【目的】对凡纳滨对虾(Lito penaeus vannamei)人工繁育养殖群体进行遗传多样性评价,获得家系间和家系内的差异,为凡纳滨对虾遗传育种工作提供技术支持。【方法】采用AFLP分子标记技术,对抽查的凡纳滨对虾35个家系共计350个样品进行遗传多样性分析,统计多态性条带,应用Popgene Version 1.31、Arlequin Version 3.1、Mega 3.1软件,计算各家系的Shannon指数、遗传分化系数Fst及基因流Nm等遗传参数,采用UPGMA法,根据Nei’s遗传距离绘制家系间的聚类分析图。【结果】筛选的10对选择性引物共扩增出312个可用于分析的位点,其中多态性位点162个,占总标记数的51.92%;凡纳滨对虾各个家系的多态位点百分率和Shannon指数分别为12.50%~32.69%和0.0683~0.1817。所有家系中,有36.38%的变异存在于家系间,有63.62%的变异为家系内的遗传变异,遗传分化系数Fst为0.3638,基因流Nm为0.9372。【结论】凡纳滨对虾群体遗传多样性较为丰富,具备一定的选择潜力,在传代过程中已经形成了各自相对独立的遗传体系,可以根据亲缘关系,选择利用其中的个体作为育种材料。