11.疏水性GRAVY(grand average of hydropathicity)值为-0.136.结论:RAI16蛋白作为一种新的胞内信号蛋白,很可能在肝癌细胞的诱导分化信号转导转录中与Tec协同发挥重要作用.; 王阁邓婧杨进郑继军王红中胡庆张志敏陈川王东李增鹏; 关键词：核苷酸蛋白质结构

MicroRNA在HepG_2肝癌细胞表达差异谱的研究被引量：9: 2007年; 目的建立HepG2人肝癌细胞株与LO2正常肝细胞株microRNA(miRNA)表达的差异谱,为研究miRNA在肝细胞癌变机制中的作用提供新线索。方法体外培养HepG2人肝癌细胞和LO2人正常肝上皮细胞,Trizol法抽提细胞总RNA,Ambion′s miRNA Isolation Kit进一步分离miRNA;利用基因芯片技术,将细胞miRNA与哺乳动物miRNA芯片杂交,采用Lux-Scan3.0图像软件和SAM version 2.1进行数据分析。结果HepG2细胞与LO2细胞表达的miRNA中有146个存在着明显差异(fold change>4.0),其中80个低表达和66个高表达,最高fold change达36倍,部分miRNAs与肿瘤关系密切,其中has-miR-224为肝癌癌变相关miRNA。结论HepG2较LO2细胞miRNA低表达数多于高表达数,反映其基因表达数量更丰富,细胞代谢和增殖更活跃;部分miRNAs可能参与肝细胞癌变分子机制。; 李琼王阁王红中杨志祥单锦露陈川张志敏许文王东李增鹏; 关键词：肝癌细胞

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陈川

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