徐鹏
- 作品数：14 被引量：64H指数：4
- 供职机构：厦门大学海洋与地球学院更多>>
- 发文基金：福建省科技重大专项国家科技支撑计划中央高校基本科研业务费专项资金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学环境科学与工程历史地理更多>>
- 国内虹鳟代表性养殖群体的高通量SNP芯片检测及遗传分析被引量：2
- 2018年
- 本研究旨在对国内虹鳟(Oncorhynchus mykiss)代表性养殖群体开展全基因组水平的遗传评估。利用57K单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,检测了来自不同地域的6个虹鳟养殖群体样本共计48尾,包括黑龙江虹鳟、黑龙江金鳟、四川虹鳟、四川金鳟、北京虹鳟和北京金鳟,共获得有效SNP位点50201个,在中国虹鳟中的多态比例达到97.7%,表明该芯片虽然基于美国和挪威虹鳟群体设计,但对中国群体同样具有良好的适用性。各群体最小等位基因频率均值为0.240~0.267,与国外主流养殖群体相近,黑龙江虹鳟、四川虹鳟和北京虹鳟群体内遗传多样性丰富,多态位点比例为83.6%~84.9%,与国外主流养殖群体相近,而黑龙江金鳟、四川金鳟和北京金鳟,多态位点比例相对较低,在60.2%~76.9%范围内。应用6个中国虹鳟群体和2个美国虹鳟群体数据开展系统发育分析、主成分分析和群体遗传结构STRUCTURE分析,结果显示8个群体可分为3个祖源类群,其中3个金鳟群体为遗传联系较紧密的一个类群,黑龙江虹鳟和北京虹鳟为一个类群,而四川虹鳟与2个美国虹鳟群体为一个类群,部分中国养殖群体中有显著离群个体存在,表明群体遗传背景不均一。本研究表明,高密度SNP芯片在我国虹鳟养殖群体遗传分析中具有广泛的应用前景,能够为种质资源评估、本土化良种培育、制种和引种工作提供基因组水平的参考信息。
- 赵紫霞许建白庆利杨世勇蒋立坤陈葆华Palti YnivGao Guangtu徐鹏
- 关键词：虹鳟遗传多态性
- 一种免疫诱导型鲤启动子的克隆与功能分析
- 2017年
- 为发掘适用于基因工程抗病育种的鱼类启动子,通过实时荧光定量PCR实验对鲤Rab GTP酶(Ras-associated binding-GTPases 1a3,Rab1a3)基因的表达模式进行了分析,证实该基因在鳃、头肾等与机体免疫防御功能密切相关的组织内转录水平较高,且免疫激活后转录显著增强,符合基因工程抗病育种所需的外源免疫基因转录模式。从鲤细菌人工染色体文库中,使用Rab1a3基因特异引物筛选获得包含该基因区域的文库克隆,测序获得该基因完整序列,以及上下游调控序列。通过生物信息学手段,预测到长度为1014 bp的鲤Rab1a3基因启动子序列,该启动子不具有典型的TATA盒或CpG岛特征,存在多个免疫相关转录因子结合位点。在草鱼肾组织细胞系内验证该启动子活性,结果显示,绿色荧光蛋白基因和萤火虫荧光素酶基因都能够在该启动子驱动下表达,证实该片段具有启动子活性,且启动子活性在受到免疫诱导后增强,双荧光素酶报告基因检测结果显示,该启动子活性在免疫刺激后增强至免疫刺激前的8.67倍。研究表明,鲤Rab1a3基因启动子有望被开发成为免疫诱导型的基因工程元件,驱动外源免疫基因在鱼体内适时表达,抵御外界病原感染,同时避免非必要条件下的过度表达形成生长负担。
- 赵紫霞张研曹顶臣孙昭宁许建徐鹏
- 关键词：启动子免疫诱导
- 虹鳟免疫诱导型基因Cathelicidin2启动子功能分析
- 2018年
- 本研究通过实时荧光定量PCR实验对虹鳟(Oncorhynchus mykiss)Cathelicidin2(Cath2)基因的转录模式进行了分析。结果显示,该基因在鳃、头肾等与机体免疫防御功能密切相关的组织内转录,在细菌和病毒感染后,转录水平均显著升高。对基因上游调控序列进行启动子和转录因子结合位点预测,发现该启动子具有真核生物典型的TATA盒和CAAT盒结构,基因上游直至第一内含子区域内,密集存在多个免疫相关转录因子结合位点,其中,2个核因子κB(Nuclear factor kappa B,NFκB)预测结合位点均位于核心启动子正链区域。在草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肾组织细胞系内,绿色荧光蛋白和萤火虫荧光素酶基因都能够在该启动子驱动下表达,表明其具有启动子活性,且启动子活性在受到免疫诱导后增强,包括细菌脂多糖(Lipopolysaccharides,LPS)模拟的细菌感染和聚肌胞苷酸(Polyinosinic polycytidylic acid,Poly I:C)模拟的病毒感染。双荧光素酶报告基因检测显示,启动子活性在与NFκB转录因子表达时,增强至4.39倍,证明Cath2基因受NFκB通路调控。研究表明,虹鳟Cath2基因能够在多种免疫刺激诱导下表达,其启动子可以应用为免疫诱导型的基因工程元件,驱动外源免疫基因在鱼体内适时表达,抵御外界病原感染,同时,避免非必要条件下的过度表达形成生长负担。
- 赵紫霞许建江炎亮白庆利蒋立坤陈葆华徐鹏
- 关键词：虹鳟抗菌肽启动子转录调控
- “宁芯2号”大黄鱼基因组育种芯片的开发及验证被引量：3
- 2022年
- 为了开发适用于我国大黄鱼(Larimichthys crocea)育种的稳定的育种芯片,本研究在大黄鱼600K高通量单核苷酸多态性(SNP)分型芯片"宁芯1号"的基础上,开发了大黄鱼55 K育种芯片"宁芯2号"。"宁芯2号"选取大黄鱼单倍域(haplotype block)内具有代表性的SNP位点,并集成与大黄鱼刺激隐核虫抗性、耐高温性状相关联的SNP位点。开发完成的"宁芯2号"最终集成了54077个高质量的SNP位点,这些位点在大黄鱼基因组内分布均匀。应用"宁芯2号"对来自6个群体的756尾大黄鱼进行测试,结果表明该芯片的分型成功率均在98.4%以上,多态性位点比例均在91.2%以上。"宁芯2号"具有稳定、准确、快速、价廉的优势,预计能够在大黄鱼品种定向遗传改良和全基因组分子模块育种研究工作中发挥重要作用。
- 周涛陈葆华柯巧珍赵吉王家迎白玉麟濮菲潘滢潘滢郑炜强徐鹏
- 关键词：大黄鱼育种芯片单核苷酸多态性基因型
- 单种及混合培养条件下Fe、Mn对赤潮生物塔玛亚历山大藻(Alexandriumtamarense)生长的影响被引量：38
- 2000年
- 研究了单种和两种混合批量培养条件下 ,Fe EDTA(Fe3+)、Mn(Mn2 +)浓度对甲藻塔玛亚历山大藻 (Alexandriumtamarense)生长及细胞大小的影响 ,同时考察了与其混合培养中的中肋骨条藻 (Skeletonemacostatum)和圆筛藻 (Coscinodis cussp .)的生长特性 .结果表明 :在本实验的浓度范围内 (Fe EDTA ,0— 3 1 5μg/L ;Mn2 +,0— 0 1 8μg/L) ,铁、锰浓度的升高对单独培养条件下的 3种藻类的生长均有不同程度的促进作用 ,揭示了微量元素铁、锰是触发赤潮发生的重要因子之一 ;在混合培养条件下 (甲藻 硅藻 ) ,细胞较小的中肋骨条藻和圆筛藻在竞争中处于优势地位 ,塔玛亚历山大藻在一定时间的混合培养后衰败 .不同铁、锰浓度及不同培养条件对塔玛亚历山大藻细胞大小有显著影响 .
- 黄邦钦徐鹏胡海忠洪华生郑天凌
- 关键词：赤潮锰塔玛亚历山大藻海洋污染
- 基于计算机视觉的大黄鱼体尺、体重性状表型测量装置开发和应用被引量：7
- 2023年
- 鱼类的体重、体长等表型性状是水产养殖和遗传育种中非常重要的经济性状,为了避免人工测量的不确定性、误差随机性和效率低下的问题,本研究开发出一种基于Mask Region Convolutional Neural Network(Mask R-CNN)的自动化、无侵入式鱼类图像分割和表型性状测量的装置。该装置包括图像采集装置和控制软件两部分,其中图像采集装置可以测量不同规格鱼类(体长1~40 cm)。基于Mask R-CNN的控制软件,可以对图片进行目标性状的训练和预测,实现目标数据的测量、存储和管理。本研究利用该装置对477尾3月龄大黄鱼进行了图像采集和基于大黄鱼图像的体长、体高、体重性状预测。研究表明,利用该装置测量的大黄鱼体长和体高的平均相对误差均小于4%。基于体长、体高、体表面积的多元回归模型对体重进行拟合,测量值与真实体重的相关系数为0.99,平均相对误差为4%,对每张图片的平均处理时间为3 s,测量速率是人工的8倍。该系统可以实现自动化、高效、准确地获取大黄鱼体型与体重性状,为大黄鱼种质资源评价、良种选育和种质创新提供更加便捷高效的表型测评工具。
- 王禹莎王家迎辛瑞柯巧珍江鹏鑫周涛徐鹏
- 关键词：大黄鱼体尺性状体重估测
- 刺激隐核虫感染对大黄鱼生理生化指标及免疫指标的影响
- 2024年
- 刺激隐核虫感染能够导致海水鱼类感染“白点病”,而大黄鱼是受“白点病”影响最严重的海水养殖鱼类。为了探究刺激隐核虫感染对大黄鱼生理生化指标及免疫指标的影响,本研究利用刺激隐核虫人工感染大黄鱼,分别在感染后0、12、24、48和72 h采集血液、肝脏、脾脏、肠道、鳃、头肾和皮肤组织,并检测血清皮质酮、皮质醇以及肝脏谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)活性、超氧化物歧化酶(SOD)活性和丙二醛(MDA)含量等指标的变化。同时使用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)实验检测肝脏、脾脏、肠道、鳃、头肾和皮肤组织中TNF-α、IL-8和IL-1β基因的表达量。结果显示,在大黄鱼感染刺激隐核虫后的0~72 h内,实验组大黄鱼表现出刺激隐核虫病的发病症状;血清皮质醇和皮质酮含量显著增加;肝脏GSH-Px活性极显著降低;肝脏SOD活性极显著增加;肝脏MDA含量在0~12 h内急剧增加并达到峰值,随后含量缓慢降低;各组织中的TNF-α、IL-8和IL-1β的表达量均有不同程度的上调,在鳃、头肾、肝脏和皮肤中上调最为显著。研究表明,刺激隐核虫感染后有明显变化的皮质类激素含量和氧化应激指标能够反映大黄鱼的感染程度,有助于进一步辅助抗刺激隐核虫表型测量的优化。本研究可为深入理解刺激隐核虫感染后大黄鱼生理生化及免疫指标的动态变化提供基础,为后续的机制解析和品种选育工作提供参考。
- 胡水木刘悦李奕晨田国鹏郭心怡林嘉琪白玉麟徐鹏周涛
- 关键词：大黄鱼刺激隐核虫生理生化指标免疫指标
- 基于“宁芯3号”基因组育种芯片和机器学习的大黄鱼种质资源精准鉴定
- 2024年
- 为了高效保护、管理以及利用大黄鱼种质资源,迫切需要开发精准的大黄鱼遗传种质鉴定技术。基于前期开发的大黄鱼“宁芯3号”55K液相基因分型芯片,本研究对中国沿海野生群体、闽浙养殖群体和多个选育系共计21个大黄鱼群体进行遗传种质鉴定。群体遗传学分析结果揭示大黄鱼群体可划分为南海群体、闽东群体和岱衢群体,其中南海群体遗传分化最为显著。基于机器学习的大黄鱼群体分类结果显示,未知大黄鱼个体所属地理群体鉴定准确率大于99%。未知大黄鱼个体所属遗传改良选育系也具有极高的鉴定准确率,例如经过3代选育的抗刺激隐核虫新品系GS3F3,基于神经网络的鉴定精确率可以达到99%。研究表明,利用“宁芯3号”芯片和机器学习方法可快速实现大黄鱼种质的精准鉴定。本研究为大黄鱼种质资源精准鉴定和种质管理、育种材料和新品种知识产权保护等提供了有效的工具和解决方案,也可为其他水产生物种质资源鉴定提供借鉴。
- 赵吉冯苗胜柯巧珍王家迎江汀森吴雄飞彭士明白玉麟沈伟良周涛濮菲徐鹏
- 关键词：大黄鱼种质鉴定
- 鲤鱼和草鱼IL17R基因家族成员的全基因组识别、起源分化及表达分析
- IL17 receptor(IL17R)基因家族包括五个成员，均为Ⅰ型单次跨膜蛋白。作为IL17基因的受体，在宿主防御和免疫损伤两个方面均有重要作用，且IL17R基因相对比较保守，适用于物种间的起源进化关系的研究。
- 董传举张江凡李胜杰吕红皂徐鹏李学军
- 关键词：鲤鱼草鱼
- 中国花鲈群体基因组与适应性微进化研究
- 海洋生物种群通常表现出很强的扩散能力，并伴随着较高的基因流动水平。而在另一方面，在大陆边缘海域的许多物理屏障却可能阻碍种群扩散，扩大种群分化和遗传多样性。大陆边缘地区的这些复杂因素对海洋生物的群体遗传学研究产生了很大的挑...
- 徐鹏陈葆华彭文竹周志雄李昀张殿昌
- 关键词：基因组测序遗传分化环境适应性
